西晋末年，中原士族逃奔江南，建立东晋以及后来的南朝政权。他们在政治上、经济上享受特殊的权利，生活非常优裕，地位非常巩固，因之黄河流域的文化，移植到长江流域，不仅是保存旧遗产，而且有极大的发展。中国古文化极盛时期，首推汉唐两朝，南朝却是继汉开唐的转化时期。唐朝文化上的成就，大体是南朝文化的更高发展。
一、文 学
士族过着腐朽委靡的生活，反映在文学上，就是只讲求形式的美观，也就是用事务求繁富，对偶务求工整，声律务求和谐，说到内容则几乎是空乏或者是污秽。但是，单就形式美来说，对文学发展上也还是一个成就，因为没有南朝文士的讲求，便不能有盛行于唐朝的文学，至于真正代表东晋南朝文学的，显然不是这些形式美的文学而是违反当时文学习尚，较为朴素的作品。
诗歌——古体五言诗在建安时期是个高峰，在太康时期又是一个高峰，到了南朝特别是梁朝，成为大高原，由此转入律诗的新境界。宋齐以下，凡参与士流的人，都学作五言诗，梁钟嵘（音荣róng）《诗品序》说“今之士俗，斯风炽矣，才能胜衣，甫就小学，必甘心而驰骛焉”。因为上自朝廷会同，下至友朋酬酢，都得赋五言诗，否则便被轻视。有一次，梁武帝在光华殿宴饮群臣，聊句作诗，武将曹景宗力求参加。梁武帝说，你技能很多，何必在诗上争能，意思就是劝他不必在士人面前出丑。曹景宗酒醉，力求不已。梁武帝给他竞、病韵。曹景宗作诗道“去时儿女悲，归来笳鼓竞；借问行路人，何如霍去病”。宴会上人无不惊叹。这确是南朝唯一有气魄的一首好诗，比所有文士作的靡丽诗都要好得多，这也说明不入士流的武人，同样学五言诗。五言诗风尚如此广泛，不象建安太康时期那样限于一部分文士作诗，所以说象个大高原。
曹魏末年，清谈家何晏一类人始作玄言诗。所谓玄言诗，就是用些老庄的话头，做成浮浅乏味的诗句。西晋清谈家所作诗很少见，钟嵘《诗品》说郭璞“始变永嘉平淡之体”，可见西晋末通行的是玄言诗。东晋初，一些清谈家逃到江南，作诗用老庄语又加上佛经语，玄言诗愈益盛行。《文心雕龙》说，江左诗篇，沉溺在玄风里，没有好诗。但是，东晋初郭璞和晋宋间陶潜，却是受玄风影响又不受玄风约束的特出的作者。
郭璞非常博学，识见比那些清谈家高出无数倍。他看到大乱不可免，在刘渊起兵以前，去江南避难。东晋建国，看到内乱仍不可免，心情是沉郁的，冒死斥责王敦的叛逆，性格是刚毅的，他是有肝胆、忧世的志士，所作《游仙诗》，文采鲜明，异于玄言诗的平淡，寓意慷慨，异于玄言诗的浮浅，阮籍《咏怀诗》以后，《游仙诗》可称独步。
陶潜的情感是炽热的，他在《杂诗》里自述“忆我少壮时，无乐自欣豫，猛志逸四海，轻翮（音核 hé）思远翥”，又说“丈夫志四海，我愿不知老”。《咏荆轲诗》更显出他的心情，“雄发指危冠，猛将冲长缨，……其人（荆轲）虽已没，千载有余情”，这里惋惜刺客的失败，无非借来发泄自己的猛气。这些都可见陶潜本来很想有所作为，可是，环境迫使他不可能有所作为。东晋自司马道子当权以后，变乱纷起，晋宋交替，变动更大，陶潜眼见世路的险恶，宁愿隐居园田，避免横祸。《归园田居诗》里说，“少无适俗韵，性本爱丘山”，乱世的俗，既不肯适，又不能抗，那末，顺适本性也就成为唯一可走的道路。《与子俨等书》说自己“性刚才拙，与物多忤，自量为己，必贻俗患”，可见他归隐是出于不得已。他在《咏贫士诗》里说，安贫与求富两个念头，常在胸中交战，安贫乐道的念头，总是处于战胜者的地位，所以他那种躬耕劳苦、饥寒交至的生活，和他那种清静恬淡坚贞不移的性情，能够融合无间，因而发为诗（四言诗、五言诗）文（赋、辞），处处见真性情，处处见真生活，使读者自然发生对这个高士的爱慕。何晏一类人的玄言诗，用老庄的辞句掩盖着一团欲火，他们怕流露出真心，掩盖惟恐不厚，作诗者的真心既然见不得人，人也无心去看他们的诗。东晋玄言诗流传极少，都被合理地淘汰了。陶潜诗也有玄言诗的色彩，但由于蕴藏在内心的是洁净的热情，足以振起平淡的文体，平而引人入胜，淡而饶有余味，就是因为平淡的外形包裹着热情的内容。陶潜诗几乎篇篇有酒，但并不引起读者的烦厌，也正因为酒在陶潜诗中是热情的表现物。“何以称我情，浊酒且自陶”，显然这种酒与酒徒的酒、纵欲人的酒大异其趣。萧统作《陶渊明集序》，说“有疑陶渊明诗篇篇有酒，吾观其意不在酒，亦寄酒为迹者也”，就是说酒在陶诗中的特殊意义。《诗品》评陶潜诗“文体省（简洁）静，殆无长语（平淡），笃（厚）意真古（质朴），辞兴惋惬”，“古今隐逸诗人之宗”，是恰当的评语。
东晋人作诗，“诗必柱下（老子）之旨归，赋乃漆园（庄子）之义疏”（这里诗赋虽分谈，实际都是依附老庄，不必拘泥），玄言诗流行了一百年，当然不能不变。晋末宋初谢灵运颜延之改变诗体，谢创山水诗，颜创对偶诗，对玄言诗说来，都是新开辟的诗境。谢灵运性爱山水，作诗主要是描写景物，景物之美也确实被他精刻地描写出来。如《游南亭诗》“密林含余清，远峰隐半规”，《登江中孤屿诗》“乱流趋正绝，孤屿媚中川；云日相辉映，空水共澄鲜”等句，非经深思搜索，不能得此佳句。谢诗全篇每以繁芜、雕琢为累，但秀句挺出，亦复清新可玩。颜延之作诗句句用故事，也句句相对偶，《诗品》说“动无虚散，一句一字，皆致意焉”；《文心雕龙》说“俪采百字之偶，争价一句之奇”，都是指颜诗专在对偶上用功夫。《诗品》又说颜诗“喜用古事，弥见拘束”，对偶与用事是不可分的，没有充足的故事，句子就对不起来，就是对起来，也只能称为“言对”，属于低级的一类。颜谢在宋初并称大家，谢诗比颜诗高，颜诗却比谢诗容易学。学谢诗必须摄取自然界的美，非身临山野，不能有所领会，也就不能学得谢诗的长处；学颜诗只要多读书，多记故事就可以，这是士族人能做的事，因此颜诗远比谢诗盛行。《诗品序》里说“颜延谢庄，尤为繁密，于时化之，故大明（宋孝武帝年号）泰始（宋明帝年号）中，文章殆同书抄”。梁武帝曾和沈约比所知关于栗的故事，沈约比梁武帝少三条。沈约出宫，对人说，这个老翁爱面子，不让他一些就会羞死。后来梁武帝听说，大怒，要治沈约的罪，沈约不久被逼死。一个皇帝和臣下在记故事的多少上争高低，甚至逼死对手，足见当时文人重视记事。承认记事不如人，等于承认文章不如人，这就势所必争，顾不得什么君臣的关系。
南朝人习惯上称有韵文为文，无韵文为笔，经颜延之等人的提倡，文笔都要用事和对偶，这在古体文笔（魏晋以前）向今体文笔（唐朝的律诗律赋四六）转化过程中是一个关节，介于古体和今体（律体）之间的俳（对偶）体在这时期形成了。
到了梁朝，由于沈约一派的文人提倡声律，用事对偶以外再加上声律这个重要因素，因此诗和其他文笔形体上都由俳体逐渐向律体变化。自玄言诗以至对偶诗，大都是缺乏性情或者是不敢露出真性情的诗，梁陈诗人却敢于说出真性情，虽然这种真性情多是污秽的，但终究是有了内容。代表这种形体和这种内容相结合的诗叫做宫体诗。梁武帝的太子萧纲（梁简文帝）和著名文人徐摛（音痴chī）、庾肩吾以及徐摛子徐陵、庾肩吾子庾信创制一种轻丽的文体，因为是皇太子提倡的，所以文士们都模效着做，宫体诗代颜延之一派的对偶诗而盛行于梁陈两朝。
宫体诗正是统治阶级生活极端腐朽的表现，它所描写的对象，主要是色情。《内人昼眠》、《娈童》（梁元帝诗）也用来作诗题，污秽可厌。不过，梁陈诗特别是陈诗，对诗体的发展来说，确有它的成就。梁陈诗应用声律、对偶、用事三个因素，已经相当成熟地达到配合匀称、平仄和谐的境界，五言律诗虽然还没有定型，但一篇八句，已成一般趋势，如范云的《巫山高》，张正见的《关山月》，庾信的《舟中夜月》等诗，宛然唐律了。其余五绝如柳恽《和梁武帝景阳楼诗》、梁简文帝《梁尘诗》、陈沙门慧标《送陈宝应起兵诗》；七绝如萧子云《玉笥山诗》，虞世南《袁宝儿诗》；五言排律如庾丹《秋闺有望诗》；七言排律如沈君攸《薄暮动弦歌诗》，都已无异于唐诗。七律的完成较晚，但如庾信的《促柱弦歌》，陈子良的《我家吴会》，虽音节未尽谐合，体制已属七言律。梁陈文人从古体诗中寻求新体，偶得这些篇制，数量不多，却都为唐朝各种近体诗奠定基础。
