(一)忽必烈争夺帝位
1、漠南汉地的治理蒙哥汗在取得大位后，对于蒙古帝国的统治仍采用南北分治的办法，命皇弟忽必烈出至漠南，专门负责治理中原。而忽必烈早在藩府中，即招揽有四方名士，时时探讨传统儒家的治国方略。是时在藩府中受到重用的儒士，主要有赵璧、姚枢、郝经等人。待到忽必烈主持中原政务，正好是学有所用，故而政绩斐然，中原大治。
忽必烈到中原执政后做的第一件事，就是将原来的税制加以变更。早在窝阔台汗时，曾在新卫设立军储所，征收山东、河北等地百姓的税粮，以助军费。但以前官府为征收、储存及运输的方便，只收银帛。故而百姓还要将粮食折换成银帛，然后上纳，十分不便。忽必烈乃奏请蒙哥汗，在黄河边筑粮仓5座，而允许百姓直接纳粟，军民两便，深受百姓的欢迎。
忽必烈又在汴都(今河南开封)设立经略司，调动屯驻在唐、邓诸州的军队，于平时开垦农田，而由官府给予耕牛，并设屯田万户，专掌其事。如果宋军来侵，则出军抵御;宋军不来，则耕田收粮，以备军用。兼掌其事者，有部下忙哥、史天泽、杨惟中、赵璧、杨果等人。
宪宗三年(1253年)，忽必烈得到蒙哥汗所赏赐之封邑，其地在京兆(今陕西西安)。忽必烈即于该地设置京兆从宜府，负责在凤翔开辟屯田。又招募百姓，用其所收之粮换取河东解州之盐，军民两便。然后开辟嘉陵江之漕运，以运粮供军队之需。忽必烈还在京兆设立宣抚司，以负责日常之政务，关中大治。忽必烈又在京兆设立交钞提举司，印制交钞，以助商业之流通;并补充日用之军费。及受命远征大理，得胜回师后，又任命亲信廉希宪为关西道宣抚使、姚枢为劝农使，以加强吏治，鼓励农业生产。
当然，特别能反映忽必烈 思大有为于天下 的深谋远虑的，则是他对于开平府的营建。当忽必烈受命主持中原政务之初，他就将藩府向南移动，并选中了桓、抚二州之间的金莲川。这里原来是金王朝的行宫，自然环境优美，又处在中原与漠北都城和林的中间位置，既便于南下处理中原政务，又便于北上与都城联系。
到宪宗六年，在忽必烈重要谋臣刘秉忠的筹措下，一座新的城邑开始建造在滦水北岸的桓州(今内蒙古正蓝旗境内)，时称开平府。经过3年的营造，宫室、城垣初具规模，这里遂成为忽必烈统治中原的中心所在。
忽必烈在治理漠南汉地的实践中，充分认识到了中原传统儒家学说的重要政治作用。他的种种举措，适合了当时中原的社会实际情况，故而取得了较好的治绩。并为他此后争得帝位，一统天下，建立大元帝国，打下了一个坚实的基础。而在他的政治实践中，中原众多政治家的见解和行政措施，无疑地起到了巨大的辅助作用。
2。南下伐宋忽必烈在漠南汉地的卓然政绩，既得到时人的好评，也引起了蒙哥汗的疑忌。当时有人诬告忽必烈有异谋，他信以为真，遂特派亲信阿蓝答儿、脱因、囊加台等人，借清理钱财为名，前往忽必烈之封地京兆(今陕西西安)，以便罗织罪名，加害于藩邸诸官吏，以此来削弱忽必烈的势力。
这时，蒙哥汗正在召集诸王，商议大举南下伐宋之策。藩邸重要谋臣姚枢乃劝忽必烈亲至漠北，谒见蒙哥汗，除去疑忌，以免不测之祸。宪宗七年(1257年)冬，忽必烈乃携同家眷一起北上，兄弟相见，果然尽释前疑。并共商定了伐宋的方略。
翌年冬，忽必烈自开平府(今内蒙古正蓝旗境内)出师。宪宗九年秋，经汝南，渡淮水，入大胜关，至黄陂，败宋守军，直达长江边。正准备渡江攻鄂，忽然得到蒙哥汗在蜀中伤重身亡的噩耗。九月，随从蒙哥汗在蜀中作战的宗王穆哥又正式遣使至此，劝忽必烈也一同率军北还，以便争夺大汗之位。
忽必烈却认为，奉命出征，不能无功而返，于是，拒绝了穆哥及手下众将的劝阻，执意渡江。遂备舟楫，兵分三道，大举渡江。经过激战，打败宋守江水军，直达对岸，进占浒黄洲，然后强攻鄂城(今湖北武汉之武昌)。
是时，宋军也已得到蒙哥汗战死蜀中的消息，士气大振，防守愈严。忽必烈部将张柔等虽亦率军会合，鄂州城却仍不能攻克。
至十一月，进克鄂城尚无希望，而后方的局势却变得越来越不利。是时，蒙哥汗任命留守都城和林的幼弟阿里不哥，亦已得知蒙哥的死讯。于是，遣其亲信阿蓝答儿、浑都海、脱火思、脱里赤等人四出征兵，为其争夺大汗之位作准备。阿蓝答儿负责征集漠北诸部之兵，脱里赤则征兵于漠南，已至燕京(今北京)，形势已很危急。
忽必烈之妻察必皇后，一面在开平府阻挠阿蓝答儿的征兵举措，一面派使臣火速赶到前线，向忽必烈汇报蒙古草原上的政治变动情况，并催促忽必烈立即回师。这时，忽必烈的谋臣郝经也呈《班师议》一文，详细分析了当时的政治局势。指出，前有宋军的顽强抵抗;中原有李璮等割据势力心怀叵测;漠北有阿里不哥企图纂夺大位。如果不及时回师，将处于腹背受敌的险恶境地，重蹈金海陵王兵败被弑的覆辙。
忽必烈这时也对局势有了清醒的认识。又恰逢宋朝宰臣贾似道遣使前来求和。忽必烈遂借机讲和撤兵。为了防止宋军乘机追杀，一方面谎称要率军转攻宋都临安(今浙江杭州)，一方面留大将张柔、亲信张文谦等仍据守江边，数日后再班师。而自己则率军急速赶回燕京，为同漠北的阿里不哥争夺大汗之位而作准备。
3。北上争夺帝位忽必烈回到燕京后，立即制止了脱里赤为阿里不哥征括军队的行动。并将已经征集起来的军队遣散，以安定民心。翌年三月，忽必烈回到开平府，并按照蒙古推举大汗的习俗，召集支持他的蒙古贵族，召开 忽里台大会。
时合丹、阿只吉率西道诸王，塔察儿、也先哥等率东道诸王，皆会于此。忽必烈随即登上帝位。四月，颁布诏书，以告天下。诏文称： 太祖嫡孙之中，先皇母弟之列，以贤以长，止予一人。……实可为天下主。祖训传国大典，于是乎在，孰敢不从。 并以开平府的宫室作为都城。
不久，留守在都城和林的阿里不哥，也在其支持者的拥立下，于按坦河(今阿尔泰山一带)称大汗。自蒙古建国以来，第一次出现了兄弟并称大汗的局面。然而，天无二日，国无二主。二虎必争，胜者为王。忽必烈与阿里不哥之争，只能付诸武力来加以解决。
忽必烈在称帝之后，立刻为武力解决问题进行了周密的准备。首先，是对中原政局的控制。四月，设立中书省，以掌大政。同时，派遣近臣八春、廉希宪、商挺等人至陕西、四川诸处任宣抚使，经略其地。又派粘合南合、张启元等至西京(今山西大同)，以掌山西政局。不久，再恢复曾被蒙哥汗罢掉的十路宣抚司，以赛典赤、宋子贞、史天泽、杨果、姚枢、张文谦等得力部下任宣抚使，出镇中原各地，以控制局势，并相机除去阿里不哥的同党。
所谓 故内立都省，以总宏纲;外设总司，以平庶政。 (见 即位诏书 )
即指此。此外，忽必烈还仿照前此中原各王朝的典制，以 中统 为号，设立纪年，是为中统元年(1260年)，以表示自己才是正统王朝的真正代表。
其次，是在军备上进行周密安排。同年五月，忽必烈下令，命各路官吏买战马1万匹，送至开平。六月，又命燕京、西京、北京3处，共运米10万石至开平及抚州、净州等处。再命十路宣抚司，共造战袄、裘、帽各万件，送往开平。七月，再造裘、帽、袴、靴等各万件，送至开平。有了战马、粮食及裘、袴、靴等装备，战争也就有了保证。
再次，则是调集大批的军队。中统元年四月，忽必烈即征调诸路精兵6500人至都城开平，担任宿卫军。五月又征调诸路兵3万人驻守在燕京一带，六月，再征中原精兵1。5万人至开平，以备出征。七月，各路大军集结完毕，忽必烈乃亲自统率，北讨阿里不哥。是时，漠北的阿里不哥因部下军队尚未齐集，故而避开忽必烈的军锋。至年底，忽必烈到旧都和林(今蒙古共和国哈尔和林)，因为没有遇到阿里不哥的主力军，遂回师。
中统二年秋，阿里不哥见忽必烈主力已经退走，自己的主力军也已集结完毕，乃率大军直取和林。忽必烈部众没有防备，大败。阿里不哥遂乘胜攻向漠南。忽必烈得报，再次调集大军，特别是中原汉军武装张柔、邸浃、张荣实、严忠嗣、张宏等7万户的大军，皆被调来。十一月，南北两军相遇于昔木土脑儿之地，展开激战。阿里不哥军大败，复退回漠北。此后众叛亲离，再也无力向中原发动进攻。而忽必烈又派军队收复了和林，并取消其都城地位，将其降为行省，仍作为统治漠北大草原的一个中心。
到中统五年七月，阿里不哥在漠北的统治已经无法维持，乃不得不率其部下前来投降。忽必烈乃下令，将其亲信不鲁花、忽察、秃满、脱火思等人处死。而随从叛乱的诸王，则因同为成吉思汗后裔，得赦免其罪。因为争夺帝位之战至此结束，忽必烈的统治已经巩固，乃在同年八月下诏改元，年号为 至元.忽必烈与阿里不哥之争，不仅是兄弟之争，而且也是不同政治体制、不同治世方针的较量。忽必烈之所以能够调动大量的军力、物力，而阿里不哥最终导致众叛亲离，皆非偶然，而是不同制度、不同政治方针执行后所产生的必然结果，代表着历史发展的必然趋势。经过这场兄弟之争，帝国的统治中心开始移到了中原地区。
(二)元朝帝国的建立
1。忽必烈的政治思想当蒙古帝国的版图通过军事扩张而不断扩大的时候，各个被新征服地区的文化也随之传入大草原。特别是在中原地区已延续数千年之久的先进的农耕文化，对草原地区的游牧文化，影响尤大。其中，又以农耕文化中的统治思想——即传统的儒家治世思想，对蒙古统治阶层中的一些人，产生重大影响。
作为蒙古统治阶层中的姣姣者，忽必烈较早地接受了中原儒家政治学说的观点，并且在受命治理漠南汉地时，即用这种新的政见来指导他的各种重大举措，由此而取得了较好的治绩。这正是忽必烈之所以不同于前此的蒙古诸大汗的关键所在。特别是他在取得整个帝国的最高统治权后，仍能坚持贯彻儒家的治国方略，来进一步完善帝国的统治机构，公然承认他是中原王朝的 正统 继承人。
与从成吉思汗直到蒙哥汗的各位蒙古统治者相比，忽必烈由于能够接受新的儒家政治学说，而不固守旧的较为落后的草原地区流行的治理方法，其政治思想及各种举措，无疑具有更大的进步性。但是，因为自幼所受游牧文化的长期影响，以及他周围众多的蒙古权贵对传统习俗、思想的保留和维系，对儒家政治学说的反感与抵触，也对他产生了极大影响，从而使忽必烈的政治思想中，又存留了许多旧的东西，一旦在政治生活中遇到风波，这些旧东西的影响就会明显增长，导致忽必烈在许多政治举措中的态度摇摆不定，时时变化。
在统治政策方面，忽必烈即位之初，主要依靠中原的众多杰出官吏，以治理国政，甚至连中书省左、右丞相的要职，也命汉人出任。但是，由于受到李璮叛乱风波影响，忽必烈不得不对汉族的政治势力产生疑忌，从而疏远汉族官僚，开始重用少数民族官僚。这种用人方略的转变，必然会直接导致治国方针以及各种具体理民政策的转变。而少数民族官僚在执掌中原政务之后，因与传统的儒家学说格格不入，乃受到汉族官僚的抵制;又因其敛财之法过于贪婪，而导致广大民众的激烈反抗，往往很快就遭到失败。阿合马被刺杀，桑哥被处死，就是这种用人方略转变所导致最后失败的结果。
在民族政策方面，忽必烈则受到更多的局限性。在中国历史上，由少数民族建立的王朝一统天下，这还是第一次。面对人数众多的、居心难测的汉民，以及中原民众长期存在的对边地少数民族的蔑视心理等等，都对少数民族统治者构成无形的威胁。要想巩固统治，蒙古贵族自然会更多地依靠其他少数民族人士的支持。由于不可能摆脱这种政治心理的支配，忽必烈在制定民族政策问题上，自然也就不可能采取民族平等的方针，而公然采用民族歧视政策。这就是 四种人制度的产生。忽必烈将蒙古人、色目人(即其他少数民族)、汉人、南人分为四等，而给予不同的政治待遇，虽然极不合理，但却可以造成不同民族之间的某种隔阂，而分别加以利用。乃是那个时代的必然产物。
在经济政策方面，忽必烈既接受了中原地区的传统作法，又加进了许多蒙古族的传统习俗。在农业问题上，忽必烈主要沿用中原之旧法。一方面，仿前朝之制，设立大司农司，以负责鼓励、扶持农业生产，并兴修水利等等。
另一方面，则沿用旧的剥削制度，在江北地区，承袭蒙古国时制定的赋税之制，采用丁税、地税和科差等方法，以征敛民财。而在江南地区，则沿用旧宋时所定之两税法，以厚敛民财。在手工业问题上，忽必烈则多半沿用草原旧俗，对全国的工匠严加控制，设置匠籍，又建立许多工匠总管府及大小工局，集中众多优秀的工匠，设匠官进行管理，为其进行大规模的手工生产，以满足皇室的私生活消费及政府的各种需要。这种官营工匠制度，乃是元朝经济上的一大特点。在商业问题上，忽必烈亦沿袭草原之俗，与中原王朝传统的 重农抑商 政策明显不同，而对商人采取了较为优厚的待遇，薄征其税，开通各种交通渠道，陆运、水运空前发达。特别是在城市中，仿照宋朝后期的开放式格局，除去坊与坊之间的阻隔，沿街连巷，商店棋布，使城市的商业经济有了极大的发展。
在宗教政策方面，忽必烈采取了较为宽松的政策。他虽然笃信佛教，大建寺庙，崇礼高僧，广赐寺产，但是，对于草原上久已流传的 萨满教 ，也表示尊奉，岁时施行其宗教仪式。而对于其他各种不同宗教派别，忽必烈也不加以排斥和严禁。例如道教、基督教、伊斯兰教等等，对其领袖人物，也都给以优厚的待遇，时时进行各种宗教仪式，令其为自己祈福。是时受供养之各种宗教人士，多达数千人。并且，忽必烈还建立各种相应的官僚机构，对各种宗教信徒加以管理，以便于加以利用。
在军事政策方面，忽必烈继承老祖宗成吉思汗的传统，进一步推行对外扩张政策。频频调动大军，对东面的高丽(今朝鲜)、日本各国，南西的安南、占城、缅国、爪哇等东南亚诸国，发动进攻，以迫使这些相邻诸国表示臣服，贡纳财宝。他的对外政策主要有六条：一、国君亲自前来进见;二、国君之子入朝为人质;三、将其国民户之数造册上报;四、征派丁壮以充军役;五、输纳税赋;六、设置达鲁花赤官监督其国政。凡臣服之国皆须遵行。
对于他的这种扩张征服政策，相邻各国政府和百姓纷纷起而反抗，元廷为此连年出兵，四出征战，穷兵黩武，劳民伤财。忽必烈的军事政策，是完全错误的，直到他死后，这种政策才有所改变。
2。各种重要举措忽必烈的政治思想，由于受到中原文化的极大影响，故而表现在他的各种重要政治举措中，也与原来蒙古帝国的各项举措，有了极大的不同。首先，是仿照中原王朝的旧制，设立纪年之号。1260年夏，忽必烈在上都(今内蒙古正蓝旗境内)登帝位尚不足1个月，即特下建元诏书，声称： 稽列圣之洪规，讲前代之定制。建元表岁，示人君万世之传;纪时书王，见天下一家之义。 乃命名其年号为 中统 ，寓意只有自己才是中原王朝的正统继承人。到中统五年(1264年)，皇弟阿里不哥从漠北前来投降，内难既平，忽必烈遂再次下诏，更改其年号为 至元 ，表示出更大的政治抱负， 宜布惟新之令，溥施在宥之仁 。由此可见他对中原儒家纪年之法的重视。
其次，是建立一整套中原地区惯行的官僚政体，以取代蒙古国旧制。蒙古国时期，在大汗身边，权力最显赫的职官，当属大断事官。而在各地重镇，执掌生杀予夺大权的，也是由大汗直接委派的地方断事官。忽必烈即位后，一改此制。虽然也保留了大断事官的职位，但其行使职权的范围，却被相应地缩小了。而代之以中书省、行省及各路宣抚司、宣慰司等行政机构。掌实权者则为，中书省的左、右丞相，平章政事，左、右丞等职官，主管中央之政务。而行省之丞相、平章政事及各路宣抚使、副使等人，则负责各地之政务。此外，忽必烈又设立枢密院，专掌全国之军务;设立御史台，专司大小官吏的监察之责。其他相应的各级官僚机构，也陆续设置，日渐完备。元朝帝国的一代典制，由此而定。
第三，是重立国号，新建都城。忽必烈在讨平阿里不哥、改元 至元 的同时，就已经决定将帝国的都城由蒙古草原进一步南移到中原地区来。故而下令将金朝旧都燕京(今北京)改称为中都，并开始修建宫室，以备迁都。
到至元八年(1271年)，忽必烈经过一番斟酌，决定更改国号。他认为， 绍百王而纪统 ，建立强大帝国，必须要设立相称的国号。自汉至唐，诸朝帝业虽极强盛，然其国号，皆起源于始封之地， 概以至公，不无少贬.而蒙古作为国名，仅是沿用民族之称号，自然也与庞大帝国的伟业不相称。故而特下诏书，改国号为 大元.翌年，又改中都之名为大都，并将上都的中书省迁至此处，遂使大都成为全国的政治、经济、文化中心。忽必烈又仿照儒家传统的建都学说，在旧城东北面另建新都，一遵儒书所载 面朝后市、左祖右社 之制，煌煌都城，遂拔地而起。这竟然是中国历史上第一座完全按照儒学观点而有计划地建造起来的都城。就连中书省、枢密院、御史台等官衙的方位，也有严格的规定。
第四，是明定皇储。蒙古国时期，原无明确的立储之法。往往在大汗临终之时，才有遗训，以确定新的汗位继承人。但是，遗训也不足为凭，仍要经过贵族大会 忽里台 的推举，即位者才能成为合法的大汗。例如窝阔台汗临死时，曾立遗训，命皇孙阿难答继承大汗之位。但是，由于太宗后乃马真氏从中作梗，阿难答遂未能登上汗位。 忽里台 大会最后推举皇子贵由继承汗位。这种不明立皇储的旧制，多次引起蒙古贵族内部的激争。有鉴于此，忽必烈在即位后不久，就明确了设立皇储的意向，于中统三年，封皇子真金为燕王，并命其领中书省、枢密院之要职。到至元十年，遂正式册封真金为皇太子，作为皇位的唯一合法继承人。这种明确立储的作法，虽违背了 忽里台 大会的选汗旧制，却能够有效地减少当权贵族之间的相互残杀。
只可惜皇太子真金中年夭亡，这一重要制度又由于种种原因而未能延续下来，乃导致元代中期蒙古皇族各支系间的火并连年不断，政局长期动荡不安，从而严重削弱了元朝帝国的统治力量，其国祚之所以短促，这也是一个重要原因。
第五，是消灭割据，一统天下。忽必烈在平定阿里不哥之难后，即着手消灭割据势力，一统天下。从至元五年开始，忽必烈调集重兵，委派骁将，对江南的宋朝展开猛攻。到至元十三年，攻占宋都临安(今浙江杭州);南宋王朝灭亡。此后，进一步向南推进，到至元十六年，直抵海边，剿灭南宋残部，全中国在经历了数百年的分裂割据之后，再次归于统一。从而对中国历史的发展，产生重要影响，其意义之深远，不言而喻。
第六，加强中央集权。忽必烈即位之初，中原各地的地主豪强，仍独占一方，军政大权集于一身。在平定李璮的割据叛乱之后，各地豪强军阀，如史、张、严等汉军万户，因与李璮有所牵连，故而皆不自安。忽必烈遂乘机削去他们的军权，中原的割据威胁，由此消除殆尽。同时，忽必烈又连年对西北的右手诸叛王发动攻势，派遣诸皇子及重将出镇北庭，以加强元廷对西北地区及北方大草原的统治。其后，又在东北设立行省，以限制东道诸宗王势力的发展，由此而引发宗王乃颜的叛乱。忽必烈随即御驾亲征，平定叛乱，从而加强了中央对东北地区的控制。在西南地区，忽必烈也采用相同的办法，派遣皇子，设置藩府，以镇其地，又设立云南行省，调动中央要员出任省官，以治理该地。而对于西陲吐蕃，忽必烈则在大都设立宣政院，利用藏传佛教高僧的威望，对藏地进行管理，并设立三大宣慰司，直接任命官吏，分而治之。从而加强了中央对吐蕃地区的统治。
第七，沿袭旧俗。忽必烈在采取各种举措，大行 汉法 的同时，对于旧蒙古国的典制，没有一概废止，而是既有扬弃，又有沿袭。其沿袭之侧重点，则主要是在与生活习俗有关的各个方面。其一，是后宫之制。忽必烈即位后，未仿行中原帝王之三宫六院之制，而是沿袭乃祖成吉思汗时之四大斡耳朵之制，每个斡耳朵，由若干个后妃组成，又自成一独立的系统，延续下去。其二，是怯薛近侍之制。凡皇宫禁卫之军，仍分为四怯薛，轮番入值。
其怯薛首领，亦由蒙古世家名门之后代出任，并世世承袭。其他怯薛军士，也是由各级官僚贵族子弟充任。而其所司职责，更是与蒙古诸汗之时毫无差异。其三，是投下分封之制。中原地区，自秦代创行郡县之制，历年已久。
成吉思汗南侵之后，乃创行 投下 ，将所占州县，分赐贵戚、功臣等。这一制度，到忽必烈时，仍加以沿袭，而未废止。在他攻灭南宋之后，又将这一制度推行到江南地区。故而元代的投下州县，遍及全国。
其他如两京岁时巡幸之制，也是草原游牧民族特有的习俗。当然，忽必烈的两京之制，还涵有深远的政治意义，乃是加强中原与草原之间联系的一种重要手段。忽必烈在建立元帝国后所采取的种种重要举措，皆为此后诸帝所遵行，直到元朝灭亡，而没有再出现大的变动。
(三)元朝中央官制的确立
1。中书省
蒙古立国之初，成吉思汗之统帅部众，循中原金朝初起之制(如猛安、谋克)，设立万户、千户、百户等军政合一的组织。及遣左手万户木华黎经略中原，乃封其为国王，而设都行省于燕京(今北京)，作为指挥中心。是时官制，极为简略。
窝阔台汗即位后，蒙古国之官制，日渐完备。时有重要谋臣耶律楚材，曾被委以中书令之职，有名无实。而中央之大权，仍多操于大汗手中。在众臣之中，则以大断事官之权势最大，略同于中原王朝之宰臣。而财政权、司法权，亦已分由诸臣掌管。
世祖忽必烈即位后，大行汉法，乃命刘秉忠、许衡等参考古今之官制，实则仿效金朝中央之制，建立中书省(相当于金朝之尚书省)，以总领全国之政务。中统元年(1260年)，始设中书省于上都开平府(今内蒙古正蓝旗境内)，而命祃祃为右丞相(实为燕京行省丞相)，王文统、赵璧为平章政事。其后，因大都营建完毕，又迁中书省于大都(今北京)。历任左、右丞相的，还有不花、史天泽、忽鲁不花、耶律铸等。终元之世，仅中统及至元初年，史天泽、耶律铸二汉人得任丞相之职。此后，自成宗至顺帝的70余年间，皆以蒙古及色目人主掌中书省之大权，出任丞相之职。
而中书令之要职(中书省的最高职官)，自世祖忽必烈于中统三年封真金为燕王，即兼任该职。其后，真金被立为皇太子，仍兼任中书令。并做为定制，为后世遵行。大德十一年(1307年)，仁宗在大都政变成功，被武宗立为皇太子，也兼任中书令之职。延祐年间，仁宗改易皇储，立己子硕德八剌为皇太子，亦兼任是职。及顺帝立爱猷识理达腊为皇太子，仍兼任其职。
除此以外，决无他人得任此职。
在中书省中掌有实权的官吏，还有平章政事，左、右丞，参知政事等。
担任这些要职的，也多为蒙古及色目族权贵。只有少数受到蒙古帝王宠信的汉人，才得以出任其职。通过中书省重要官员的民族组成结构不难看出，元朝统治机构中的民族歧视政策十分严重。而对于重要国政的决策权，自然全都操在蒙古、色目族等权贵的手中。
中书省内，又沿用蒙古帝国时期的习俗，设有断事官若干人， 其名甚重，其员数增损不常 ，少时有10余人，多时可达30余人。这些名重位高的中书省断事官，皆由帝王、后宫、东宫及诸宗王手下的亲信近侍出任。其职权，主要是负责处理蒙古皇室及贵族们之间的诉讼、刑狱诸事。
中书省下，则沿用前朝旧制，分为左、右司，其下，又设有吏、户、礼、兵、刑、工等六部。每部中，又置有尚书、侍郎、郎中、员外郎等职官，负责处理具体的政务。如吏部负责天下官吏的任免、升降诸事，户部负责政府的财政收支诸事，礼部掌管国家之礼乐、朝会、祭祀诸事，等等。在这些机构中任职的，则主要是汉人。
自世祖忽必烈确立一省制之后，前代的三省(即中书省、门下省、尚书省)之制影响依然较大。至元初年，就有人提出复设门下省的建议，但经过众官讨论后，予以否决。至元七年(1270年)，忽必烈出于征敛民财的需要，又设立尚书省，命权臣阿合马主持其事，作为专门的理财机构。其性质，已与前朝的尚书省之职责有所不同。不久，又将尚书省废去，还并于中书省。
至元后期，忽必烈再次设立尚书省，仍作为敛财机构，而命权臣桑哥主持其事。不久，在众多官吏的反对下，不得不再度罢去。桑哥亦受到重责，被处死。