文人所作古体五言诗在东晋南朝，经过玄言诗、对偶诗、原始律诗三个阶段，结束了汉魏以来的古体诗。这时期五言诗的盛行远超过建安、太康，但就严格的意义来说，古体诗人中堪称卓越的作者却只有陶潜一人。非文人所作，出于民间流传的歌诗，也是构成东晋南朝诗的重要部分。这类民间歌诗情深而净洁，语短（多是四句或三句诗）而采多，富有南方清丽宛转的风格，如《子夜歌》、《华山畿》、《读曲歌》、《杨叛儿》等篇，使人屡读不厌，与《国风》、汉乐府同为乐而不淫的正声。
赋——东晋南朝赋也和诗相似，经过玄言赋、俳赋、原始律赋三个阶段。东晋盛行玄言赋，孙绰《游天台山赋》，可作这一类赋的代表作品。郭璞《江赋》，源出汉魏大赋，气魄雄伟，取材宏博，两汉魏晋最重大赋，非大学问家不敢作，郭璞博学有高才，完成了最后的一篇大赋，此后，作大赋的历朝虽有其人，却再没有名篇。陶潜作《闲情赋》，《自序》说是取意于东汉张衡的《定情赋》。《定情赋》已亡佚，从残存句看来，《闲情赋》是《定情赋》的充分发挥。萧统《陶渊明集序》认为“白璧微瑕，惟在《闲情》一赋”，其实，《闲情赋》情致深厚缠绵，实是情赋的杰作，说它缺少风谏的意义，无助于风教，未必是确评。陶潜《归去来辞》，也是属于赋类的名篇。赋的作用在于体物写志，东晋赋家，郭璞是体物的巨匠，陶潜是写志的绝手，在玄言赋盛行的时期，郭璞、陶潜独能违反流俗，卓然自立，可谓豪杰之士。
宋齐俳赋兴起，《文选》所录宋鲍照《芜城赋》、《尢鹤赋》，谢惠连《雪赋》，谢庄《月赋》，梁江淹《恨赋》、《别赋》等，都是俳赋中的名篇。宋范晔《自序》，说自己深通声律，看古今文人，都不懂声律，偶有懂得一些的，也并不是真能从根本上懂得。年轻人里只有谢庄可能懂得。因为谢庄通声律，所作《赤鹦鹉赋》（文已残缺），被认为律赋的滥觞。梁陈文人专力作诗，在创制新体上，成就也较多。赋体巨大，调谐音节更不易，因之梁陈赋虽向律赋演变，但还少见成形的律赋。
骈文和散文——骈文起于东汉，至魏晋时达到最高峰。魏晋骈文，句法整（不是对偶）而兼有疏散，色采淡而兼有华采（偶用故事），气韵静而兼有流荡，声调平而兼有抑扬（不拘声律），大自论说，小至柬札，都具有独特的风格，境界之高，难可追攀。东晋骈文仍能保持西晋余风，王羲之尤为出色。王羲之比较恬淡，有政治识见，所作文辞，质直尽言，以达意为主，不事采饰，《晋书·王羲之传》所录《与会稽王（司马道子）笺》、《与殷浩书》、《与谢安书》、《与谢万书》以及《兰亭诗序》、《父墓前自誓文》等篇，都是体兼骈散，就风格方面看，应是骈文的上品。
以宋颜延之为代表的一派骈文，偏重辞采，非对偶不成句，非用事不成言，形体是很美观的，但冗长堆砌，意少语多（所谓“瘠义肥辞”），也是这一派的通病。以齐梁任蚄、沈约等人为代表，所谓永明体（齐武帝年号）的一派骈文，修辞更加精工，渐开四六的门径。以梁陈徐陵、庾信为代表，所谓徐庾体的一派骈文，已形成为原始的四六体，对魏晋骈文说来，徐庾体是新变成的文体，对唐四六说来，徐庾体却仍保持较多的古意。南朝骈文演变至徐庾，特别是庾信所作，可称绝美。骈文自东汉以来，虽然文体屡变，但总的趋向是求美观，庾信骈文正是这个趋向达到最高峰的表现。
骈文不宜于叙事，所以，骈文尽管盛行，并不能排摈散文在史书上的地位，以为东晋南朝时散文已经绝迹，是不合事实的。不过，东晋南朝人撰史书，凡论赞都用骈文，惟梁陈时姚察、姚思廉父子作《梁书》、《陈书》，论赞独用散文，超出一般史家的窠臼。姚察以前，陶潜作《孟府君传》、《五柳先生传》，也是境界很高的散文。唐朝以韩愈为代表的古文运动，在反对四六文的意义上来说，是进步性的文体革新，陶潜、姚察则是这个革新运动的先驱。
总结性的文学著述——南朝产生了几部重要的总结性的文学著述。这些著述主要产生在梁朝，因为梁是文学上新旧交替的重要关头。宋鲍照说：“工言古者先考绩于今”。就是先得了解当今的事情，然后才能谈已往的事情。梁朝已经有了新体文学的萌芽，作者据以观察古体文学，从比较中得知它们的优劣所在，从而作出有见解的论述。几部重要著述都出现于梁朝，显然是有原因的。
《世说新语》，宋临川王刘义庆撰，梁刘孝标注。今本《世说新语》自《德行》至《仇隙》凡三十六目，事起东汉末年，止于东晋，主要内容是记录清谈家的言行。清谈至东晋末告结束，宋时正好作总结。刘义庆爱好文学，招聚文士多人，《世说新语》当是众文士所编辑。清谈家的特征是言语玄远耐思索，行动有风趣不同于常人，《世说新语》用生动精练的文辞，刻画这些特征，隽永无比。刘孝标作注，引书多至四百余种，或引申正文，或纠正错误，注文配合正文，更增加全书的美妙。后世模仿《世说新语》而作的书很不少，可是都显得不能相比，因为《世说新语》是魏晋清谈的产物，后世没有魏晋式的清谈，也就不可能产生同样隽永的作品。
《文选》，梁昭明太子萧统撰。萧统是博通众学的大文学家。他招集著名学士，商榷古今，聚书将近三万卷，研读不倦。《梁书》说当时“名才并集，文学之盛，晋宋以来未之有也”，足见萧统不仅自己有足够的学力，而且也凭借众人的学力，合众力来选录古今文章，宜乎《文选》三十卷成为选择最精的文学总集。《文选》取文标准是“事出于沈思，义归乎翰藻”，就是说，入选的文章必须情义与辞采内外并茂，偏于一面的概不录取。在这个标准下，《文选》自然是正统派的文集，以立意为宗，不甚讲求采色的文章就很难入选了。《文选》取文，上起周代，下迄梁朝。七八百年间各种重要文体和它们的变化，大致具备，固然好的文章未必全得入选，但入选的文章却都经过严格的衡量，可以说，萧统以前，文章的英华，基本上总结在《文选》一书里。唐李善《上文选注》里说“后进英髦，咸资准的”。唐士人有“《文选》烂，秀才半”的谚语，《文选》对唐以后文学的影响是十分深远的。
《诗品》，梁钟嵘撰。《诗品》是汉魏以来五言古诗的总结，作者自两汉古诗至梁沈约等凡一百二十人，分列为上中下三品。《诗品》评诗的标准是“干之以风力，润之以丹采”，与《文选》“事出于沈思，义归乎翰藻”的标准相同。在《中品序》里主张诗由“直寻”（出于自然），反对颜延之派的专用故事，在《下品序》里主张声调流利，反对沈约派的专讲声律。钟嵘生在颜延之、沈约两派盛行的时候，指名反对两派的弊病，可称诚实之士。他讥笑趋时学诗的人说，那些富贵子弟，怕不会作诗，天天用故事，夜夜调声律，自己看来觉得很警策，让大家一看，原来还是个平钝。他把各种庸音杂体，一概削弃，认为“无涉于文流”，只有真诗人才得列入三品。对入品的诗人，各加直率的褒贬语，无所忌讳。当时庸俗诗人的宗师如颜延之、鲍照、谢朓、任蚄、沈约，都列在中品，并指出学这些人的诗的流弊。钟嵘敢于这样做，因为他相信自己的褒贬公正无私，被评论的各诗派也承认他的褒贬确实是公正无私。
《文心雕龙》，梁刘勰在齐朝末年撰。刘勰是精通儒学和佛学的杰出学者，也是骈文作者中希有的能手。他撰《文心雕龙》五十篇，剖析文理，体大思精，全书用骈文来表达致密繁富的论点，宛转自如，意无不达，似乎比散文还要流畅，骈文高妙至此，可谓登峰造极。
刘勰撰《文心雕龙》，立论完全站在儒学古文学派的立场上。《序志篇》说，本来想注儒经，但马融郑玄已经注得很精当，自己即使有些独到的见解，也难得自成一家；因为文章是经典的枝条，追溯本源，莫非经典，所以改注经为论文。这里说明刘勰对文学的看法，就是文学的形式可以而且必须有新变（《通变篇》），文学的内容却不可离开圣人的大道（《原道篇》、《征圣篇》、《宗经篇》）。《文心雕龙》确是本着这个宗旨写成的，褒贬是非，确是依据经典作标准的。这是合理的主张，因为在当时，除了儒学，只有玄学和佛学，显然玄学佛学不可以作褒贬是非的标准。刘勰自二十三四岁起，即寓居在僧寺钻研佛学，最后出家为僧，是个虔诚的佛教信徒，但在《文心雕龙》（三十三四岁时写）里，严格保持儒学的立场，拒绝佛教思想混进来，就是文字上也避免用佛书中语（全书只有《论说篇》偶用“般若”“圆通”二词，是佛书中语），可以看出刘勰著书态度的严肃。
儒学古文学派的特点是哲学上倾向于唯物主义，不同于玄学和佛学。尽管刘勰精通佛学，但在论文时，却明确表示唯物主义的观点。《神思篇》《物色篇》都说，先有外面的事物，沿着人的耳目，感动人的内心，内心动了，经过分析（“善于适要”），得其“要害”，造成文章来适应外面的事物，达到“瞻言而见貌（事物），即字而知时”的目的。刘勰依据这样的认识，所以不承认有抽象的文学天才，而主张仔细观察事物的“要害”，学习作文的法则（“术”），并且要保养体力，使精神常处于饱满状态。《养气篇》说人的精神，依附于身体，养神首先在养身，感到劳倦，必须休息。《文心雕龙》的根本宗旨，在于讲明作文的法则，使读者觉得处处切实，可以由学习而掌握文术，即使讲到微妙处（“言所不追”处），也并无神秘不可捉摸的感觉。
《文心雕龙》五十篇（其中《隐秀篇》残缺），总起来是科条分明，逻辑周密的一篇大论文。刘勰以前，文人讨论文学的著述，如曹丕《典论论文》，曹植《与杨德祖书》，陆机《文赋》，挚虞《文章流别论》，李充《翰林论》，都只是各有所见，偏而不全。系统地全面地深入地讨论文学，《文心雕龙》实是唯一的一部大著作。
《文心雕龙》是文学方法论，是文学批评书，是西周以来文学的大总结。此书与萧统《文选》相辅而行，可以引导后人顺利地了解齐梁以前文学的全貌。
《玉台新咏》，陈徐陵在梁朝末年撰。梁皇太子萧纲提倡作艳诗（宫体诗），令徐陵搜集汉魏以来涉及妇女的诗篇，成《玉台新咏》十卷。《玉台新咏》流传很广，这是因为专咏妇女，也是编诗集的一种新格局。许多诗篇赖《玉台新咏》得以保存，成为大观，从这里可以了解封建社会妇女的生活状况和士人对妇女的各种态度。如西晋傅玄所作《苦相篇》，叙述男女间的不平等，妇女在父家夫家身受的苦痛，这种同情妇女的诗在这本书中是罕见的。主要由宫体诗人轻侮妇女的诗篇集合而成的《玉台新咏》，由于有了《苦相篇》一类的诗，虽然不多，这部诗集也就值得流传了。
二、史 学
东晋南朝士人在学术上所走的路不外儒、玄、文、史四学（宋文帝立四学，宋明帝立总明观仍是四学）。史学既是士人事业的一种，私家得撰写史书（包括撰写当代史），又还没有官修的限制，因之东晋南朝史学甚盛。晋史撰人最多，唐时尚存正史体史（纪传体）八家，编年体史十一家，除陆机是西晋人，其余多是东晋人和少数南朝人。唐太宗时官修《晋书》，十九家晋史全部失传。宋范晔广集学徒，博览旧籍，以《东观汉记》为蓝本，删烦补略，成《后汉书》纪传九十篇。梁刘昭取西晋司马彪《续汉书》中八个志共三十卷补入范晔书，并为志作注。范晔纪传、司马彪志合成《后汉书》，称为堪与班固《汉书》相比的良史。西晋陈寿撰《三国志》，文嫌简略，宋裴松之搜集史书一百四十余种，为《三国志》作详注，开注家未曾有过的新例，注文本身也就成为一部丰富的史料书。沈约在齐武帝时据徐爰等人的旧本撰成《宋书》纪志传一百卷。梁萧子显撰《齐书》纪志传六十卷（唐时亡一卷）。陈姚察撰梁陈二史，死后子姚思廉继续修撰，至唐太宗时才完成《梁书》纪传五十六卷，《陈书》纪传三十六卷。撰史最难处是撰志，非老于典故，不敢着手。范晔姚思廉所著书都没有志，沈约萧子显所著书有志，自然比范姚高一层，但都不作食货志，仍是避难就易。司马彪《续汉书》也没有食货志。所以自西晋至梁陈，史家虽多，没有一个人能追上班固。最杰出的史家范晔，《狱中与诸甥侄书》自称“比方班氏所作，非但不愧之而已”，无非是自负考核史事和论赞文字上有长处，可是，撰史不撰志，撰志不撰食货志，尽管有长处，总不能无愧于班氏。
三 、经 学
东晋时褚裒孙盛论南北学风不同处，说，“北人学问，渊（深）综（繁）广博；南人学问，清通简要”。僧徒支遁同意他们的说法，作比喻说，“北人看书，如显处视月；南人学问，如牖中窥日”。意思是北方学者，以章句训诂为学问，缺少识见，好象在平地上看月亮，处处有月光，但都是淡光，什么也看不清楚。南方学者以探求义理为学问，能提出自己的见解，好象从窗洞里看太阳，不见他物，但太阳看得很真切。《隋书·儒林传叙》也说“南人约简，得其英华；北学深芜，穷其枝叶”。这些话实际只是说，北方保持东汉（古文经学派）的学风，南方发展魏晋的学风。这里所说东汉学风和魏晋学风，从经注方面看，南方经师《周易》用王弼《注》，《尚书》用《伪孔传》，《左传》用杜预《注》；北方经师《周易》、《尚书》用郑玄《注》，《左传》用服虔《注》，至于《诗》南北同用《毛传》《郑笺》，《三礼》同用郑玄《注》，南北差别似乎并不很大，但从说经方面看，南北确有很大的差别。北方经师说经，墨守东汉经师的家法，讲明训诂章句，不敢在家法外别出新义，是一种保守的停留在书面上的学风。南方经师说经，兼采众说，阐发经义，贵有心得，不拘家法，是一种进展的从书面进入书里的学风。大抵北方经学宗尚郑（玄）学，排斥王（肃）学，当然更排斥玄学；南方经学不仅郑王兼用，并兼采玄学。《魏书·李业兴传》载李业兴到梁朝聘问，梁武帝问他儒玄二学怎样贯通。李业兴答，我只学五经，不懂深义（指玄学）。梁武帝又问，太极有没有。李业兴答，我从来不习玄学，不知道太极有没有。李业兴答朱异问南郊，伸明郑学，排斥王学。这一问答，可以说明南北学风的不同。
玄学家崇尚清谈，剖析名理，所谓谈功，也成为士人的一个重要事业。佛教聚徒讲经，更具有庄严的规范，清谈家和佛教的风习，影响儒生说经，到梁时，盛行登讲座讲经，听讲人数有时多至千余人（严植之每登讲座，听者千余人）或数十百人（伏曼容每登讲座，听者有数十百人）。口头讲经的记录称为讲疏或讲义，如梁武帝有《周易讲义》、《中庸讲疏》。还有一种称为义疏，是阐发经义比经注更详尽的著作，不同于讲义和讲疏为口讲的记录。南方儒生有讲义和义疏，北方儒生有义疏，无讲义一体。东汉古文经学以训诂章句纠正西汉今文经学的穿凿附会，是一个进步，魏晋经学以探求义理纠正东汉古文经学的琐碎寡要，又是一个进步。南朝开始有讲疏义疏，是魏晋经学的继续发展。释道安始创义疏之学，讲解佛经，儒家义疏，显然是受佛教的影响。
南朝末年，王弼《易》学、费甝（音含hán）《古文尚书疏》传入北方，为北方学人所接受，南学开始流行。唐孔颖达撰《五经正义》，采用南儒义疏，因此，魏晋经义在经学上取得统治地位，东汉经学亡佚。清儒尊东汉经学，怨孔颖达废黜汉学。不知南儒已从经注发展为经疏，北儒抱残守缺，背诵旧注外别无新说，孔颖达凭借义疏作《五经正义》，势必重南轻北，他自己本来学郑玄注的《尚书》，可是作《尚书正义》，不得不用《伪孔传》，因为《伪孔传》有费甝《疏》可凭，用郑玄《注》便做不成正义。凡守旧必失败，南北经学的兴废也是一个实例。
郑玄《三礼注》最称精密，南北儒生讲《三礼》，无不依据郑《注》。南朝士族极重家谱，严格辨别亲疏尊卑，丧服学因此成为被重视的专门学问，比郑《注》更加精密。
南朝儒生讲经，重在义理。王弼《易》学，贯通儒道两家，魏晋以来，一向盛行。儒佛两家极难沟通。宋戴顒撰《中庸传》，梁武帝撰《中庸讲疏》，无名氏撰《中庸义》，从《礼记》中提出《中庸篇》来提倡，目的在于发挥儒经中很少讲到的性命哲学，从这里可以向佛学凑合。后来两宋理学家采取道、佛教义，借《大学》、《中庸》两篇高谈儒家的性命哲学，开端远在南朝。
四、玄学和道教