2。枢密院蒙古以武力立国，但在其初军事机构极为简略，军职由万户长、千户长、百户长等人执掌，并以此构成相对独立的作战单位。每逢出征，则以大汗、皇子、诸宗王等为各方面军之统帅，战罢回军，则统帅之军务亦自行除去。
忽必烈即位后，仿中原前代辽、宋王朝之制，设立枢密院，专掌军权，以别于专掌政务之中书省等机构。中统四年(1263年)，正式设立枢密院，其最高长官，为枢密使。该职与中书省之中书令相同，皆由皇太子兼之。出任是职的，有真金(世祖时之皇太子)、仁宗(武宗时之皇太子)、英宗(仁宗时之皇太子)及爱猷识理达腊(顺帝时之皇太子)等人。
而枢密院之实际负责人，初为枢密副使，后又增设同知枢密院事之职，以掌军务。其助手，则有佥书枢密院事、院判等职官。其职责，则主要为宫廷禁卫，边疆镇守，各地戍防及军官之任免、调动等事。而出任院中之职官者，因其 掌天下兵甲机密之务 ，更是元朝统治者的心腹之人。此外，在枢密院中，也设有断事官之职，任用数人，则专掌军中的诉讼等事务。
枢密院之衙署，在大都(今北京)建成后，设于紧靠皇宫的东华门外。
为便于发号施令，在枢密院衙署之外仪门内，又设有诸卫的办公处，包括中卫、前卫、后卫、钦察卫、唐兀卫、阿速卫等30余所。如果出现紧急军务，即刻调遣诸卫之军以应其需。
元代又有行枢密院之制，但与行省、行台皆不同，非地方性的常设机构。
乃是出于军事上的临时需要而设，其制略同于金代之行院。如至元中期，忽必烈出军攻伐南宋，军队调动频繁，于是在江南设立多处行枢密院，指挥作战事宜。及宋朝被灭，政局逐步安定，遂将行院陆续取消。
3。御史台蒙古立国之初，并无专职谏官。及忽必烈入主中原，乃知监察官之重要， 台端乃天子耳目之官，朝廷纪纲所系。 于是，在至元五年(1268年)
七月，设立御史台，并命重臣中书省右丞相塔察儿出任御史大夫。忽必烈特下诏曰： 台官职在直言，朕或有未当，其极言无隐，毋惮他人，朕当尔主。御史台之职官，主要有御史大夫、御史中丞、侍御史、治书侍御史等，负责纠察百官之劣迹，政治之得失等事。因其职责重要，故而台中诸官，皆由帝王亲自任免。多为敢于直言、品行清正廉洁者。
在御史台之下，又专设有殿中司及察院。殿中司下设有殿中侍御史2人、知班4人。专门负责大朝会时的百官礼仪。如有失礼者，则加以处罚。又兼管在京百官的假事，有超假3天者，即纠劾之。平时殿中奏事，有需要回避的大臣，亦负责督促其出殿。察院下设监察御史数十人，则专门负责刺探百官之劣迹，加以弹劾，是以称为 耳目之官.初皆由汉人出任，后参用蒙古人及江南汉人等。
御史台之衙门，初设于大都城西北的肃清门内，后因远离皇宫，办事不便，于是移至皇宫前面的澄清坊东。台衙之西，又设有西、南二行台及各道廉访司的办公处，时人称为 台房 ，以便于加强同中央御史台之联系。
作为 肃纪纲，正风化 的监察机构，在其中任职的御史，极易因直言而触怒当朝的不法权贵。故而历代皆有不杀御史之惯例，以此来鼓励直谏。
元朝统治者当然也懂得这一惯例的必要性。然而，由于蒙古权贵骄横已久，当然不会把小小的御史放在眼中。一旦触怒了权贵，也就性命不保了。
如至治二年(1322年)二月，因英宗笃信佛教，大兴土木，建造寿安山佛寺，既劳民又伤财，无益于国。于是监察御史观音保、锁咬儿哈的迷失、成珪、李谦亨等联名谏诤，言其有害无益。却触怒了英宗，下令将观音保、锁咬儿哈的迷失杀死，成珪、李谦亨则被杖责，然后发配到边远的奴儿干之地。
又如仁宗在位时，权臣铁木迭儿恃太后之宠，胡作非为，遭到御史中丞萧拜住、杨朵儿只等内外监察御史40余人的联名弹劾，被罢去官职。及仁宗死，英宗未即位之时，铁木迭儿乘机复掌朝权，以皇太后旨意为名，将萧拜住、杨朵儿只2人杀害，以报私仇。 是日，白昼晦冥，都人恟惧。 而有元一代，因弹劾权贵之劣迹，受到折辱、贬官，乃至于被流放到边远荒地的御史，则不计其数。至于当朝的权臣，由于得到蒙古帝王的宠信，虽被御史弹劾，劣迹昭彰，却丝毫也不受责罚。在这种情况下，御史们最多也就只能是采用集体辞职的方法，以示抗议。
4。其他元代中央官僚机构中，省、院、台之权最重，一管政事、一管军务、一管监察。除此之外，还有一些机构，分掌他职。主要有：一、大司农司。乃沿用前朝之制。至元七年(1270年)设立， 凡农桑、水利、学校、饥荒之事，悉掌之。 因中原地区以农业生产最重要，关系国计民生，故而立司以鼓励农业生产。置有大司农、司农卿、司农丞等职官。其下，又辖有籍田署、供膳司等机构。
二、翰林兼国史院。元代中央的御用文化机构之一。至元元年设立。其职官有翰林承旨、翰林学士、翰林侍读学士、侍讲学士、翰林直学士等。主要负责为帝王草拟诏令，修撰诸帝实录，编纂国史等事务。一度曾将集贤院合并于此，但不久重行析出。其任官者，皆为一时之文化名流。此外，又有蒙古翰林院，专掌有关蒙古文字之事务。亦设有翰林承旨、翰林直学士、翰林待制、翰林修撰等职官。
三、集贤院。为元代中央主掌教育事务的机构。初合于翰林国史院。到至元二十二年，乃析出。其职官有大学士、学士、直学士等。负责管理全国的学校事务，并负责征召各地人才。又兼管属于道教及阴阳占卜等类别的宗教事务。在大都的元代最高学府国子监、学与兴文署，亦直接归于集贤院管辖。
四、太常寺。中统元年(1260年)设立。亦曾一度合于翰林院。到至元九年，乃有定制。置有太常卿、太常少卿、太常博士等职。一度又将侍仪司并入，后亦析出。主要负责宗庙、社稷的祭享之事，以及帝王、百官等死后的 封赠谥号等事.其下辖有太庙署、大乐署等机构。
五、司天监、太史院。为元代主管天文、历法的官僚机构。中统元年，因袭金朝旧制，设立司天台，以掌历法、天象诸事。至元八年升为监，又在上都(今内蒙古正蓝旗境)设立行监。此后，因修订《授时历》，又设置了太史院，与司天监并立，而有所分工， 颁历之政归院，学校之设隶台 。
同时，还设有回回司天台，负责用回回之方法观测天象，颁行回回历书诸事。
六、太医院。为元代掌管医学及医疗事务的最高机构。世祖即位之初，乃仿窝阔台汗时之制，仅置宣差，以管理所辖之太医，为帝王及蒙古贵族服务。至元二十年，正式设立官署，称尚医监。两年后改为太医院。设有院使、副使、判官等职官，多以全国著名医师出任。又将广惠司、御药院、行御药院、大都惠民局、上都惠民局、医学提举司等各种医疗机构都辖于其下。
七、通政院。为元代掌管驿传事务的最高机构。蒙古立国之初，窝阔台汗设立驿传之制，以便于国家信使之往还。为纠察不法之徒，曾设有脱脱禾孙之官，以掌驿政。世祖忽必烈即位后，于至元七年设立诸站都统领使司，以掌驿政。至元十二年，改为通政院。翌年，又分置于大都、上都二处。大都之院以掌中原之驿政，上都之院以掌漠北驿政。
八、崇福司。为元代新创立的宗教管理机构之一。时既设集贤院兼掌道教诸事，又设宣政院兼领佛教之务。此外，因大批色目人进入中原，故而受其尊奉的伊斯兰教、基督教也随之而传入中原。为此，世祖忽必烈于至元二十六年设该司。专掌此二种宗教之事务。其职官有司使、同知、副使、司丞等。
九、秘书监。即元代的国家图书馆。主要负责管理、收藏由政府收集到的历代图书和各种阴阳禁书。其职官有秘书卿、太监、少监、监丞等。一般由世家、名宦子弟出任。
十、都水监。为元代专掌水利、河防、桥梁等事务的机构。至元二十八年始置。设有都水监、少监、监丞等职官。其下，则辖有河道提举司。此外，元代的中央机构中，还有将作院、武备寺等机构，掌管大批手工工匠，生产各种手工制品，以供蒙古统治者及政府的日常需要。其下辖机构十分庞杂，在此不一一述及之。
(四)元朝地方官制的制定
1。行省制度
行省是行中书省的简称。其制，源于金代的行省之制。蒙古立国之初，在尚未设立中书省时，就已在中原地区设立了行省，时或称为行尚书省，乃沿金之通称。如成吉思汗命大将木华黎率军经略中原，即将金中都(今北京)
改为燕京都行省，作为管理中原军政诸务的指挥中心。此后，木华黎的势力不断向南、向西发展，又在金西京(今山西大同)另立行省，以分掌关陕一带的军政诸务。
这时，许多中原豪强地主武装纷纷起而割据一方。其中有些人投靠了蒙古政权，并为其效力。为了便于统治，以安定投效者之心，蒙古统治者对那些大的地主武装首领委以高官，命其仍统管所占之地，亦称为行省或是行台。
如在山东地区，严实父子所统管的东平行省、李全父子控制的益都行省等。
又因时逢战乱，蒙古统治者为战争之需要而临时设有行台。如太祖时，木华黎经略关陕一带，曾在战略要地葭州设立陕西河东路行台，并命大将石天应主持其事。宪宗时，忽必烈经略中原，亦命大臣杨惟中在蒙宋边境设立行台，主持攻战之事。这种行台，与燕京都行省、东平行省相比，乃是名称相同，而性质载然不同的官僚机构。
世祖忽必烈即位后，始立中书省，而各地方政务，则以中书省要员出领之。此后，因各地政务日益繁多，乃专设行中书省，以掌其事。 凡钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事，无不领之。 遂设立正式衙门，成为元代各地区的最高常设行政机构。
全国所立之行省，共有11处。然皆非同时、统一设置的。最早设立的行省，是陕西等处行中书省。中统元年(1260年)，忽必烈与幼弟阿里不哥争夺皇位，因陕西为兵家必争之要地，故而命其心腹之臣商挺前往，以掌政局。
翌年，又立甘肃行省，以加强西北地区的统治力量。
至元初年，忽必烈的统治巩固之后，举兵伐宋，先于至元五年(1268年)，立河南江北行省。其后，伯颜大举南伐，又于至元十一年，立湖广行省于襄阳(今湖北襄樊)，主持军政大事。及平宋后，曾移省治于潭州(今湖南长沙)，又迁鄂州(今湖北武汉)，遂成为固定的地方最高官僚机构。同年，亦因伐宋之需，又在中庆路(今云南昆明)设立云南行省。待到江南地区陆续被元军攻占，而随之即相继设立各行省，以统其地。至元十三年，设江浙行省，翌年，又设江西行省。
此后，各行省略有调整。如至元十八年，从陕西行省中分出四川行省，治于成都。至元二十一年，以江浙行省北部并于河南行省，而将江浙行省之治所由扬州迁到杭州。翌年，将福建行省并于江西行省，不久，再改并于江浙行省。
至元二十四年，忽必烈为削弱东北诸宗王的势力，加强中央政府对东北地区的控制，而设立了辽阳行省。这一做法遭到诸宗王的极力反对，行省一度废去。及乃颜的叛乱被平定，中央的力量得到加强，乃复立行省，以统管东北地区的政务。
忽必烈在攻灭南宋后，又调集大军，东攻日本。为此，在至元二十年，特设征东行省于高丽(今朝鲜)。及战争失败，乃罢其省。此后，成宗又设行省，作为中国的一部分加以治理。经高丽国王的反对，乃罢去。英宗时，一度再置之。这是与其他地区的行省有所不同的一个特殊的行省。
此外，对于辽阔的漠北地区，世祖忽必烈时却未能设立行省，只是在和林(今蒙古共和国哈拉和林)设置了一处宣慰司都元帅府。此后，到大德十一年(1307年)，武宗由漠北入主元廷，才设立和林行省。仁宗时，又改称岭北行省，治于和宁(即和林)。
各行省的职官设置，略同于中书省，初时为有别于中书省，而不设丞相之职，仅有平章政事，左、右丞，参知政事，郎中等职官，后因政务之需要，有的行省也设置丞相，以掌各地之政务。行省之下，又辖有检校所、照磨所、架阁库、理问所及都镇抚司等机构。各行省直接受中书省统辖。但在至元二十四年重设尚书省时，亦曾改称行尚书省。后尚书省罢去，乃复归于中书省。