儒家祭鬼神而怀疑鬼神的有无，墨家相信有鬼神，道家不相信有鬼神，三家对鬼神的态度不同，但都不信有长生不死的神仙。战国时燕齐一带始有方士。所谓方，就是不死之药的方。又古来相传有一种能通鬼神、用药治病的巫师。方士炼丹求长生（仙术），巫师用符咒求鬼神保佑（神术），方士和巫师只有术，没有学说，骗术还不算很高。齐国邹衍创阴阳五行学，战国末年，方士巫师采取阴阳五行学，于是有术又有学说，成立神仙家。秦始皇时，神术仙术阴阳五行学合流的神仙家大得信任，《史记·封禅书》说，“怪迂阿谀苟合之徒自此兴，不可胜数”。“怪迂阿谀苟合之徒”，是神仙家最确切的评语。它和儒墨道三家完全异源。它依附阴阳五行家，但阴阳五行家不一定就是神仙家。归根说来，神仙家是学术上不成其为家的一伙骗子。
神仙家的术，主要是仙术的炼丹（衍成丹鼎派），其次是神术的符咒（衍成符箓派）。用来装饰术的学说，除了始终依附阴阳五行学，还经常在寻找其他更有力的靠山，最后找到道家的创始人老子。
秦时孟子学派的儒生与阴阳五行家合流，西汉今文经学是阴阳五行化的经学，因此，秦及西汉，神仙家曾依附儒家。秦始皇求仙，博士做《仙真人诗》。西汉大儒董仲舒，会作法求晴止雨。大儒刘向依《淮南枕中鸿宝》（淮南王刘安所著书）的秘法炼黄金。东汉崇尚谶纬之学，神仙家与儒生更无甚区别。《后汉书·方术传》所载有神术的方术士，很多就是儒生。东汉末，魏伯阳附会《易经》造《参同契》一书，专讲炼丹的秘法。儒者张衡作《同声歌》，说男女按图淫戏是仙术（房中术）。可是，东汉古文经学派逐渐发展起来，古文经学派以王充为代表，反对阴阳五行学和谶纬学，神仙家感到不可能再依靠儒家。魏晋时古文经学完全代替了今文经学，神仙家也就脱离了儒家。
东汉时，神仙家曾试图依靠信鬼神的墨家，造墨子《枕中五行记》五卷。可是墨家在汉朝是被废黜的学派，依靠它是得不到好处的。神仙家终于找定了老子。老子虽然不信鬼神，但《道德经》里有“玄之又玄，众妙之门”；“谷神不死，是谓玄牝”；“善摄生者，陆行不遇兕虎，入军不被甲兵，……以其无死也”；“深根固柢，长生久视之道”一类神秘性的话。《史记》说老子“百有六十余岁，或言二百余岁，以其修道而养寿也”，又说他西出关，“莫知其所终”。这些，都是神仙家穿凿附会的好资料。道家清静无为的宗旨，更可以借来作妖术的掩饰。无神论的老子被神仙家硬扮成教主了。
神仙家在《汉书·艺文志》里还只是诸子百家中的一家。东汉佛教开始流传，神仙家依附老子，模仿佛教，开始创道教。《后汉书·襄楷传》说，汉顺帝时，琅邪人于吉，自称得神书一百七十卷，号称《太平清领书》。于吉的门徒宫崇献书给汉顺帝，收藏在官府。这部书以阴阳五行学说为本，再加上巫术。书中宣扬神咒的作用，说天上有永恒的神圣，常常下来把重要话传授给人，人用这种话使唤神吏，神吏完全听从。这种重要话就是神咒。诵咒一百次验一百次，诵咒十次验十次。神咒可使神为人消灾除病，无不效验。这显然是神仙家的符箓派。丹鼎派不能造出大量丹药来给人吃（改用神水，仍须通过符咒），符箓派却可以随时造出符咒来欺骗大量的人，因之，当神仙家扩大成为道教时，符箓派代替丹鼎派，处于主要的地位。襄楷献《太平清领书》给汉桓帝，张角、张道陵等人依据《太平清领书》立太平道，又称五斗米道，可见汉顺帝以后，《太平清领书》已经流传，道教成立了，道士的名称也确定了（佛教僧人称道人）。汉桓帝祭老子，因为老子是道教的教主。
襄楷说“或言老子入夷狄为浮屠”，所谓或言，就是道教徒说了这种话。道教虽然模仿佛教，但要排斥或贬低佛教，含有汉族自己创立宗教抵抗外来宗教的意义。在这一点上，它和反对佛教破坏汉族传统礼法的儒家可以联合起来（在北朝，这种联合尤为显著）。另方面，道教虽然宗奉老子，但和宗奉老庄，研究哲理的玄学家，却没有信仰上的关系。魏和西晋的玄学家，都主张无神论，他们只是采取一些佛教教义作谈助，并不信佛教的神，同样，他们不信老子是神，服寒食散，为的是养生（嵇康作《养生论》），并不求长生不死。所以，必须区别玄学和道教，认明玄学是属于道家流派的一个哲学派别，道教是从神仙家扩大而成的一个宗教。
东晋玄学家探研佛理，比西晋更为普遍和深入，他们在哲学上采取佛理，在文学上也玄佛并用。宋檀道鸾《续晋阳秋》说，王弼何晏始创玄学，东晋佛理尤盛行，许询孙绰作文辞，玄言外又加佛语。许孙二人是一时文宗，因此造成文学界的风尚。东晋以后，玄学作为四种学问的一种，与儒文史并列，始终保持着一个哲学派别的面目，与佛教接近，与道教有距离。梁武帝谈玄又学佛，排斥道教，著名的丹鼎派道士陶弘景给梁武帝诗说：“夷甫（王衍）任散诞（放纵），平叔（何晏）坐论空（谈空无）。岂悟昭阳殿，遂作单于宫”。诗意是讥刺梁武帝和一般士大夫谈玄崇佛，有亡国的危险。可见道教徒不赞成玄学和佛教，玄学家和佛教徒也不赞成道教。
最大的道教徒是东晋葛洪。葛洪著《抱朴子·内篇》二十篇，《外篇》五十篇。《自叙》说“其《内篇》言神仙方药、鬼怪变化、养生延年、禳邪却祸之事，属道家（这里所谓道家实际是神仙家），其《外篇》言人间得失、世事臧（善）否（恶），属儒家”。《内篇·明本篇》定儒学与道教的先后，说“道者儒之本也，儒者道之末也”，这是道教对儒家关系的说明。《释滞篇》说，老子五千言都是泛论，不切实用，庄子、关尹全无至理，以生存为徭役，以死亡为休息，离神仙家千万里。这是道教对道家（玄学）关系的说明。显然，道教是和儒家接近的。这是道教采取儒家的伦理道德学说，与儒家有相同处。《内篇·对俗篇》说“为道者当先立功德。……为道者以救人危，使免祸；护人疾病，令不枉死，为上功也。欲求仙者，要当以忠孝和顺仁信为本，若德行不修而但务方术，皆不得长生也。”它不同于儒家处，主要在长生不死这一点上。《对俗篇》又说“若委弃妻子，独处山泽，邈然断绝人理（伦理），块然与木石为邻，不足多也。……求长生者，正惜今日之所欲耳（世俗生活），本不汲汲于升虚（到天上）以飞腾为胜于地上（人间世）也。若幸可止家（留在家里）而不死者，亦何必求于速登天乎”。照葛洪的说法，道教并不是想脱离人世，相反，它幻想着求得一种吃了可以不死的药物，永远享受人世的乐趣。春秋时期，齐景公饮酒很快乐，对群臣说：人要是不会死，该多么快乐呵！晏婴回答道：人要是不会死，快乐是属于古人的，怎么会让你来享受（《左传》昭公二十年）。这样浅显的事理，道教徒到死也不懂得，专心一意用妖妄的方法求长生不死。《抱朴子·内篇》就是这样的一部妖妄书，并且是集合战国以来神仙家一切方术的一部妖妄书。
道教固然是妖妄的宗教（凡是神道设教，都不免带着妖妄），但是，妖妄里面还含有一部分可取的成分。在《金丹篇》、《黄白篇》里，主要用矿物炼丹药炼金银，开化学的远源，在《仙药篇》和其他不少篇里，主要用植物治疗百病，实是较为原始的药物学。道教徒主观上是为自己求不死，客观上却为这些科学开先路，削去那些妖妄语，《抱朴子·内篇》可以供给不少的科学史材料。
《抱朴子·外篇》，完全是儒家面貌，不见怪诞的语句。特别是《诘鲍篇》，用荀子和韩非子的观点驳斥道家学派鲍敬言“古者无君，胜于今世”的谬论，表现出社会进化思想。《外篇》许多处说到今胜于古，如《尚博篇》说“俗士多云，今山不及古山之高，今海不及古海之广，今日不及古日之热，今月不及古月之朗。何肯许今之才士，不减古之枯骨。重所闻，轻所见，非一世之所患矣”。他在《汉过篇》说“反经（儒经）诡（违）圣（周孔），顺非而博者，谓之老庄之客。……左道邪术，假托鬼怪者，谓之通灵神人；卜占小数，诳饰祸福者，谓之知来（知未来）之妙”。这不仅否定了老庄学派，否定了今文经学和阴阳五行学派，甚至连自己《内篇》所讲的那些神仙术也否定了。他最后不得不归到古文经学派方面来，承认“王仲任（王充）作《论衡》八十余篇，为冠伦大才”，而《论衡》恰恰是反对一切妖妄的儒学著作。