2。行台与监察道元代各地区的监察机构，分为行御史台及各监察道。元初，负责各地监察之任的官僚机构称为提刑按察司，共分为4道，即山东东西道、河北河南道、河东陕西道及山北东西道。其范围大致包括了当时的疆域。到至元八年(1271年)，增置河东山西道、陕西四川道。至元十二年，又分出燕南河北道。
及元廷一统江南，乃于至元十四年，在宋朝旧地增置8处监察道，即江北淮东道、江南浙西道、江东建康道、江西湖东道、岭北湖南道。翌年，两广闽海地区逐步安定，又增置江南湖北道、岭南广西道、福建广东道。全国之监察系统，大体建立。
此后，又将各道略加调整。至元十六年，增设西蜀四川道。数年后，改福建广东道为福建闽海道，而析出广东，另立海北广东道。西南地区置有云南道，东北地区置有海西辽东道。此后，又增立有河西陇右道及海北海南道。
并将提刑按察司改名为肃政廉访司。
到至元末年，全国各地共设立监察道22处。其职官，则有廉访使、副使、佥事等。每年巡行基层各地，考察吏治得失、百姓疾苦及冤狱等。任其职者，亦多为帝王亲信之臣及素有廉洁方正之名的官吏。
元代的行御史台又简称 行台 ，乃是监察制度上的一大创举。分设于两处。一处在江南，故而又称为 南台.以别于中央御史台(又称 内台 )
及陕西之行御史台(又称 西台 )。始设于扬州，称江南诸道行御史台。
后徙治所于杭州、江州、(今江西九江)，最后定于建康(今江苏南京)。
以监临东南诸省，统治各道宪司，而总诸内台 。
江南行台的官吏，其设置与中央之御史台大致相同。主要有御史大夫、御史中丞、侍御史、治书侍御史等。其下，也设有察院。初立南台时，察院中设有监察御史10员，皆以汉官为之。后又增蒙古御史14员、汉人御史4员，共28员。其下所辖之监察道共有10处，分布在江浙、江西、湖广等行省的范围内。
另一处行台设在陕西。至元二十七年，初设于云南，称云南诸路行御史台，仅设官4员。数年后，移其治所至京兆(今陕西西安)，乃改称陕西诸道行御史台。而将云南行台改为廉访司。陕西行台亦设有御史大夫、御史中丞、侍御史、治书侍御史等职官。其察院之监察御史则为20员。其所辖监察道共有4处，即陕西汉中道、河西陇北道、西蜀四川道及云南诸路道。分布在陕西、四川、云南及甘肃等四行省范围内。
除南台、西台所辖之14个监察道外，另有8处地方监察道，则直接隶属于中央之御史台，统称为内八道，分布在大都附近的中书省腹里及河南、辽阳二行省范围内。而统管江南、西北地区的南台、西台，也都听命于中央之御史台。
3。各级政体蒙古立国之初，攻入中原，政区划分，一仍金朝之旧。地方政体，分为路、府、州、县等各级。而其所辖范围大小，有些已经变化，或是级别的升降，或是辖地的增减。及忽必烈即位，建立元朝，各级政体，重新更定。首先是将行省制度变为常设之最高地方行政机构，大体相当于金朝的路一级政体。而在各行省之下，仍设有路。诸路皆置总管府，全国共有路级政体180余处。各路总管府之职官，设达鲁花赤一员，通常由蒙古人充任，又称为监临官，是各路的最高统治者。其下，又有总管，多由汉人充任;同知，多由色目人充任。其他尚有治中、判官等官吏，以掌日常政务。
至元二十年(1283年)，定路为上、下二等。凡辖民10万户以上者，为上等路，10万户以下则为下等路。但地处要冲，其民虽不足10万户，亦定为上等路。而作为都城所在地的大都路(今北京)，及上都路(今内蒙古正蓝旗境)，则设置都总管府及留守司，以统其政。因其政务繁多，故而所设职官人数，亦倍于他路。
各路之下，则为诸州。至元三年，分中原各地之州为上、中、下三等。
其辖民1。5万户以上者，为上州;6000户以上者，为中州;6000户以下者，为下州。各州亦设有达鲁花赤，通常也是由蒙古人出任。另有州尹、同知、判官等职官。及一统江南后，再定江南诸州等级。因其人口稠密，故与北方不同。其辖民5万户以上者乃为上州，3万户以上者为中州，不足3万户则为下州。
各州之下，则为诸县。至元三年，亦分为三个等级。凡辖民6000户以上者，为上县;2000户以上者为中县，不足者为下县。其设官，则有达鲁花赤、县尹、县丞、县簿、县尉等。中、下等小县，或不设县丞、县尉等官，而以其他官吏代行其职。平定江南后，又定其地之县等，辖民3万户以上者，是上县;1万户以上者为中县，不足1万户则为下县。
元代各路之下，又于路之治所所在城市，设有录事司，专掌城中民户之事。其职官，则有达鲁花赤、录事、判官、典史等。若所在城市民少事简，则不设录事司，而以所在州县县官代行其职。作为都城的大都及上都，又专设有警巡院，以掌其事。所设职官，则有达鲁花赤、警巡使、副使、判官、典史等。
元代地方的基层组织，是县以下的官僚机构。在城市之中，一般分为坊、里两级。如京城大都，路下分为直辖二县(即大兴、宛平)。县下又划分为70余坊。每坊设有坊正，其职责略同于今日城镇中之 街道办事处.坊下又分为若干里，每里则设有里正或里长，略同于今日之 居委会 主任。而在农村中，与坊、里相同的机构，则称为乡、社。大的自然村落称为乡，每乡设有乡长，略同于今日之乡(一度称为 公社 )。乡下，则分为若干社，社有社长，略同于昔日之 大队书记 或生产队长。
元代各行省之下，另设有专管教育的大小官僚机构。直隶于各行省的，是儒学提举司，其职责为： 统诸路、府、州、县学校祭祀、教养、钱粮之事，及考校呈进著述文字。 各司之下，设有提举、副提举、吏目等职官。
另有蒙古提举学校官数人，仅设在文化发达的江浙、湖广、江西三省之中，以提倡蒙古字学。直隶于各路之下的，则有儒学教授、学正、学录及蒙古教授、医学教授、阴阳教授等，以掌各路之教务。各州、县所设教官，亦略同于此。
元代，在各行省与下辖的路、府、州、县之间，又设有宣慰司、都元帅府等机构，平时， 行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省。 (同前)
而有军事行动时，则成为军事指挥中心。其职官，有宣慰使、同知、副使、经历、都事等。分为山东东西道、河东山西道、淮东道、浙东道等6道，广东道、广西两江道、福建道、察罕脑儿等7府。如果是专掌军权，则仅称都元帅府、元帅府。如北庭都元帅府、征东都元帅府、岷州元帅府、积石州元帅府等即是。而设于边远少数民族地区的，又有招讨司、安抚司、宣抚司等机构，一仿金代之旧制，因其当地之俗而治理之。
此外，在各行省之下，有的地方还设有散府，或是直隶于中书省及各行省，或是隶属于诸路、宣慰司等。其下，又有的统辖州、县，有的则否。其职官，则有达鲁花赤、知府(或府尹)、同知、判官、推官等。
元朝政府通过中书省、行省、路、府、州、县、坊、里等层层官僚组织，对全国广大人民进行严密控制，征敛赋税，调动徭役，以获取巨额财富。除了常设的行政机构外，元朝政府又在各地设有专门的敛财机构。如设于两淮、两浙、福建等处的都转运盐使司，设于四川的茶盐转运司，设于广东的市舶提举司，设于江浙的海道运粮万户府等，皆为各地的重要官僚机构，兼受中央及地方行省两级政府的领导，以征敛各种巨额的专项赋税。
(五)皇家机构的创立
1。帝王所属机构
蒙古立国之初，官制简略。其为帝王服务的机构，与后宫相联系，统称之为 斡耳朵 (意为 宫帐 )。此外，还有负责警备任务的 怯薛 亲军，亦兼职提供帝王的日常生活服务。如博儿赤之掌管饮食，速古儿赤之掌管服御，阿察赤之掌管车驾，烛刺赤之掌管宫人，等等，分工已较为细密。
及忽必烈建立元朝，各种官制大备，直接服务于皇室的官僚机构也陆续设立，有了进一步的明确分工。其直属于帝王者，称为宣徽院。至元十五年(1278年)正式设立。其职责，主要是掌管帝王的日常饮食，而兼管之事范围极广，凡稻粱牲牢、酒醴蔬果、庶品之物，燕享宗戚、宾客之事，及诸王宿卫、怯怜口粮食，蒙古万户、千户合纳差发，系官抽分，牧养孳畜，岁支刍草粟菽，羊马价直，收受阑遗等事……皆隶焉。 其职官，主要有宣徽院使，初为1人，后增至6人。同知、同佥、主事等，各2人。后又增副使2人。
宣徽院之下，又设有光禄寺、尚舍寺、尚食局、沙糖局等机构。光禄寺设有寺卿、少卿、主事等职官。其下，又辖有大都尚饮局，设有提点、大使、副使等职官，专门负责 掌酝造上用细酒 ，以供帝王享用。大都尚酝局，其设官与尚饮局同，所造之酒醴则供诸宗王及百官饮用。后又分出上都尚饮局及上都尚酝局，以供每年夏季帝王巡幸上都时之饮料。
尚舍寺，始置于至元三十一年。主要负责帝王出行时所用之帷幕、帐房、陈设等务。并兼养骆驼， 供进爱■乳酪.尚食局，始置于至元二年，主要掌管御膳 ，设有提点、大使、副使、直长等职官。其下，又置有大都生料库、上都生料库等，负责存放各种制作御膳的物品。沙糖局，设于至元十三年，置有达鲁花赤、提点、大使、副使等官，负责制造帝王食用的沙糖、蜂蜜及掌管各地贡上的珍贵水果等物品。
直属于宣徽院的，还有各种仓库。如掌管造酒粮食、曲药的大都醴源仓、上都醴源仓，掌管帝王日常食用粮谷的大都太仓、上都太仓。其他掌管御膳之物的永备仓、丰储仓、满浦仓等，以分储粮谷、油面诸物。
除宣徽院外，其他直接为帝王服务的主要官僚机构还有：(1)将作院 掌成造金玉珠翠犀象宝贝冠佩器皿，织造刺绣段匹纱罗，异样百色造作。 设有院使、同知、同佥、院判、经历、都事等职官。其下，又辖有诸路金玉人匠总管府、异样局总管府、大都等路民匠总管府等。各总管府下，又设有金银器盒提举司、玛瑙提举司、金丝子局、漆纱冠冕局、尚衣局、御衣局等机构，管理大批官属手工业工匠，生产各种帝王所需之手工艺用品。
(2)大都留守司 掌守卫宫阙都城，……兼理营缮内府诸邸、都宫原庙、尚方车服、殿庑供帐，内苑花木，及行幸汤沐游之所，门禁关钥启闭之事 ，又兼少府监诸事。设有留守、同知、副留守、判官、经历、都事等。其下辖有修内司，专掌宫殿及都城的修造诸事。器物局，掌管御用鞍辔，忽哥轿子，帐房车辆等的制作。犀象牙局， 掌两都宫殿营缮犀象龙床卓器系腰等事。 仪鸾局， 掌殿庭灯烛张设之事，及殿阁浴室门户锁钥，苑中龙舟，圈槛珍异禽兽，给用内府诸宫太庙等处祭祀庭燎，缝制帘帷，洒扫掖庭 等事。
(3)太仆寺、尚乘寺太仆寺初称尚牧监，后改称太仆寺而别立尚乘寺。二寺皆设有寺卿、少卿、寺丞、经历等官。太仆寺主要负责牧养帝王日常所用之马匹等牧畜，及制造鞍辔等物品。尚乘寺则负责管理及使用这些牲畜及物品。
(4)太府监初称宣徽太府监， 凡内府藏库悉隶焉。 是蒙古帝王的私人财宝库藏。
其下又分为：内藏库，主要收储御用段匹诸物。左藏库，亦掌纱罗、绢丝等珍贵织品。右藏库，主要收掌金银、宝钞、水晶、玛瑙等珍宝。其他又有利用监、章佩监等，皆是为帝王日常服务的官僚机构。
2。后妃所属机构蒙古立国之初，成吉思汗曾创行 四怯薛 的侍卫制度。此后，又与此相对应，将先后占夺的后宫数十位后妃等，分为四大斡耳朵(意为宫帐)，大斡耳朵以孛儿台旭真皇后为之主，另有忽鲁浑、脱忽思、贴木伦等皇后。
第二斡耳朵有忽蘭、哈儿八真、亦乞剌真等皇后。第三斡耳朵有也速、忽鲁哈剌、阿失伦等皇后，第四斡耳朵有也速干、忽答罕、哈答等皇后。其中，惟有大斡耳朵之主孛儿台旭真为正妻。这四大 斡耳朵 大概也类同于 四怯薛 之制，是轮番侍奉成吉思汗的。
此后，自太宗窝阔台到宪宗蒙哥，按理说也应承袭这四大 斡耳朵 之制，但在史书之中，却仅有太宗朝之 六皇后 、 二皇后 ，定宗朝 三皇后 等人物的零星记载，而四斡耳朵之制却不见丝毫踪迹。不知是因为当时政争激烈，后宫多擅权摄政，而受到牵连，致使这一制度的破坏，还是另有其他原因，已不得而知。