汉族文化的特点之一是崇尚征实的史官文化，对宗教信仰向来是淡薄的。东汉时，佛教传入中国，“索隐（寻求隐暗无证据的事）行怪（作怪妄的事）”、“舍人事而任（信仰）鬼神”的阴阳五行学以至左道邪术，在佛教影响下，汇合起来成立一个称为道教的宗教。它不能离开儒学而自立，也只有依附儒学，才能和佛教作斗争。东晋南北朝是道教活跃时期，南方有葛洪、陶弘景；北方有寇谦之，都是道教的重要人物，因此，在这里给道教作较多的叙述。
五 、佛 教
外来的佛教，要在宗教信仰淡薄、伦理（根本伦理是孝和忠）基础深厚的汉族精神生活里，争得一个立足点并且发展起来，并不是一件容易事。东晋和南北朝，正是佛教经历着艰难的但是发展的一段路程。这里只说东晋南朝佛教的情况。
西晋丧乱，以王导为首的一群名士（玄学家）避乱，在江南建立东晋朝，一群僧徒也避乱南来。《世说新语》载支愍度想过江，和同行的一个僧徒商议说，用旧的一套说法去江东，恐怕找不到饭吃。两人于是共立心无义。所谓心无义，就是玄学家所谈的空无，东晋很多僧徒能谈玄，因为这是找饭吃的途径。在谈玄的僧徒里，支遁最负盛名，他注《庄子·逍遥游篇》，又作《逍遥论》，俨然是个大玄学家。支遁以后，释慧远最负盛名。东晋士人继承西晋的玄学，但多少感到猖狂放肆的危害，不敢蹈西晋名士破坏礼法的覆辙，儒学又逐渐取得传统的地位。这个趋势在慧远的学问上得到反映。慧远深通玄学，并擅长儒学，尤擅长《三礼》《毛诗》。宋文帝立四学，以雷次宗主儒学，雷次宗就是慧远的学生。慧远讲《丧服经》，后来雷次宗依慧远讲义作《丧服经传略注》。慧远主张“内（佛）外（儒玄）之道，可合而明”，就是企图以佛学为主，以儒玄为输，达到会之有宗（佛），百家（儒玄）同致的目的。支遁依附玄学，慧远想用佛来融合儒玄，从两人的态度上，可以看出慧远时佛教有了发展，取得自立的地位。
与慧远同时，又有一个名僧法显。法显于三九九年自长安出发，西行寻求戒律，路经西域，入北天竺，又经中天竺到狮子国（锡兰）。法显经历三十余国，求得梵本戒律，附商船归中国。四一三年，到建康。法显记载西方诸国情形，成《佛国记》一书。研究当时西域和印度的历史，《佛国记》是一部极重要的著作。
慧远住庐山三十余年，聚集僧徒，讲授佛学，为南方佛教首领。他约集信徒刘遗民、周续之（二人是玄学家）、宗炳、雷次宗（二人是儒家）等名士一百二十三人，在阿弥陀佛像前，立誓死后要往生弥陀净土。往生净土的方法是坐禅修定，息心忘知（不起妄念）；口宣佛号，心注西方（极乐世界），说是死后就可以享受极乐。这是极简易的方法，口宣佛号即所谓念佛三昧，是人人能做的事，经慧远等人的提倡，因此净土宗在南方得以广泛流传。慧远也提倡翻译佛经，给许多译本作序文，并和北方译经大师鸠摩罗什交流译本。法显与名僧们共译戒律多种，添补译经事业中缺少戒律的空隙。慧远和法显对翻译佛教经典的贡献是巨大的。在慧远法显倡导下，南朝译经事业有很大的成就，梁陈时从扶南国来的高僧真谛，居住在广州，专译法相唯识一派的佛书，与鸠摩罗什、唐玄奘被称为三大译家。
宋齐两朝，佛教一直在发展，梁陈两朝，比宋齐又有进展，尤其是在梁武帝时期，南朝佛教登上了最高峰。南朝佛教发展的特点，在于这一时期里，汉族信徒对佛教哲学部分，表现出初步消化的趋势。自东汉时起，佛教徒的事业，主要是译经。翻译佛经，等于吞咽食物。大体上释道安以前，属于吞咽的阶段。魏晋以来，玄学盛行，从探求老庄的义理扩展到探求佛经的义理（译经事业自然并不偏废），由此，外来的佛教逐渐成为汉化的佛教，佛教的思想逐渐融合在汉族思想里，成为汉族哲学的一个组成部分。儒佛道三家鼎立，互相斗争，也互相吸收，这是初步消化的阶段。以道安慧远为标志，开始了这个阶段。宋明理学则是完全消化的阶段，这时候儒学又恢复独尊的地位，实现儒为主佛老为辅的局面，佛老之学（主要是佛学），被用作养料来丰富儒学（理学）。佛教的哲学部分既被儒学吸去，它只好主要地依靠迷信部分来维持自己的存在。
汉族在东晋南朝初步消化佛学的情况，有如下几种：
（1）作注疏——僧徒承受师传，为佛经作注，这是儒家给僧徒的影响。僧徒推衍义旨，为佛经作疏，解释比注为周详。后来儒家也为儒经作义疏，这是僧徒给儒家的影响。作注“非师不传，不敢自由”，作疏则依据作者的研究，申明经旨，不必拘泥于师说。
（2）作法论——宋明帝敕陆澄撰《法论》。梁武帝敕宝唱撰《续法论》。这两部《法论》搜集梁以前关于阐发佛法的论文数量很大，虽然两书都已亡佚，但就僧肇《般若无知论》、《物不迁论》和残存的篇目如道安《实相义》、《性空论》，慧远《辩心意识》、《释神名》等来看，应都是总摄要义，经过自己的思考，才作出这些通论或专论。法论的大量出现，说明佛学是在消化中。
（3）与儒家和道教作辩论——这种辩论，既刺激佛学的加速消化，也催促佛学的逐渐汉化，对佛教的发展，作用最大。因为在激烈的思想斗争中，佛教徒如果不精通佛理，机械地搬运佛经的辞句来应敌，是不能立足的；佛教在外国，宗教势力超出政治势力，但在中国，不论帝王如何尊信佛教，帝王终究要依靠儒家的礼法来统治人民，佛教徒如果不适应中国社会的传统惯例，使佛教汉化，在不抵触儒家伦理道德的情况下进行宗教活动，而企图传播完全外国面貌的佛教，也是不能立足的。对儒学和道教进行辩论的重要论文，大体收集在梁朝释僧佑的《弘明集》和唐朝释道宣的《广弘明集》里，僧佑《弘明集后序》对佛教被儒家攻击的六个问题（一，“经说迂诞，大而无征”；二，“人死神灭，无有三世”；三，“莫见真佛，无益国治”；四，“古无法教（佛教），近出汉世”；五，“教在戎方（西方），化非华俗”；六，“汉魏法微，晋代始盛”）进行辩护，只能用儒书中事例“为法（佛教）御侮”，不敢用外国事例来攻击儒学，这是佛教不得不汉化的显例。
（4）作传记——天竺记史事往往与神话混杂，或残缺不全，但佛教传入中国，由于受汉族特重史学的影响，作风大变。东晋南朝佛教徒写成有关佛教的传记，种类甚多，现存的著作是梁朝慧皎所作《高僧传》十六卷。本书上起公元五八年（东汉明帝永平元年），下讫五一九年（梁武帝天监十八年），列举南北高僧二百五十七人，附见二百三十九人，采访极广，务求信实（当然，宗教记载不可免地要杂入迷信荒诞事）。后世依据成规，屡续《高僧传》，成为研究佛教史的一种重要资料，这也是佛教汉化的一个显例。
佛教在南方继续上升，在佛寺方面，数目有很大的增加。就建康一地计数，东晋时约有佛寺三十七所，梁武帝时又累增到七百所。建康以外，各地佛寺的增加，比例当相类似。梁郭祖深上书说，“都下佛寺，五百余所，穷极宏丽。僧尼十余万，资产丰沃。所在郡县，不可胜言”。这是当时佛寺大兴的实录。在造像方面，多用金属铸造形象，宋文帝时，萧摹之请限止用铜造像，足见当时有很多铜像。此后，宋孝武帝造无量寿金像，宋明帝造丈四金像，梁武帝造金银铜像尤多，他曾造丈八铜像置光宅寺，又敕僧佑造剡溪石像，坐躯高五丈，立形高十丈，建三层高的大堂来保护石像。其余王公贵族造像也不会少，确是奢靡无极，大耗民财。在佞佛方面，齐竟陵王萧子良设斋大会众僧，亲自给众僧送饭送水，也就是舍身为奴的意思。至梁武帝竟公开舍身同泰寺，表示为众僧作奴，佞佛达到极点。此后，陈武帝在大庄严寺舍身，陈后主即位，在弘法寺舍身。舍身成为皇帝在位的一种仪式，类似儒家仪式的皇帝南郊祭天，道教仪式的皇帝受篆。如果三种仪式作比较，舍身是最虚伪卑劣的表现。
南朝兴佛教，虽然有上列三种情形，但重点仍在研究佛教的义理，对中国唯心主义哲学的发展是有巨大影响的。南朝和北朝趋向不同，北朝兴佛教，重点在发扬佛教的形迹，建寺院、造石窟，佞佛求福比南方更甚。这些形迹对中国艺术的发展也是有巨大的贡献。作为一个宗教的佛教，在宗教信仰淡薄的汉族社会里，经过一度兴盛以后，终于衰落了，它的哲学和艺术，经过长时期的消化，却丰富了汉族古文化的内容。
六 、儒、佛、道教相互间的斗争
生和死，在人类思想上是一个最严重的问题。儒家重生不重死，学说着重在怎样做人，怎样规定人与人的关系和怎样统治人民，儒经所讲不外伦理道德和政治制度，对死后事（鬼神的有无）置而不论。所谓“未知生，焉知死”（生前的事未知的还太多，那里管得死后的事），就是儒家对生和死的态度。又如“朝闻道，夕死可矣”，更显示重生轻死的精神。这是儒家学说的切实处，但也因为这种切实的学风，在哲学思想上或者说在精神现象的研究上（孔子极少讲性、命、天道），孟子和董仲舒为代表的唯心主义学说，荀子和王充为代表的唯物主义学说，研究的宽度和深度，都是很不够的。佛教的传来，使得儒家唯心主义哲学大大发展起来（宋明理学）。从哲学的整个发展过程来说，这是一个大的推进。不论儒学如何吸收佛教哲学，但对生死问题，在说经时依然保持“未知生，焉知死”或神灭论的儒家面目，所以儒学始终不曾宗教化。道家不信死后有鬼神，学说着重在个人生前的适意求乐（“长生久视”也是适意求乐的一种）。它的支派魏晋玄学，正如《列子·杨朱篇》所发挥的那种无鬼论，是极端消极腐朽的思想。东晋以后的玄学，与佛教联合，玄学家既要生前享现世的乐，又愿死后享来世的乐，玄与佛不曾发生过斗争，实际上玄学附和了神不灭论，已成佛教的助手。佛教和道教都相信神不灭，但对不灭的想法却不同。道教以“无死”（肉体常生）为宗，是贪生的宗教。它希望得不死药求长生，还希望带着妻妾奴仆甚至鸡狗全家登天，这就是想用自己现有的肉体永远享受无穷的人欲。所谓尸解羽化，是后来制造的骗术，原来是想肉体永生的。《抱朴子》说“服阴丹以补脑，采玉液于长谷”（房中御女术），可以延年，黄帝带一千二百女升天，说明道教思想何等的贪婪，何等的丑恶。它本身并没有什么哲学，只是一片妖妄。它和佛教发生斗争，不是因为哲学不同，而是因为想用自己的幻想排斥外来的幻想。佛教以“无生”（精神不死）为宗，是畏死的宗教。它确认死是必不可免的事，因此宁愿放弃现世的人事，专心为死后作打算，借以逃脱生死之苦，避免轮回（报应）之痛。慧远致刘遗民等信里说，“意谓六斋日（每月有六天斋戒），宜简绝常务，专心空门，然后津寄之情笃，来生之计深矣”。本来玄学家一向简绝常务，专心空无，现在说这是为来世种福根，宜乎东晋以来，玄佛合流。以上四派，分成斗争的两个营垒，一方面是儒学，一方面是佛教。道教附儒，玄学附佛。儒佛斗争的根本问题是神灭论与神不灭论，其他如礼制、华夷等问题，都是较次的争论。
儒佛争论，在东晋，主要为礼制问题。晋成帝时庾冰执朝政，主张沙门见皇帝，应该行跪拜礼。佛教徒（朝官和僧徒）坚决反对。经反复辩论，庾冰的主张失败了。桓玄又提出跪拜问题，与佛教徒反复辩论，等到篡位后，放弃了自己的主张。宋孝武帝诏令沙门拜皇帝，他的儿子宋废帝废除宋孝武帝的诏令。僧徒不拜父母和皇帝，等于否认儒家的根本伦理，儒家要僧徒拜皇帝，等于否认僧徒的弃俗出世，而且正如反对桓玄的桓谦等人所说，如果僧徒改变不拜皇帝的规矩，那末，其他应该改变的事还很多，一改再改，也就不成其为僧徒。在这一斗争中，儒家的进攻敌不过玄佛两派的联合反抗。
宋齐间，出现道教和佛教的斗争。东汉道教徒已有老子入夷狄为浮屠的谬说，西晋道士王浮造《老子化胡经》。到宋末，道士顾欢作《夷夏论》，极意诬佛，引起两教的大争论。《夷夏论》要旨在于“舍华效夷，义将安取”？就是说，汉族人有自己的礼制风俗，为什么要模效外国的礼制风俗。齐道教徒假托张融名义作《三破论》，仍是《化胡经》之类的谬说。道教徒一贯用造谣诬蔑为斗争的手段，佛教徒也造些谣言来反攻，如《正诬论》说老子闻道于竺乾古先生，竺乾即天竺，古先生即佛，所以老子是佛弟子。又如《清净法行经》说佛遣三弟子到震旦（中国）教化，儒童菩萨即孔子，光净菩萨即颜渊，摩诃迦叶即老子。道教攻击佛教，竟向谣言求助力，当然是毫无意义的辩论。在这一斗争中，道教徒被佛教徒战败了。
神不灭论是佛教的根本依据，只有儒家的古文经学派能够推倒这个根本依据。儒家在平时对鬼神持不可知论，但在反对主张有鬼神的学派时，它可以主张无鬼论，战国儒家曾用无鬼论反对墨家学派，就是一个先例。东汉今文经学派盛行，王充曾主张无鬼论来反对今文经学派。王充的学说，到齐梁间，由于范缜作《神灭论》，得到很大的发扬。范缜以前，宋何承天反对轮回说，作《达性论》，说“生必有死，形毙神散，犹春荣秋落，四时代换，奚有于更受形哉！”宋范晔曾想著无鬼论，说死就是灭，天下决无佛鬼。《后汉书·西域传》说佛教“好大不经，奇谲无已”，“精灵起灭，因报相寻，若晓而昧者，故通人多惑（被骗）焉”。这些都是不信轮回，不语怪神的儒家思想。齐竟陵王萧子良大兴佛教，声势极盛，儒家思想也高度发展，成为范缜的《神灭论》。范缜是名儒刘瓛的学生，博通经术，尤精三礼，秉性质直，敢于发高论。萧子良招名士萧衍、沈约等人作宾客，范缜也被招请。当时著名士人多集中在竟陵王府，正是儒佛斗争的最好场所。萧子良崇信佛教，范缜当面反驳。萧子良问，你不信因果，那末，为什么人有富贵贫贱？范缜答，人生在世，好比树上同时长的许多花，随风飘去，有些落在茵席上，有些掉在粪坑里。贵贱固然不一样，因果究竟在那里？萧子良说不出理由，很不满意范缜的回答。范缜作《神灭论》，证明物质是实在的，精神是附生的，论中设有问答凡三十余条，大旨如下：
（1）精神是肉体（形）的作用，肉体是精神的本质。肉体存在，精神也得存在；肉体死灭，精神也就消失。好比一把刀。精神是犀利，肉体是刀口，没有刀口，就不会有犀利。所以，没有肉体，也就不会有精神。
（2）物质有多样的种类。譬如木是无知的物质，人是有知的物质。人死了，身体变成象无知的物质，因之死人也就象木质的无知。
（3）物质变化有一定的规律。譬如树木，先是活树，后是枯木，枯木决不能又变活树。犹之活人要死亡，而死人决不能再变活人。
（4）心脏（那时候不能知道脑的作用）是思想的器具。心脏有病，思想就错误，可知精神是物质（心）的产品。
（5）鬼神是没有的。儒家祭祀鬼神，只是教人孝悌，不是说真有鬼神来饮食。妖怪也是没有的，古书记怪事，不可凭信。佛教说人死变鬼，鬼又变人，是毫无证据的谎话。
《神灭论》最后指出世人信佛，动机由于自私自利。富贵人不惜竭财破产布施富僧，对贫穷人丝毫不肯救济，因为布施富僧有来世得厚报的希望，救济贫穷得不到一些报酬。现在国家贫弱，人民困苦，都是相信精神不灭的缘故。归根到底只有耕田吃饭，养蚕穿衣，才是人生真实的事业。
《神灭论》发表后，佛教信徒喧哗反对，萧子良集众僧和范缜辩论，都被范缜驳倒，有些人写《难神灭论》，可是他们只能拿些书本上的鬼神来证明鬼神，谁也拿不出一个真鬼神来。范缜依据真理，和他们进行论战，确是做到“辩摧众口，日服千人”，佛教受到致命的打击。一个佛教信徒王琰借儒家尊敬祖宗的信条作武器，想一下子难倒范缜，说，范先生呵！你竟不知道你的祖先神灵在那里！意思是说，你不承认你的祖先神灵在天上，就是不孝。范缜回答说，王先生呵！你既然知道你的祖先神灵在那里，为什么不自杀去找他们！萧子良使王融劝范缜，说，象你这样的美才，不怕不迁升到中书郎那种高官，何苦坚持这个议论，阻碍自己的前途。范缜大笑答道，我范缜如果卖论求官，更大的官也做到了，何在乎你说的那个官。范缜是这样有骨气的一个思想家，佛教徒束手无策。萧衍做皇帝后，下了一道答臣下神灭论的敕书，硬说范缜违经（儒经）背亲，言语可息（不许再说）。又给范缜加上罪名，流放到广州。僧徒释法云拿着这道敕书，送给王公朝贵们看。王公朝贵六十二人写回信，跟着梁武帝来责骂范缜，佛教徒算是依靠政治压力挽救了佛教的危机。范缜遭贬斥，儒家的反对并不停止。郭祖深抬着棺材到宫门极谏，说行佛法要亡国。荀济也上书痛斥佛教，几乎被梁武帝杀死。张僧繇专画寺壁，曾在江陵天王寺画毗（音皮pí）卢舍那佛及仲尼十哲像。梁武帝问张僧繇，何故佛寺中画孔圣人。张僧繇答，将来还得靠他。这个答话是有意义的，佞佛的人也知道佛教终究压不倒儒学。