世祖忽必烈即位后，建立大元帝国，任国儒臣，仿照中原王朝之制，创行省、院、台以掌国政。而在后宫之制上，却没有仿造中原王朝的三宫六院之制，而是遵行蒙古族的生活习俗，上追成吉思汗的旧制，设立四大 斡耳朵.然而，这既是第二次创新其制，也是最后一次的复制。及忽必烈死后，自成宗至顺帝，诸帝已无人再仿行四大斡耳朵之制，而多采用中原立一宫皇后，至多立有三宫皇后，其余皆为妃子的做法。
世祖忽必烈的大斡耳朵，由帖古伦皇后主掌，因其早亡，事迹不详，本应作为正宫皇后，但在《元史》中竟没有立 传.第二斡耳朵，有察必、南必二皇后。忽必烈即位后，因帖古伦已死，乃立察必为正宫皇后，其子真金则立为皇太子。及察必死，其妹南必又得宠，主持中宫，多专权用事。第三及第四斡耳朵，则有塔剌海、奴罕、伯要兀真、阔阔化诸皇后。
元朝帝王所立之斡耳朵，主要掌管后宫之衣食住行等日常事务。故而其官吏，皆由斡耳朵中之后妃任免，政府不予过问。即使帝王死后，而斡耳朵依然保留，并历朝相承，成为一个独立性较大的贵族小团体。
当然，世祖忽必烈为便于处理诸后妃之事务，也设有一些相应的官僚机构。如至元十五年(1278年)，设立尚用监，后改中尚监，主要负责大斡耳朵位下的各种事务。此后，又将管领大都等路打捕民匠等户总管府划归其下， 掌钱粮造作之事。 总管府之下，又设有在京提举司二处，涿州、保定、真定等路提举司9处，大都等路提领所25处，分掌斡耳朵之财务诸事。
又因当时大斡耳朵之皇后帖古伦早死，二斡耳朵皇后察必主持中宫，故而又在至元二十一年设立了管领打捕鹰房民匠达鲁花赤总管府， 掌二皇后斡耳朵位下岁赐财物、造作等事。 其下，又设有长官司、提举司多处，共辖有军、民、匠户等3000余户，以供斡耳朵的日常之需。
到至元二十四年，忽必烈又专门设立了随路诸色民匠打捕鹰房都总管府，统掌自己四个斡耳朵位下的民户之数、工匠造作等事。设有达鲁花赤、都总管、同知、副总管等职官，其任免之权，皆出于斡耳朵之后妃，政府不予干预。此后，忽必烈又增设4位总管，分掌4斡耳朵之事。
忽必烈还将原来属于诸王、政府的官僚机构转到后妃位下。如中统二年(1261年)所设立的管领种田打捕鹰房民匠等户万户府，初隶属于塔察儿国王， 其后改属中宫.下辖有总管府、管民官等10处官衙，以掌蒙古、汉军的差役，供后妃之用。又如至元七年所设立的管领诸路怯怜口民匠都总管府，初隶于政府。到至元十四年， 以所隶户口善造作，属中宫 。其下所辖之织染局、杂造局、衣锦局等，多有能工巧匠，所造手工制品，皆供后妃之用。总之，元代前期的后妃系统官僚机构，尚较简略，其权力及影响亦甚微小。到了元代中后期，这种情况则有了很大的变化。
3。皇太子所属机构自从成吉思汗立国，直到忽必烈即位的半个多世纪中，蒙古帝国的汗位始终是诸宗王贵族激烈争夺的焦点，甚至叔侄相互残杀，兄弟举兵相向。其根本原因，就在于 皇储 的册立制度并不完善。有鉴于此，世祖忽必烈在夺取帝位后，即仿照中原王朝的体制，采用预先设置皇储的方法，以解决皇位的归属问题，从而免去蒙古贵族为争夺皇位而相互残杀，削弱其统治力量。
中统三年(1262年)十二月，忽必烈封皇子真金为燕王，守中书令，初次表明了选择皇储的意向。并命著名儒士王恂作为太子伴读，为真金讲授治国治民的重要道理。翌年五月，忽必烈设立枢密院，以掌军国要务，又命真金兼判院事，以示政事、军务大权，皆由真金所掌管。
到至元十年二月，忽必烈正式册立真金为皇太子，并命左丞相伯颜主持册立仪式，授其玉册、金印，并诏告天下。不久，又听从重要谋臣刘秉忠的建议，为皇太子真金设立相应的官僚机构——宫师府。府中设有詹事、太子赞善等官员38人。皆以一时之名流出任。如掌管府事的詹事完泽，为中书省右丞相线真之子。太子赞善王恂、太子宾客宋道( 道 一作 衟 )等，皆为一时名儒。
至元十九年，权臣阿合马被杀，皇太子真金在政局中的地位更加重要，乃将宫师府改为詹事院。其东宫之职官，至此乃大致完备。计设有左、右詹事、副詹事、詹事丞、院判等官，另有吏员62人。其左、右詹事分别由完泽、赛阳充任。詹事丞则由真金之随身近侍张九思充任。
此外，又众选名儒，出任宫臣之职。如名儒杨恭懿、刘因皆被征召。太子宾客宋道、太子谕德李谦、太子赞善夹谷之奇、詹事院长史耶律有尚等，皆为一时之选。日与皇太子真金讲论治国安民之道，古今成败得失，对真金参预中书省政务，选用儒臣以管理国政，影响极大。
在詹事院下，又设有：家令司，以掌皇太子的财政及饮膳诸事。府正司，以掌皇太子的鞍辔弓矢诸物。延庆司，以掌行佛事活动。典医监，以掌皇太子的医疗保健诸务。典幄署，以掌皇太子的供帐之物。掌仪署，以管詹事院下属之户口、房舍等事。诸司、署，专设有达鲁花赤、令、丞等官，以司其职。
至元二十二年，皇太子真金受到 禅让 风波牵累，因惊惧而夭亡。皇太子已死，世祖忽必烈一时又没有重行册立新的皇储，作为专门为东宫设置的官僚机构詹事院已失其主，也就没有继续存在的必要。于是中书省有人提出要撤销詹事院的主张。对此，时任詹事丞的张九思极力反对，声称： 有皇孙在，固宗社之所属，人心之所系也。奈何为此言乎! 由于张九思的抗争，詹事院得以不废。直到成宗即位，乃改詹事院为徽政院，而其所掌， 悉归太后(指真金之妻、成宗之母)位下 。属于皇太子的官僚机构由此暂废。
忽必烈在册立真金为皇太子之后，又在至元十六年，为其设立了侍卫都指挥使司，选出侍卫亲军1万人，隶属于东宫，专司皇太子的保安工作。到至元二十一年，又将五投下探马赤军总管府划归东宫，以听从皇太子的统辖。
及成宗即位，在将詹事院改为徽政院的同时，亦将原皇太子所属之侍卫亲军改隶于皇太后，更名为左、右都威卫使司。
属于皇太子的其他官僚机构，尚有管领诸路打捕鹰房纳绵等户总管府，原属于忽必烈自己所有， 掌人匠一万三千有奇，岁办税粮、皮货、采捕野物鹰鹞，以供内府.(同上)至元十二年赐给真金，遂隶于詹事院管辖。
至元十六年，升为都总管府。至元十二年，忽必烈赐给皇太子的，还有掌管纺织工匠的织染局、纹锦局、中山局、真定局等工局。其后，亦改隶于徽政院。
4。诸王所属机构蒙古立国后，成吉思汗创行分封之制，大斡耳朵以东，分与诸弟，称东道诸宗王。以西分与诸子，称为西道诸宗王。子孙繁衍，承袭王爵，各治一方，乃在帝国的政治活动中占有极为重要的地位。
这些分封诸王，各在封地内建立藩府，修建宫室，设置僚属，主持封地内的财政、司法等各种事务。其后，蒙古帝国略地愈广，分封之制推行亦广，遍及欧亚大陆，成为分离于中央政府的又一政治体系，其独立性相当强。此后，中央政府为削弱诸宗王的独立倾向，曾对诸王之分封地加强控制，命各地州县官吏兼掌其事，而诸王对封地所拥有的种种特权，却仍然得以保留。
如忽必烈在即位之前，作为皇弟，被派到中原主持政务，乃在金莲川设立藩府(即开平府)，营建宫室。其后受封于关中，又在京兆(今陕西西安)
营建藩邸。并广招贤才，收为幕僚，与其亲信近侍，共同构成了强有力的官僚集团。当时，每个受封宗王的情况都大致相同，不过所任用的藩臣有所不同而已。这些受诸宗王任用的藩臣，遂构成了最初的诸王所属官僚机构。
忽必烈即位后，仍沿行分封之制。但是，所不同于蒙古国时的，却是加强了对新分封的诸宗王的控制。一方面，新分封的诸王，多为其子，地位虽然尊贵，却不敢违抗父皇之命。如至元三年(1266年)六月，封皇子那木罕为北平王，出镇于漠北(实际出行是在数年之后)，设藩府于阿力麻里(今新疆霍城西北)。翌年八月，封皇子忽哥赤为云南王，出镇于云南，当设藩府于中庆(今云南昆明)或是哈剌章(今云南大理)。至元六年十月，封皇子奥鲁赤为西平王，设藩府于成都，以统管吐蕃及川蜀诸处事务。至元九年十月，封皇子忙哥剌为安西王，出镇关陕诸处，设藩府于京兆。至元二十一年六月，封皇子脱欢为镇南王，出镇江南各处，设藩府于鄂州(今湖北武汉)。
这些出镇四方的皇子，皆统领一方政务，其权势凌驾于各地方政府之上，但却均听命于忽必烈。
另一方面，忽必烈又为这些新分封的诸王设置了统一的官僚机构，时称王相府或王府。因皇子出镇四方，权势极重，故而多以名臣辅之。如皇子那木罕出镇漠北时，以中书右丞相安童辅之北行。云南王忽哥赤出镇西南时，则以当地最高地方长官阔阔带兼任王傅、柴祯兼任府尉、宁源兼任司马，以辅佐之。安西王忙哥刺出镇西北，则以中书省重臣李德辉出任王相，京兆路总管兼府尹赵炳，亦受命于王府，共辅皇子。这些王府众官，如遇到重大机务，也要向忽必烈请示，而诸王不得专擅其权。
这时的王府诸官，其权势亦极重。地方军政诸务，皆听其举措。既统管赋税，又掌有军权。如任安西王相的李德辉，时又兼任西川行枢密院副使，指挥平叛之事。及陕西置行省，又出任行省参知政事。同任安西王相的赵炳，既管王府之宫室营建，卒吏之讼狱，又 兼陕西五路、西蜀、四川课程屯田事，余职如故 。
在诸王府中，除设有王相、王傅、府尉、司马等职官外，有的宗王还在王府设有断事官。如漠北宗王牙忽都，皇孙阿难答、按檀不花(皆为忙哥剌之子)等，皆置有断事官，主要负责王府内的诉讼、刑狱诸事。
在诸王位下，还有一些特殊设立的官僚机构，乃是帝王出于 恩赐 性质的举措。如至元二十九年，忽必烈命皇孙甘麻刺由云南改镇漠北，封为晋王。为表示其地位高于其他诸宗王，特设立内史府，以北安王之王傅秃归、梁王之王傅木八剌沙，及原皇太子真金的辅臣詹事赛阳 并为内史.其下，又设有延庆司 掌王府祈禳之事.又设断事官十余人， 理王府词讼之事 。内史府的性质，其实仍为王府，不过级别略高一些而已。
诸王属下，有些又设有都总管府，以掌王府的独立财政。如至元二十四年二月，忽必烈下令， 设都总管府以总皇子北安王民匠、斡端大小财赋。 不久，又为皇孙安西王阿难答设置诸匠都总管府，以统辖王位下之工匠，进行手工生产。
此外，各王府中，又置有常侍官、奥鲁官等职官。有的还设有典藏司，以掌所储财物。提举司，以掌王府各位下之民户、工匠之事。衍福司，以掌行佛事为宗王祈福。拘榷课税所，以掌征敛王府所收之赋税，等等。诸王还多在各自的分封地内设立达鲁花赤官，以作为诸王的代表，与当地州县官吏共掌属于 投下百姓的各种事务。
(六)法制机构的设立
1。立法与律书
成吉思汗早在统率部众进行征服草原诸部族的战争中，为了提高指挥效力、增强军队的战斗力，就曾制订了许多军令，以约束部众。如在进攻塔塔儿人时，就曾下令： 苟破敌逐北，见弃遗物，慎无获，俟军事毕散之。 及战争取胜，部将按弹、火察儿、答力台违令私取财物，乃受到成吉思汗的重责。这些随时制定的军令，就是蒙古帝国最早的法令之一。
成吉思汗统一草原各部族之后，正式颁布了帝国的法令，时人称之为 大札撒.其目的，是为了建立严明的秩序，乃是巩固统治的重要措施。这些 札撒 ，主要由成吉思汗在处理军政诸务时所下达的训令所构成，当然也包含了一些蒙古族历代相传的习惯法。后世流传的一些训令，即云： 居民[在平时]应像牛犊般地驯顺，战时投入战斗应像扑向野禽的饿鹰。 又云： 万夫长、千夫长和百夫长们，每一个都应将自己的军队保持得秩序井然，随时作好准备，一旦诏令和指令不分昼夜地下达时，就能在任何时刻出征。 由此可见其法令之一斑。
窝阔台汗即位后，重行颁布《大札撒》，作为帝国臣民应该遵循的行为准则。其中，又加入了窝阔台自己所下达的许多训令。以后，自贵由汗、蒙哥汗，以至于世祖忽必烈，对祖上的 训令 皆遵奉不谕，这些 大札散 ，也就成为元帝国法令的一个重要组成部分。
蒙古帝国的势力在进入中原地区之后，攻灭金朝，多任用亡金官吏，为己所用。故而在中原地区，官府断案、审狱，仍沿用金朝章宗时所修订之律书《泰和律》，该律书虽然 颇伤严刻 ，但在没有新的律书颁布之前，也只能以此为依据，处理各种日常政务、刑狱等。并且，在元朝诸臣重修 法典 之时，乃成为新订法令的另一个重要组成部分。