凡是佛教徒，都主张调和儒佛，沈约作《均圣论》，就是这种思想的表现。道士陶弘景作《难沈约均圣论》，反对“内圣（佛）外圣（周公孔子），义均理一”的说法。足见在佛教极盛的时候，道教徒还是依附儒家，反对佛教。
儒家佛教道教的关系，大体上，儒家对佛教，排斥多于调和，佛教对儒家，调和多于排斥；佛教和道教互相排斥，不相调和（道教徒也有主张调和的）；儒家对道教不排斥也不调和，道教对儒家有调和无排斥。梁武帝原来是父祖相传的道教徒，做皇帝后（五○四年，天监三年），在佛前立誓舍弃老子（道教）的邪法，一心事佛，又敕群臣舍道事佛，说，老子周公孔子都是邪道，只有佛是正道。可是，就在这一年，为孔子立庙，置五经博士。在立学诏（五○八年）里又说，“建国君民，立教（儒学）为首，砥身砺行，由乎经术”，对儒学崇奉备至。这正说明儒学有传统的力量，即使梁武帝看作邪道，也只能用调和手段，不能用佛教来排斥儒学在政治上的地位。道教却确实被排斥了。陶弘景三十六岁便退出仕途，他给亲友信里说，“知几其神乎，毋为自苦也”。这就是说，道教徒在政治上不可能得到出路，不如隐居为妙。
七、 科 学
东晋南朝在科学研究上，也有杰出的人物，其中祖冲之的成就尤为巨大。
虞喜——古来谈天体的学说有浑天、盖天、宣夜三家。浑天家以为天裹地似卵含黄，天地俱圆。盖天家以为天似盖笠，地似覆盘，天圆地方（《周髀算经》）。天文学家多持浑天说。宣夜家以为天并无形质，日月众星自然运行在虚空之中，这些独到的见解，因不被重视而失师传。东晋虞喜依《宣夜论》作《安天论》（天不动），反对浑天说，尤反对天圆地方说，以为“方则俱方，圆则俱圆，无方圆不同之义”。他的重大成就是首先发现岁差现象。虞喜以前的历数家，天周（恒星年）与岁周（回归年）不分，以为太阳自今年冬至点环行天空一周到明年冬至点是永远相吻合的。虞喜开始测出太阳从今年冬至点到明年冬至点，并不是在原点上，而是不及一些。这个不及处称为岁差，又称为恒星东行或节气西退。虞喜测定每五十年冬至点西退一度，虽然很不精密，但岁差的发现，是历数学的一个大进步。
何承天——宋何承天继承母舅徐广四十余年观测天象的记录，自己又观测四十年，创制新历法。宋文帝采用他的新历法，称为《元嘉历》。《元嘉历》创定朔法，使日月食必在朔望。又创调日法，为唐宋历数家所沿用。
祖冲之——齐祖冲之是古代著名的大科学家。他的祖父祖昌，宋时作大匠卿。大匠是朝廷管理营造的最高官，想见祖昌是个建筑师。祖冲之早年就以博学著称，得到宋孝武帝的重视。他擅长数学，最特出的贡献是求得圆周率。《周髀算经》定圆周率为三，即圆周的长度为直径的三倍。经数学家相继探求，圆周率的推算逐渐进步，西汉刘歆求得三·一五四七，东汉张衡求得三·一六，曹魏刘徽求得三·一四，宋何承天求得三·一四二八，到祖冲之才计算出圆周率在三·一四一五九二六与三·一四一五九二七之间。祖冲之注《九章算经》，又撰《缀术》。唐朝国学里教数学，就用《缀术》作课本，学习期限定为四年，这部书的重要性可以想见。
何承天的《元嘉历》比古历十一家都精密，祖冲之认为还嫌粗疏，创制称为《大明历》的新历法。《大明历》测定一回归年（太阳自今年冬至点到明年冬至点）的日数为三六五·二四二八一四八一日，与近代科学所得日数相差只约五十秒。又测定月亮环行一周的日数为二九·二一二二二日，与近代科学所得日数相差不到一秒。古人称木星为岁星，春秋时期用岁（岁星）在某次（天分十二次）来纪年，因为当时认为岁星恰恰十二年行一周天。刘歆《三统历》知道古法有误，创岁星一百四十四年超一次的超辰法。祖冲之改正刘歆的粗疏，定“岁星行天七匝（音zā）， 环绕一周。七匝，八十四年），輙超一次”（《三统历》是岁星行天十二匝，超一次）。木星公转一次是一一·八六年，七次是八三·○二年，和祖冲之所测定的八十四年，相差颇近。《大明历》开始应用虞喜的岁差法，此后历数家无不研究岁差度数，逐渐趋向精密。《大明历》多有创见，宋孝武帝令朝臣会商，有人以“诬天背经”为理由，反对采用《大明历》。直到梁武帝时，才用《大明历》代替《元嘉历》。
祖冲之又能制造机械。他曾为齐高帝造指南车，车内设铜机，车子任意圆转，不失方向。又造千里船，一天能行百余里。《南史》还说，祖冲之本诸葛亮木牛流马遗意，造一种陆上运输工具，不借风力水力，机械自身能运动，不劳人力。这可能是不很费人力的机车，也可能是史家的虚构，因为唐宋还有类似千里船的人力轮船，机车却从不见于后世的记载。
祖冲之的儿子祖暅之（暅音宣xuān），幼年就传习家学，当他深思入神的时候，霹雳声也不会听到。有一次在路上行走，头触大官徐勉，徐勉叫他，才惊觉。他用立体几何中的一种方法求得圆球的体积，又造铜日圭（测日影用）、漏壶（滴水计时器），都极精密。他的儿子祖皓，也传家学，擅长历算。侯景作乱，祖皓被杀。自祖昌以来父子相传的科学世家，被侯景覆灭了，是多么大的损失！
八、 医 学
东晋南朝，士族多精医学。东晋殷浩妙解脉理，治一百岁老妇人病，一剂便愈。殷仲堪亲为病人诊脉制方，借示仁慈。宋孔熙先善疗病，兼精脉理；羊欣善医术，撰药方数十卷。这些医家中最出色的要算道教徒葛洪和陶弘景。
葛洪说，道士一定要兼修医术，以免诸疾病。葛洪搜集戴霸、华佗所集《金匮绿囊》、崔中书《黄素方》及《百类杂方》五百余卷，又搜集甘胡、吕傅等人所撰《暴猝备急方》几百个，作《玉函方》一百卷，按病名分类，按病类施方，检查很方便；又作《肘后救猝方》三卷。他说，家里有了这个《救猝方》，可以不用医生。医生多是承袭世业，有名无实。他们自造虚名以图财利，开方喜用贵药多至数十种，贫家请他们不起，请来了又多害人，倒不如自己懂得医方，比请无知医生要妥当些。葛洪所作《救猝方》，都是验方，药物用易得的草木，不用贵品。陶弘景注《本草经》，又撰《药总诀》，又增补葛洪《肘后救猝方》，作《肘后百一方》。葛洪陶弘景都说，医师和药物多在京城里，京外城邑就不多，乡村更是缺少医药，他们作肘后方，是为贫家着想，用意是很好的。城邑里医学发达，就《隋书·经籍志》所载南朝医药书，有脉理、病理、药性、制药、针灸、孔穴、制丸、制散、制膏、制丹、单方、验方、家传秘方等书；分科有小儿科、产科、妇女科、痈疽科、耳眼科、伤科、疟疾、痨病、癞病、软脚病、饮食法、养生术、男女交接术、人体图、兽医科（马牛驼骡）、印度医方等。撰书人多是著名士族，科目分得很精细。
九、 艺 术
书法——书法自东汉以来，成为一种重要的艺术。魏钟繇始创真书，独辟新境，因此被称为秦汉以来一人而已。至东晋王羲之，集书法之大成，被称为书圣。王羲之不仅吸收汉魏诸书家的精华，更重要处还在于脱出钟繇真书的境界又自辟新境。这就是说，钟繇的真书多少还留有隶书的遗迹，王羲之的真书，形体完全能自立。有人以为“右军（王羲之曾作右将军）书成而汉魏西晋之风尽，右军固新奇可喜，而古法之废，实自右军始”，就是指这一点说的。王羲之的儿子王献之，书法不比王羲之低，人称为小圣。父子合称为二王。齐朝王僧虔说“变古制今，惟右军、领军（二王）尔。不尔，至今犹法钟（繇）张（芝）也”。梁武帝评王羲之书，说“如龙跳天门，虎卧凤阁，故历代宝之，永以为训”。二王真书为南方书体的正宗，北方沿袭魏晋（西晋）旧书体，因之南北书法不同。南北统一后，经唐太宗的提倡，二王真书成为全国书体的正宗。
绘画——唐张彦远《历代名画记》说“象物必在于形似，形似须全其骨气。骨气形似，皆本于立意，而归乎用笔，故工画者多善书”。南朝士族特重书法，因之绘画也同时发达。东晋朝如晋明帝、王羲之、王献之、顾恺之、戴逵、戴逵，宋朝如陆探微、宗炳、谢庄，齐朝如谢赫、刘瑱（音镇zhèn）、毛惠远，梁朝如梁元帝、陶弘景、张僧繇，陈朝如顾野王，都是最著名的画家。其中顾恺之尤为杰出。谢安称顾恺之画为生人以来所未有，当时人又称顾恺之有三绝，画绝是三绝之一（其余二绝是才绝、痴绝），足见他的绘画在当时已经达到了空前的境界。他改变汉魏以来古拙的作风，特别着重在传达画中人物的神情，因此点睛成为传神的一个重要手段。他常说，“传神写照，正在阿堵（这个，指点睛）中”。瓦棺寺僧设大会请朝官布施，朝官施钱最多不过十万，顾恺之独布施一百万。令寺僧备一新壁，顾恺之闭门月余，画维摩诘像一躯，告寺僧说，观众第一日可请施钱十万，第二日五万，第三日随意布施。画毕开寺，维摩诘画像光彩耀目，据说有“清羸示病之容，隐几忘言之状”。几天得钱数百万。现在还存在的《女史箴图》，相传是顾恺之的真迹。其他画家如：宗炳善画山水，顾景秀善画虫鸟。谢赫善写真，称南朝第一。刘瑱善画美女，毛惠远善画马，都称当时无匹。梁元帝善画外国人物，张僧繇专画寺壁。谢庄制方丈木版，画中国山川疆域，分开是一州一郡，集合是全国地图。画地图不是艺术，但也表现出他的巧思。
汉魏以来，书家常著书法论，阐发书法的秘巧。自东晋起，画家也作画法论，如顾恺之有《论画》，谢赫有《论六法》（一、气韵生动；二、骨法用笔；三、应物象形；四、随类赋彩；五、经营位置；六、传模移写），王微有《叙画》。唐以后人论书法画法，没有人能超出东晋南朝的范围。
雕刻——戴逵工书画，人物山水，妙绝当时。戴逵又善铸佛像及雕刻，曾作无量寿佛木像高丈六，并旁侍两大菩萨。因旧传雕刻术朴拙，不能起人敬心。戴逵潜坐帷中，密听观众批评，所有褒贬，悉心研究，接连三年，修成新像，众人惊服。戴逵子戴逵，传父业，宋太子在瓦棺寺铸丈六金像，像成觉头面瘦小，工匠无法再修改，请戴颙审视。戴颙说，这不是面瘦，是臂胛过肥。削损臂胛，形相就变得很雄伟。其他雕铸如梁释僧佑造剡溪大石像，释法悦铸丈九金像，用铜四万三千斤，技术也颇有可观。不过，南方佛教发展的重点在义理方面，宗教形迹方面不甚重视，因此，雕刻远不及北方佛教的规模巨大、技术精湛。
摹拓术——王羲之学书，得力于蔡邕石经、张芝《华山碑》和钟繇的书法（主要应是《受禅碑》）。这些碑都在北方，疑当时已有拓碑术。顾恺之有摹拓妙法，用好纸依法上蜡，拓名画不失神采笔意，这比拓碑术更精致得多。拓碑的方法，一朝有人应用到木版上，就会变成印刷术。
南方权贵大营宫室，僧徒盛造寺塔，规模虽不及北方，建筑术却也有相当的成就。南方士族多擅长音乐，创制新声。又围棋与书画同样重视，称为手谈，或称坐隐。凡是能满足精神上享乐的文化事业，南朝都有高度的发展。高欢说，江东有萧衍老翁，专讲衣冠礼乐，中原士大夫企慕他，说是正朔所在。隋灭陈，得清商乐，隋文帝说，“此华夏正声也”。北方承认南方文化是华夏正统，不仅音乐一端，所以，军事上北朝战胜南朝，文化上却是南朝战胜北朝。——范文澜《中国通史》人民出版社2009年版
简短的结论
西晋末大乱，北方一部分士族和大量劳动民众迁移到长江流域，对南方经济文化的发展，起着促进的作用。
东晋南朝立国将近三百年，除梁末大乱，其余战乱，都是局部的，短期的，破坏性并不太严重。大体上社会处在安定状态中，因此，经济和文化的发展，获得了必要的条件。
东晋南朝是汉族建立的政权，在对抗北方非汉族政权的意义上，得到南方士族和广大民欢的拥护，也得到北方汉族民众的同情。北方统治者两次大举南侵（三八三年前秦苻坚，四五○年北魏太武帝），南方政权用小的兵力击败北方军，主要是依靠南北汉族的合力支持。自然，南方执政者的军事部署和长江天险的利用，也是击败北方军的重要原因。
以王谢两家为首的百家士族，始终是南方政权的骨干。宋齐梁陈四朝皇帝都出身素族，他们纵然引用一些有功和得宠的寒人，百家士族的尊严地位，仍不可触动。在皇帝统率下，百家士族和贵族（皇帝家子弟）共同执掌政权。百家士族和贵族是享有各种特权的一个社会阶层。
新朝代兴起，总有一个社会比较安静的时期，民众从而多少获得一些休息的机会。等到这个朝代的暴君出现，一个新朝代又起来代替它。所以，将近三百年中，南方改换了五个朝代，对稳定社会来说，是有积极意义的。
长江流域经济就在这种情况下继续发展起来。特别是杂炼生鍒的炼钢法被发现，使南方生产工具得到改进。水利的兴修，扩大了水田面积，耕作技术的进步，提高了农作物的产量，稻谷产量比粟麦高，这就有可能繁殖长江流域的人口。东晋以下，人口有显著的增加，依靠劳动民众的力量，一向落后的经济，逐渐追上黄河流域的水平。黄河长江两大流域合起来，中国封建经济的势力更繁盛了。在这个基础上，才产生出比两汉更强大的唐朝。
劳动民众发展长江流域的经济，享受特权的士族和贵族，得到充裕的物质供养，过着富饶安闲的生活，有余力来从事文化事业。东晋南朝在文化上的成就是划时代的。就文学艺术说，汉魏西晋，总不离古拙的作风，自东晋起，各部门陆续进入新巧的境界。艺术部门，王羲之的书法，顾恺之的绘画，戴逵的雕刻，都在东晋时完成革旧布新的事业。文学部门，革新开始于宋齐，至梁陈接近于完成，进一步就成为唐朝的律诗律赋和四六文。另一种革新，是以古文（散体文）改革骈体文，开始于陈朝的姚察，为唐韩愈开古文运动的先路。就经学、哲学、宗教说，西晋以前，总不离拘执不开展的作风（魏及西晋玄学，对两汉经学是开展的表现，但仍拘执于老庄之学），自东晋起，各部门都无拘执地开展起来。首先是佛教，对各方面发生巨大的影响。玄学和佛教合流，道教仿佛经大造道经（《隋书·经籍志》道教经戒三百一部，九百八卷，饵服四十六部，房中十三部，符箓十七部。这种道经大部分是东晋南北朝道士所造），儒学也采取佛学中义疏体作儒经义疏，梁朝皇侃作《论语义疏》，还用一些佛理来解释儒学。不管玄道（教）儒三家与佛或合流或反对，在佛教影响下，各有开展的现象，是不可忽视的事实。
汉族人宗教信仰一般是淡薄的，即如虔诚的佛教徒梁武帝，虽然宣布道教是邪法，但仍尊敬陶弘景，要他制成神丹，让自己也可以长生；陈武帝是虔诚的佛教徒，但又是道教的信徒。佛教盛行，道教也同样盛行，三吴及滨海各地，道教尤为得势。一般人希望从这一宗教的神也从那一宗教的神得到各种好处，无专奉一教专求一神的信心，这种思想的本质，依然还是儒家的那个鬼神不可知论。儒家的伦常、礼法，佛教的因果报应，道教的长生成仙，都可以共居在一个人的头脑里，梁武帝等人三教同源合流的主张，并不是没有依据。用佛教的五戒（不杀、不盗、不淫、不欺骗、不饮酒）、十善（不犯杀、盗、淫、妒忌、忿恨、愚痴、谎话、巧辩、挑拨、恶骂），配合儒家的五常（仁义礼智信），再加上天堂地狱因果报应的整套神道设教，统治者以为可以化民成俗，坐致太平，因之，催促儒佛合流，尤为致力。
但是，儒学中的正统派思想家（古文经学派中的王充派），在神灭或不灭的根本问题上，与佛教进行着不调和的斗争。这一派论家人数虽少，真理却在这一派方面，范缜《神灭论》发表后，震动了当时的整个思想界，因为真理是具有真正威力的。自东晋时起，特别是从宋时起，儒佛斗争愈趋尖锐化，宗炳作《明佛论》，主张人死神不灭，何承天著论驳宗炳。何承天作《达性论》，主张人贵物贱，否认佛教众生平等说，又主张神灭，反对佛教轮回说。颜延之著论驳何承天。范缜作《神灭论》，引起更广泛的辩驳。大抵南朝思想家析理精细，反复深入，辩驳解答多至七八次，始终保持严肃的态度，不动意气，这一点堪称论家的良好模范。梁武帝用政治压力阻止范缜的答辩，破坏了这个惯例，实际上等于梁武帝为首的神不灭论者，宣告自己理屈辞穷，承认失败。
在东晋南朝时期，长江流域开发出来了，使隋唐封建经济得到比两汉增加一倍的来源；文化事业发展起来了，使隋唐文化得到比两汉提高一层的凭借。东晋南朝对历史是有贡献的，不能因为政治上是偏安，轻视它们的贡献。
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