忽必烈即位后，遵行 汉法 ，百政更新，对于重要的统治工具之一的法律，也力求重新制订。于是命手下重臣如史天泽、耶律铸、姚枢、刘肃等人，参酌古今各朝代所订立的多种 律书 ，来制订出一部新的 法典 ，以供百官遵行。然而，由于当时辅政诸臣皆精于 儒术 而不熟于 法术 ，崇尚仁治而不喜于法治，故而在重订法典的过程中，产生了较大的困难。虽然远遵盛唐之法，近循亡金之例，也只能从 儒治 的角度加以宏观，编定出一些原则性的条例。
元初诸臣所订 法典 ，得到忽必烈的认可。至元元年(1264年)八月，经姚枢、刘肃等人所编订，史天泽进上 新立条格 ，乃作为元朝政府的第一个法规予以颁行。其要点无非是儒家政治学说所反复强调的一些观点，如省并州县以去冗吏，给官吏俸禄以养其廉，考核其治绩之优劣，禁官吏害民等等。与此同时，耶律铸亦 奏定法令三十七章，吏民便之。 虽然这些 新立条格 多为利国利民的法规，但因其过于简略，下层官吏在执行之时，其贪官污吏，仍得以上下其手，舞文弄法，肆意为奸，虐害百姓。
到至元八年十一月，忽必烈又下令，禁止继续使用旧金《泰和律》，地方官吏断案之时，失去依据，从而使已经十分杂乱的法治系统更加混乱。如是时，忽必烈曾下令，汉人偷窃六钱以上者，与杀人夺财同罪，而应处死。
各地官吏奉行诏令，多捕百姓， 在处系囚满狱 ，许多人皆被滥杀。近侍董文忠乃上言： 杀人取货，与窃一钱者均死，惨黩莫甚 ，加以谏止。但是，这种以帝王诏令为执法依据、任意断案的现象仍很普遍，从而造成法治混乱的状况继续存在。
为了解决这一问题，到至元二十八年，经过多年的参酌、修订，忽必烈又下令，将中书省大臣何荣祖所编成的新法典命名为《至元新格》，并刻印成书，颁行全国， 使百司遵守 。这是元代前期由官方制订的又一部成文的法典。共分为公规、治民、御盗、理财等10个类别。其书今已失传。但在后世所传之《通制条格》、《元典章》等书中，仍可略见其概貌。该书是以至元初年所颁行的 新立条格 为底本而加工成的，虽然各项法规更为详细，但作为 治国大法的一代重典，却仍然远远不够。从形式上来讲，失之于简略。从内容上来讲，则只是汇集了元朝诸帝的有关法令和诸官吏的断案刑例。此后，终忽必烈之朝，再也未见有更完备的 律书 颁布。
2。执法机构概况元代的法律体系本就十分混杂，其执法机构，更是如此。成吉思汗任命大断事官——札鲁忽赤以掌司法之权。这一制度，对元朝亦有极大影响。由于元朝统治者一直贯彻民族歧视政策，其在法律系统内的体现，即是南北异制.蒙古人与汉人在法律上是不平等的。例如汉人与蒙古人互殴，如果打死蒙古人，汉人必被处死;而汉人被打死，蒙古人只须充军出征。诸如此类的法律条文，随处可见。
为了贯彻法律上的 南北异制 ，元朝的执法机构也采取 南北异制 的方法。在中央政府中，既设有大宗正府，又设有中书省刑部。大宗正府源于太祖时之大断事官之制。忽必烈于至元二年(1265年)设立该府，置断事官10员，其职责为： 凡诸王驸马投下蒙古、色目人等，应犯一切公事，及汉人奸盗诈伪、蛊毒厌魅、诱掠逃驱、轻重罪囚……悉掌之。 此后，到至元末年，府中断事官增至46员，皆以诸宗王及御位下，有封国等贵族出任。
其管辖范围，虽然只是限定在诸宗王、驸马等贵族的分封地(即 投下 )
之中，但因 投下 遍布在全国各个地区，故而其权势亦涉及全国的各地百姓。
在中书省下所设立之刑部，乃是专职主管刑法的中央官僚机构。其职责为： 凡掌天下刑名法律之政令。 包括全国范围内死囚的重新审核，在押犯人疑案的判定，因罪籍没各种财产的管理，审狱刑具的监督管理，律令的制定及修改等等，皆由其负责。该部所设职官，有尚书、侍郎、郎中、员外郎等。其下，又辖有司狱司、司籍所等机构。刑部虽然名义上是全国司法机构，但是却无权审理蒙古人、特别是权贵们的刑事案件。
另外，由于元朝政府控制民众十分严密，百姓被分为民户、军户、匠户、站户、医户、释道户、阴阳人户等许多不同类别，故而在主管各类别民众的官府之中，又皆设有相应的司法机构。这就更加剧了法律审理体系的混乱程度。
如元代的匠户，因分属于不同系统的官僚衙门，故而其司法机构极为混乱。属于将作院的诸路金玉人匠总管府，即专设有管匠都提领所，以掌工匠们的讼狱之事。属于中书省工部的各府、局工匠，其诉讼诸事则受理于管领随路人匠都提领所。属于皇太子詹事院的各种工匠，其诉讼则受理于大都奥鲁提领所及上都奥鲁提领所，等等。
又如元代的军户，统由枢密院管辖，故而军卒犯法，地方司法官吏不得过问，而要由枢密院中负责司法的断事官处理。医户犯法，则由太医院下设的官医提举司审理。释道户犯法，僧人由宣政院的断事官审理，道士则由集贤院下属的道教机构处置。如果出现军、民争讼，民、匠争讼，僧、民争讼等事件，则由各方所属之相关司法机构共同审理、处置。
(七)边地诸机构
1。吐蕃
蒙古帝国崛起之时，成吉思汗四出征伐，在攻打西夏时，兵锋即濒临吐蕃之境，然未及深入而回。窝阔台汗时，进一步贯彻扩张方针，命其子阔端经略甘陕及吐番各地。阔端乃听从其部将道尔达的建议，利用佛教势力在该地区的重要影响，召见其宗教领袖，以收为己用。贵由汗元年(1246年)，萨斯迦派佛教领袖萨班应召，携同二侄八思巴、恰纳朵儿只前往凉州，并与阔端共同商定了归附蒙古帝国的各项条款。这是蒙古帝国的势力正式进入西藏地区的开始。此后，蒙哥汗及忽必烈都曾进一步扩大对吐蕃等地的控制范围。
忽必烈即位后，仍采用 以藏人治藏 的策略，再次召见佛教领袖八思巴前来，并先后授以 国师 、 帝师 、 大宝法王 等尊号，加以推崇，并利用他在吐蕃地区的影响来加强元朝的统治。初于至元元年(1264年)设置总制院，以掌全国佛教事务及吐蕃地区的军政大事，即任命八思巴主持院事。到至元二十五年，权臣桑哥因该地事繁权重，又提议升为宣政院，得到忽必烈的赞同。
宣政院设有院使、同知、副使、参议、经历等官各2员，另设有断事官4员，佥院、同佥各1员，以掌院务。其下，又设有客省使、大都规运提点所、大都提举资善库、上都规运提点所、上都利贞库、大济仓等衙门，由达鲁花赤、提点、大使、副使、提举、提领等职官分掌诸事。
宣政院设在都城，由帝师任院使以掌院政。其品位之高、任权之专，皆与中书省、枢密院、御史台等中央机要部门相同。而在吐蕃各地，又设有大小各级地方政府。主要有三大衙门。一、吐蕃等处宣慰使司都元帅府，治于河州(今甘肃临夏)，设有宣慰使5员。其下又辖有脱思麻路军民万户府、西夏中兴河州等处军民总管府等，所管为今甘肃、青海、四川等部分地区。
二、吐蕃等路宣慰使司都元帅府，约治于镇西府(今西藏昌都)，设有宣慰使4员，其下又辖有多处招讨司、安抚使司，所管为今西藏东部及四川西部、青海东南部等地。三、乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府。设有宣慰使5员，其下又辖有都元帅、招付使、管民万户等多员。所管为今前藏、后藏及阿里地区等。
在三大宣慰司所辖的万户府、总管户、招讨司、安抚使司之下，又设有多处千户所等，以管理日常政务。宣政院下的这层层地方政府，其官吏皆由宣政院自行任免，而不必受到中书省的约束。帝师虽然长期留居都城，侍奉元朝帝王，而其亲信子弟等则驻于藏地，行使治理权。宣政院的设置，加强了中央政府对藏地的统治。
忽必烈还先后在川、藏等地册封宗王，进一步加强控制。如至元六年，封皇子奥鲁赤为西平王，以掌川藏各地军政诸务。奥鲁赤死，其子铁木儿不花又被封为镇西武靖王，镇守其地，此后子孙世袭王位，直至元亡。成为元朝控制藏地的又一重要力量。
此外，如果藏地发生重大事件，需要处理。元廷又临时设立行宣政院，以辖其政。如果出现大规模的军事行动，则由行宣政院和中央枢密院大臣共同商定对策。平时藏地各处，也驻有蒙古、探马赤军和汉军等镇戍部队，设立元帅府、万户府等以统之，以镇压当地民众的反抗斗争。
2。大理大理本来距漠北草原有千里之遥，中隔峻岭荒原、激流险滩，自古以来即很少与草原有人事交往。蒙哥汗即位后，为攻灭南宋，一统天下，采用蒙古帝国一贯行之有效的战略战术，企图出奇兵，经西南地区，对宋朝进行迂回包抄，以避开阻隔中原与江南的长江天险及各处军防要塞。这一战略战术的实施，乃使远在漠北的蒙古国势力向南伸展到了西南边陲的大理国等地。
蒙哥汗二年(1252年)六月，忽必烈受命率军远征大理，以贯彻迂回伐宋的总战略。翌年夏，忽必烈率大将兀良合台等进至六盘山，秋凉后，乃兵分三路，南下进攻。忽必烈为中路，兀良合台为西路，宗王抄合等为东路。
到年底，攻至大理城下。段氏据城顽抗，但随即被击败。大理国遂被攻灭。
蒙古帝国开始对大理等地进行统治。
蒙哥汗四年，忽必烈回师蒙古草原，为了控制云南地区，特命大臣刘时中为大理宣抚使，以统治该地区。又命大将兀良合台留驻其地，继续征服其他尚未降附的部落。经过一段时间讨伐，云南各地大致平定。在这种情况下，原来统治大理多年的地方割据政权首领段智兴等人，屈服于蒙古国武力的征伐，开始与刘时中等人进行合作，共同为巩固蒙古帝国的统治而效力。
是时，蒙哥汗将云南归附的37部民众，按照蒙古国的习惯，划分为19个万户府，设有达鲁花赤及万户长，并以兀良合台为都元帅，以统其地之军备。而忽必烈南征时留驻于云南的宗王不花，则负责参决当地的重要军政事务。
忽必烈即位之初，仍沿行蒙哥汗时所设立的制度。以都元帅主持军务，又封其子忽哥赤为云南王，总掌政务。另设有大理等处行六部，以辅皇子忽哥赤，处理日常政务。这种状况没有维持多久，因云南政争激烈，局势动荡不安，皇子忽哥赤被手下权臣毒死。元朝政府对云南的控制大为削弱。
为了改变这种不利局面，至元十一年(1274年)，忽必烈乃任命中书省重臣赛典赤瞻思丁出镇云南，于中庆(今云南昆明)设立行省，以加强对该地的控制。首先是将当地豪强段氏的势力范围缩小到大理一府之内。又将主持军权的元帅府置于行省管辖之下。再将云南省内的各级政体调整划一，官吏由元廷任命。而边远少数民族地区，则仍参用当地豪强，以治一方。云南行省的设立，以及赛典赤瞻思丁的出色治理，加强了元朝政府对西南边陲的统治，也使政局得到稳定，社会经济亦因此而有了极大的发展。
(八)官吏选拔制度概况
1。选拔途径
元朝在官吏的选拔、任用制度等各方面，与其在法治制度方面所采用的政策是一致的，那就是存在着严重的民族歧视。在这种政策的指导下，选拔官吏的标准只能是 任人唯亲 ，而不是 任人唯贤.忽必烈在至元二年(1265年)就曾特别规定： 以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人充同知，永为定制。 其他各级官僚机构中的官吏组成结构，也大致如此。
例如在中书省里面，左、右丞相的要职，皆以蒙古贵族出任，而其他官职，如平章政事，左、右丞，参知政事等，才用汉人及色目人(即所云之 回回人 )充任。在御史台中，御史大夫、御史中丞等要职，也多由蒙古贵族出任。其他侍御史、监察御史等，才由汉人等充任。
这种不正常的用人政策，对官吏选拔制度产生了极大的影响，从而造成了仕进有多歧 的局面。主要的入仕途径，时人归纳为三大类。即：一是由宿卫之近侍，二是由治学之儒士，三是由操笔之小吏。当然，在三大门类之下步入仕途的人们，其政治待遇又是迥然不同的。
宿卫之士的出身即与后两类人不同。大部分是蒙古贵族子弟，世代以宿卫之职相承袭。这些人在服侍帝王一段时间后，即可受命出任各种显贵职官。
如中央的省、院、台要职，地方上的行省、行台及各路、府的首脑之职等。
另外，还有直隶于皇家的各种近侍机构，乃是其他外人不得充任之职官，皆由宿卫士出任。
在宿卫土中，还有一部分是边疆地区军政首脑的子弟、各少数民族部落首领及归附邻国之国王的子弟，以及受到蒙古统治者宠信的汉族大官僚的子弟等等，这些人原是作为 质子 而留在蒙古帝王身边，充任侍从。当其父辈死后，乃得以回到边镇、方国、部落等处，以袭父爵。也有受到帝王赏识而另委以官职者。
儒士在元代的入仕机会，较之前代的唐、宋，后代的明、清各朝，皆少得多。这主要是由于自蒙古立国，直到元代前期，科举制度久未创行所造成的。成吉思汗在位22年，一意征伐，从未议及科举之事。窝阔台汗时，曾在中原进行过一次考试，以此确定儒户之户籍，并选拔出一批有才干的儒士，委以职官，治国理民，收效颇佳。窝阔台原想继续实行这一考试制度，但却因遭到众多蒙古贵族的反对而作罢。
此后，贵由汗、蒙哥汗等在位时，皆未再重提此事。忽必烈即位后，虽大行 汉法 ，立国号、年号，定官制、礼制，建都城、宫室等等，却不知何故而未创行科举之制。手下众儒臣多次提议实行科举之制，也都被置之不理。只是在攻灭南宋后，曾于全国进行过一次考试。与窝阔台汗时相同，也仅仅是为了确定全国的儒户之户籍而已。此后，亦未能续行。
故而，元代前期的儒士要想进入仕途，只能通过岁贡。是时，岁贡有两种方式。一种是通过元朝政府所设立的各种学校，其在校学生经过一段时期的学习，通过各种考试，得到教官的承认之后，才进贡到中央，分派到各级政府部门中任职。这些学校，包括国子监学、蒙古国子学、回回国子学，以及各种专科学校，如医学、阴阳学等。
另一种有权进贡儒士的人，则是中央及地方的重要官员，他们在自己管辖的范围内，如果发现有才干出众的儒生，亦可经过荐举而进入仕途。其名目，则有 遗逸 、 茂异 、 求言 、 进书 、 童子 等。这些被荐举到元廷做官的儒生，大多有较高的德行、声望，或是有一技之特长(如诗赋、书画等)。当然，这些通过岁贡方式进入仕途的儒士，人数少得可怜。
当时有人略加估算，认为其比例，仅占全部在职官员的百分之五。
与儒士形成鲜明对比的，就是政府机构中处于最底层的小吏。这些人在元朝政府中的重要作用，是前此的唐、宋及后此的明、清各朝代所不能比拟的。他们进入仕途的方法，主要是通过补用，即各级政府部门中出现空缺，往往用吏员补任。另有一些人，则与儒士相同，可以通过荐举而步入仕途。
这些由吏而入官者，占元代职官人数的比例最大，约在百分之八十五左右。
但是，这些人即使入官，也大多处于官僚机构的下层，整日忙忙碌碌，很难晋升到上层官僚之中去。
元代还有两条比较特殊的入仕途径。其一，是大官僚死后，由其子孙接着做官，时人称之为 蔭叙.至元四年，元廷即对蔭叙之制作出了详细的规定，其后又于至元五年、至元十九年，对 蔭叙 之制进行了补充规定，其制乃日趋完备，大致有如下几条，但是文官、武官受蔭有异。文官子孙受蔭要降等，大约一品官之嫡子只能袭五品之职，五品官之子只能袭九品之职。
六品以下官之子袭职，只能是不入品之吏员。而军官之子则不同，若是军官自然死亡，其子降等袭职，其所统之军则不变。若是战死，则子孙袭其原职。
蔭叙 之制，古已有之，此言其特殊者，是因其只适用于官宦子弟，与平常人不同。
其二，是投下官的任免。蒙古帝国自成吉思汗分封土地、民众给诸宗亲、功臣等，形成 投下 ，此后诸帝皆遵奉之，屡行分封，乃使 投下 遍布于天下。因此，诸王、功臣等，皆在受封之投下设官加以管理。其官员人数之多，亦可想见。这些投下之官，直接由诸王任命，只是在形式上要上报政府，得其批准。忽必烈在即位后，对投下官的任命，也作出明确规定。至元五年下诏： 凡投下官，必须用蒙古人员 。不久又规定，色目人可与蒙古人同样任用，而汉人等或是革罢，或是转到地方政府中任职。这些投下官员，也大多是世代承袭。
2。擢黜之制由于受到 仕进有多歧 的官吏选拔制度的影响，遂使元代官吏的擢黜之制也很混乱，所谓 铨衡无定制 即是。到忽必烈即位后，为了使官吏队伍受到约束，提高行政效率，政府还是陆续制定了一些相应的法规，以作为进行奖惩的依据。
在至元元年(1264年)颁行的 新立条格 中，首次对 民之休戚系焉 的地方州县管民官立下5条考核标准。即：一、民户及农田有所增加;二、荒地得到开垦;三、告状的、争斗的事件减少;四、偷盗的、抢劫的现象绝迹;五、民众的赋税、徭役负担均衡。在官吏任职期间， 五事备者上选，三事有成者中选，五事俱不举者黜。 这些地方州县官虽然是百姓的 父母官 ，责任重大，但多为七品之下的小官，其擢黜之权，皆由中书省之吏部执掌。七品以上的文职官员，其擢黜之权，则由中书省执掌。而三品以上的政府要员，则必须由元帝亲自任命。
中书省亦不得过问。
至元十七年，元朝政府又正式颁行了官员们的迁转之法。以3年为限。
凡无过者，授见阙。物故及过犯者，选人补之。满代者，令还家以俟。当然也有例外者，如在京的朝官，即以30个月(两年半)为限。御史台所属之官，升迁也不循三年之例。更有一些不法之徒，结交权贵、近侍等，以求破格超迁，致使铨选之法受到破坏。忽必烈即曾明令加以禁止，但其是否有效，则不得而知了。此外，为了鼓励官员到边远地区任职，元朝政府又对边地官吏的升迁，给予一定的优惠。
由于元代的官员十之八九是由下层小吏升迁而来，故而贪赃枉法的现象极为严重。那些身居要职的蒙古权贵们，依恃帝王的庇护，更是贪婪无度，豪夺民财。为了限制这种腐败现象，元朝政府在至元二十九年，由省、台联手制订了官吏赃罪 十三等。其中，枉法者五等，不枉法者八等。因赃罪严重而判死刑者，须上报帝王批准。这种 贪赃 而能不 枉法 的规定，简直是奇闻。但对于官吏的腐败行为，多少也有了一定的限制。
元代的监察官员，其任免及擢黜之权，皆不通过中书省，而由御史台首脑自己掌管。其考核之制，亦无固定标准。 其有不顾权势，弹劾非违，及利国便民者，别议升除。 敢于弹劾权贵者，若得到最高统治者的赏识，固然会破格升迁，不循常例。否则，难免招致贬谪甚至杀身之祸。
武职官员的擢黜，亦无定制，其权则操于枢密院首脑之手。至元二十一年，忽必烈下诏，将万户、千户、百户各分为上中下三等。并定立条格，以行迁转之法。平日无战事，则以3年为限，依例迁转。若有战事，则根据从征之功劳及过失等，来决定其擢、黜。
(九)攻灭宋朝 统一全国
1。平定江南
早在蒙古帝国攻灭金朝之后，位于江南的宋朝就已经是进攻的主要目标之一。自窝阔台汗到蒙哥汗的30年间，虽然帝国的活动重心主要仍放在漠北大草原和中亚、东欧各地，但与宋朝之间的相互攻战，却从未中断。而且呈现出逐渐升级的趋势。特别是蒙哥汗率大军亲自攻蜀，长达1年多，最后却以身亡兵退为结局。
忽必烈在夺得帝位后，帝国的统治中心已经从漠北向南移到了中原，攻灭南宋的方略，更成为迫在眉睫的重要问题。蒙哥汗时采用的包抄大理，经蜀中迂回攻宋的战略，已经被事实证明是无效，至少是收效甚微的举措。忽必烈要想攻灭南宋，必须采用新的作战方略，才能生效。
这时，由内讧而投降的南宋大将刘整，向忽必烈提出了新的建议，指出，进攻南宋的军事要害，既不在山势险要的川蜀，也不在河流遍布的中原，而是介于二者之间的江防要塞襄阳、樊城。如果攻占这里，即可沿江东下，直取宋都临安(今浙江杭州)。忽必烈采纳了这一建议，重新部署了攻宋的方略。
从至元五年(1268年)春天开始，元军的进攻重点，由蜀中转到了湖北。
忽必烈命熟悉宋军情况的降将刘整与大将阿术率军进攻襄阳(今湖北襄樊市汉水之南部分)、樊城(今襄樊市汉水以北部分)二江防要塞。由于这里为兵家必争的战略要地，宋军驻有精锐，城防又极为坚固。元军猛攻数年，又增调史天泽、张弘范等骁将前来，最后切断城里的水上供给线，又从大都运来新造的回回大炮，经多次苦战，才在至元九年正月，将攀城攻占。二月，襄阳宋守军已失去犄角之援，被迫出降。忽必烈灭宋新方略中最困难的一道关卡终于被攻破了。南宋的灭亡，只不过是时间早晚的问题。
至元十一年，忽必烈命大将伯颜、史天泽等统率大军，向宋朝发动了全面总攻。负责主攻的元军，由伯颜、史天泽、阿术、阿里海牙等率领，从襄阳出发，沿汉水东进，绕过郢州(今湖北钟祥)，连克沙洋堡(今湖北荆门县东南)、新城(今湖北潜江县西北)，抵达长江。然后攻占江防重镇汉阳、鄂州(今湖北武汉)，沿江而下，连克黄州(今湖北黄冈)、蕲州(今湖北蕲春)、江州(今江西九江)、安庆，一路未遇宋军的顽强抵抗。负责助攻的元军，由两淮南下，直攻扬州，以牵制宋军。翌年春，与伯颜主力军相会于安庆。
时宋朝宰臣贾似道，率宋军水、陆精锐10余万人，驻守在芜湖，与元军展开决战。元军夹岸进击，宋军大败，精锐多被歼灭，已失去抵抗之力。元军乃乘胜连克太平、和州、无为等处，直达建康(今江苏南京)。随后，又连取镇江、江阴、无锡、常州诸处，直逼宋都临安。至元十三年正月，宋廷见大势已去，乃遣使投降。三月，伯颜进至临安，旋即押送宋帝、后及宗室等北上大都(今北京)，南宋王朝至此灭亡。
时宋朝大臣陈宜中、张世杰等带着宋朝宗王赵昰等南逃闽广，企图另立割据政权。元军继续追击，一路扫除宋朝残部。到至元十六年正月，元朝大将张弘范率军攻到闽南崖山，宋廷最后残存的力量也被消灭。至此，江南地区基本上得到平定。
2。对江南地区的统治
忽必烈在攻灭南宋后，不仅统一了全国的版图，而且获得了大量的财富和众多的民众。仅以政府的统计数字(当然是不完全的统计，但可以作为参照系数)来看，攻占江南前的至元十一年(1274年)，元朝政府共占有民众190余万户。翌年进攻江南后，户数马上就有了增加。时将江东、荆南湖北等路的民众占为己有，户数猛增至470余万。到南宋投降后，再加上两浙、两淮、湖南等处的民众，户数已经猛增到1000余万户，是原来户数的5倍多。
元朝政府征服江南后的第一个举措，就是对大量江南财富的掠夺。忽必烈亲自在至元十三年十二月下诏，命令占领江南的各地官吏，要尽其职责，征收江南的各种赋税， 其田租商税、茶盐酒醋、金银铁冶、竹货湖泊课程，从实办之。 翌年，又设立专管盐、茶征税的江淮等路都转运盐使司和榷茶都转运司，以掌其事。此后，大量的江南财富，被源源不断地运往大都(今北京)等地，以供元朝统治者所享用。如粮食，自元朝占有江南，将所征收的税粮，由漕渠及东海北运，数额由几十万石逐渐增加到几百万石。又如绢帛等精美织品，仅杭州一处工匠的岁课额，即多达10万匹。
元朝政府又强行征调江南的大批人力，为其所用，如至元十六年四月，就征调扬州等处的青壮年2万人，前往大都，充侍卫军。八月，又调江南新附军1。5万人，驻防在太原、大名、卫州等处。特别是元朝政府发动的进攻占城(今越南)、日本等国的侵略战争，更是大量征调江南的军人、民夫。
以至于民不聊生，反抗四起。元朝政府不得不增加镇压民众的军队，以维持其统治。
忽必烈还将新获得的江南民众，作为奖励王公贵族、大小功臣的赏赐品，设立分地(即 投下 )，命民输钞税，其法与中原地区的 五户丝 之制相同。而那些侵宋的大小军将，借战争之机，大肆烧杀抢掠，占夺民众为奴婢。有的大将，一次即占夺民众多达数千人。
元朝政府为了征收更多的赋税，而对新获得的民众及田产反复进行清理、核查，不许百姓逃税、漏税。如云南地区，自蒙哥汗时忽必烈远征，将其地占有，直到忽必烈统一江南，仅30年间，就 八籍民户，四籍民田，民以为病.到至元十九年，元朝政府又重新清理民户，增加新归附民众的赋税。其他如括查隐匿户，签理新附户等措施，时有施行。
当然，忽必烈深深懂得，要想牢固统治江南，就必须要利用江南地区原有的地主官僚势力。于是下令，凡元军攻占的郡县，其官吏可拿原宋朝所颁给的职务证明，换取元朝政府的新的官职委任书，以保证他们的切身利益不受侵害。同时，忽必烈又向江南地区派出了许多的蒙古、色目等少数民族官吏，作为各地的最高行政长官——达鲁花赤。而以原来的汉族官僚作为辅佐，以治其民。
出于政治上的需要，元朝政府还制定了一种民族歧视政策。把全国的民众按照民族的不同，划分为四个等级。最高的一级，自然是蒙古民族，时又称为 国人.其次，是从西北地区随同蒙古统治者一起进占中原的各个少数民族，时称为 色目人.第三个等级，是原来中原地区的广大民众，主要包括汉人、契丹人和女真人，统称之为 汉人.最低下的一个等级，则是江南地区的广大民众，被称之为 南人 ，极受歧视。
这种民族歧视政策，充分表现出了忽必烈等蒙古统治者的一种心理，他们对于中原及江南地区的人们，抱有极大的戒备心。即使是对那些汉族中的统治阶层，也是如此。虽然要利用汉族地主的势力，为巩固其统治服务，却又对他们极不放心。 四种人制度 不仅表现在社会上，而且也反映在政府各级机构中的人员安排上。
对于元朝政府的强掠豪夺，民族歧视等作法，民众的反抗是强烈的。各地盗贼 蜂起，连年不绝。而作为汉族官僚地主而言，也有许多人采取了不合作态度。其最著名的代表，则有文天祥与谢枋得。文天祥在南宋末年，临危受命，曾任宋朝之军政要职，是抗元活动的中坚人物。至元十六年被元军俘获，押送到大都，因拒绝投降合作，被关在囚牢中长达3年之久。虽经赵宋已降小皇帝及元朝皇帝忽必烈的亲自劝降，皆不见效。最后，被杀死在大都。他的名言 人生自古谁无死，留取丹心照汗青 ，表达了誓死不合作的态度，以及崇高的民族气节，至今仍为人们所传诵。谢枋得为江南名士，忽必烈闻其名，欲召至京城，收为己用。但他不识 抬举 ，拒绝合作，于是，被元朝政府强行押送到大都。仍拒绝合作，最后绝食而死，以示反抗。
他的事迹，也在大都及江南等地广为流传，受到民众的敬仰。
(十)与相邻诸国的关系
1。高丽
成吉思汗在起兵大举南下伐金之时，又出偏师，经略辽东。太祖十三年(1218年)，为讨平契丹叛乱之余众，曾命大将哈只吉、札刺等率军东征，直入高丽之境。高丽国亦出兵相助。及平定叛乱，乃相约，命高丽岁时进贡方物，并时有使者往还。到太祖十九年，高丽之 盗 于途中杀掉蒙古使者，两国之间的联系，一度中断。
到窝阔台汗三年(1231年)，因其岁贡不至，而出军进讨。由大将撒礼塔主军，及入其境，有洪福源率其民千余户来降，乃同征不归附之州县。又遣使以招高丽国王王■。王■求和，撒礼塔受命于其国内遍置达鲁花赤72人，以监临之，然后班师。翌年六月，王■等不堪忍受诸达鲁花赤之扰。乃将72人尽杀之，然后，躲到海岛之中，以避蒙古军之报复。
窝阔台汗闻讯，乃遣大军进讨。但遇到了高丽军民的顽强抵抗，主帅撒礼塔在进攻处仁城时，中流矢而死。副将铁哥等被迫退军。此后，王■多次派使臣前来求情，而窝阔台汗一面逼迫王■入朝，一面仍命蒙古军出讨。王■百般推辞，最后不得已，乃将侄儿王綧收为已子，然后作为人质，送至蒙廷，并岁时入贡方物，及窝阔台汗死，高丽之岁贡又绝。
贵由汗至蒙哥汗时，又因其岁贡不至，曾4次出大军攻之，克其10余城。
及蒙哥汗末年，王■再次被迫遣其子王倎入朝为人质，这时的蒙古帝国，对高丽的控制并不很严，只是令其岁贡方物，并出 质子 以示臣服，无二心而已。
忽必烈即位后，开始加强对高丽的控制。中统元年(1260年)三月，高丽国王王■死。于是，忽必烈命 质子 王倎回国继承王位。并听从王倎的请求，将镇守在高丽境内的蒙古军马撤回。其后，王倎改名王禃，数次入朝，连年进贡，与元廷之关系较为友好。然而，对于忽必烈苛求于他的 籍边民、出师旅、输粮饷、助军储 等诏令，却百般推诿，不予执行。忽必烈虽然数次加以切责，但也并未采取过激的行动。
至元六年(1269年)，高丽国内忽然发生动乱，权臣林衍废去王禃，而扶立其弟王淐为国王。王禃之子王愖来朝求援，于是忽必烈调动大军，命国王头辇哥、大将忙哥都等兵临其境，随时准备进剿，大臣赵璧又设行省于东京(今辽宁辽阳)，以助军资。翌年正月，因高丽西京等五十余城百姓归附元廷，忽必烈乃命改西京(今朝鲜平壤)为东宁府，设立安抚司，以大将忙哥都、赵良弼等为安抚使，镇守其地。不久，克其王京(今朝鲜开城)，忽必烈又命脱朵儿出任达鲁花赤，陪同王禃复回都城，而罢去安抚司。
及林衍之叛乱被平定，元廷复命大将阿海率军1500人，镇守王京，加以监督。不久，再设立高丽屯田经略司，命大将忻都、史枢为经略使，率大军5000人屯驻于金州。至元八年，忻都等又出军，大败林衍之残部于珍岛。两年后，再出军攻克耽罗城，高丽的分裂势力基本上被消灭了。此后，高丽与元廷又通过联姻、设置驿传、设立行省等，进一步加强了联系。历任的高丽国王，也时入元都朝觐，没有再出现两国之间的对抗。
2。日本日本国早在东汉时期即与中原有了较多的交往，此后历代不绝，直至宋代。而蒙古帝国自崛起以来，四面扩张，向东征服高丽，直到大海之滨。对于远在海外的这一岛国，并没有更多的重视。再加上海中风恶浪险，故而自成吉思汗到蒙哥汗为止，两国之间一直也没有交往。
忽必烈即位后，由于同高丽国之间的联系日益密切，乃从高丽使臣的口中了解到一些日本国的情况，由此而产生了极大的兴趣，准备建立与其国的联系。一者，忽必烈对这个小岛国的军事力量根本没有放在眼里;二者，许多人的传闻皆夸大了其国的财富状况，令人垂涎不止;三者，又有些人言其国路途近捷，乘船一日或半日即可到达。故而，忽必烈在彻底平定阿里不哥叛乱之后，开始着手对日本国的征服行动。
首先是派出使臣，谕以 圣意 ，希望其国能识时务，主动与元廷交好。
至元三年(1266年)八月，命兵部侍郎黑的为国信使、礼部侍郎殷弘为副使，持有 国书 ，前往日本。而命高丽派遣向导，陪同前往。在《国书》中，忽必烈对日本国采取了恩威并用的方法，先夸耀一番自己军事实力的强大，又摆出一副十分友好的姿态，命其遣使通好。当然，最后也没有忘记以武力相威胁， 夫孰所好，王其图之。 ①但是，这次出使，不知是高丽向导别有用心，还是天公不作美，最后 不至而还 ，毫无结果。此后，忽必烈又连年派遣使臣，前往其国，或是不得要领而归，或是拒不接纳，或者得到信使之书而无回信。
到至元十一年，忽必烈见友好的态度并没有使其就范。大概忍奈也到了极限，于是下令，命驻守在高丽的大将忻都会同高丽将领洪茶丘等，调集大小战舰900艘，军卒1。5万人，向日本发动进攻。忻都、洪茶丘等率大军首先攻占了对马岛、壹岐岛，然后转攻太宰府，并连克今津、佐原、白道原、赤坂等地。元军的侵略，遇到日本军民的顽强抵抗。双方死伤都很惨重。这时，驻在战舰上的元军突然受到大风暴的袭击，损失极大。所携带的火炮、毒箭等武器也差不多用完了。于是，只得撤军。忽必烈第一次想用武力来征服日本国的计划乃宣告失败。
当然，忽必烈是不会就此罢手的。翌年，又派出礼部侍郎杜世忠等为使臣，前往日本，再次进行胁迫。但诸使臣皆遭杀害。至元十七年，忽必烈在平定江南的战役结束后，再次着手更大规模的侵日战争。这次元廷动员了几乎全国的军力、物力，调集战舰4000余艘、军卒10余万人，并制订了较为周密的作战计划。又特设立征东行省，作为军事指挥机构。
翌年五月，元军分为两部分出征。一部分由大将阿剌罕统率，所属为南宋归降之范文虎等10余万新附水军。另一部分为驻守在高丽的忻都、洪茶丘等所率之蒙古、高丽联军4万余人。忻都等所率之军轻车熟路，连克对马岛、壹岐岛等，并按照约定在此等候江南元军前来会合。但是，主帅阿剌罕因病重，临时换人，故而范文虎等没能按时到达。直到七月，两军才得以会师。
然后，向日本守军发动猛攻。日本军民虽奋起抵抗，但毕竟寡不敌众，乃节节败退。就在这危急时刻，又是一场大飓风袭来，将驻于战舰上的十几万元军冲打得溃不成军。士卒溺死者过半，战舰亦所剩无几。
此时，元军统帅范文虎等未能尽力克服困难，率所剩士卒作拼死一搏，反而贪生怕死，丢弃部众，自己乘船逃回。所剩数万元军，失去统帅，乃大乱。日本守军乘机发动反攻，将残留元军全部歼灭。忽必烈对日本进行军事征服的计划再次遭到惨败。此后，虽然他仍念念不忘征服日本的计划，却已是心有余而力不足。两国之间也就没有再进一步发生对抗。
3。安南蒙古帝国与安南国的接触，始于蒙哥汗时忽必烈远征大理。大理被攻灭后，忽必烈回漠北，而留大将兀良合台继续征服不附之州县。遂南下直入安南国。遣使谕之迫降，使臣去而不回，乃进军至洮江北，与其国之军大战，败之，攻入安南国都升龙(今越南河内)。其王陈日煚逃到海岛中。翌年，传位于其子陈光昺，乃遣使贡方物以求和。
忽必烈即位后，于中统元年(1260年)遣孟甲、李文俊出使其国。陈光昺亦遣使入朝，表示臣服。忽必烈遂封其为安南国王，并令其三年一入贡，所贡物品有苏合油、光香、沉香、檀香、犀角、玳瑁、珍珠、象牙等物。又命使臣讷刺丁作为达鲁花赤，监临其国，负责两国间的交往事宜。
到至元四年(1267年)，为了加强对安南国的控制，忽必烈又向陈光昺提出六条要求，即： 一，君长亲朝;二，子弟入质;三，编民数;四，出军役;五，输纳税赋;六，仍置达鲁花赤统治之。 对于元廷的苛求，陈光昺不敢公开拒绝，只得百般推辞，甚至针锋相对，以攻为守，上表陈诉蒙古官吏的不法行为： 况其行人(指使臣及达鲁花赤等)，动有所恃，凌轹小国。虽天子与日月并明，安能照及覆盆。 由此要求罢去国中所设之达鲁花赤。元廷虽又多次以 六事 不备相责，陈光昺仍不为所动，最多不过是 上表谢罪 而已。
到至元十八年，因为陈光昺死后，其子陈日烜未经元廷认可，即自立为王，又借口有病而不入觐，忽必烈十分不满，于是命立安南宣慰司，以卜颜铁木儿为参知政事、行宣慰使都元帅，并立陈日烜之叔陈遗爱为安南国王，以图取而代之，两国关系，急速恶化。
至元二十一年，忽必烈又以占城不臣服为借口，命皇子镇南王脱欢统帅大军进剿，假道安南，并命其提供所需之军粮等物。翌年，元军进入安南国境后，不仅没有得到曾索要之军粮，反而处处受到安南军队的阻击。于是，两国之间的军事对抗遂公开化。元军兵分六道，发动猛攻， 自入其境，大小七战，取地二千余里，王宫四所。 面对优势敌军，安南军队采用游击战术，放弃都城，退守海岛、丛林，避免与元军正面对抗。不久，元军就感到军粮供应困难。士卒又因不适应当地炎热的气候，大批病倒。脱欢被迫下令退军。安南军队乘势发动反攻，元军大败，死伤惨重。此后不久，元廷再次调集大军，向安南发动第二次大规模进攻，水陆并进，但最后亦因粮草不济，败退而回。
到至元三十年，忽必烈又命大将刘国杰为主帅，调集大军，准备第三次进攻安南。翌年初，忽必烈死。及成宗即位，乃罢去出征安南的军队，遣使以示宽宥。大规模的军事对抗，由此得免。其后，直到元末，两国间时有使臣往还，没有再发生大规模的军事对抗。
(十一)镇压叛乱 加强中央统治
1。平定李璮的叛乱自从蒙古帝国的势力进入中原后，就开始陆续收买那些力量较为强大的地方割据武装。为此，对其许以高官，并允许其在各自的势力范围内，保有较大的特权。如河北地区的史天泽、张柔、董俊等豪强，山东地区的严实、张荣、李全等豪强皆是如此。
李全原为金未农民起义军中的首领之一。后归降于宋朝，活动在山东诸州县，及蒙古军进攻山东，又于太祖二十二年(1227年)叛宋，归降蒙古。
木华黎之子孛鲁命其为山东淮南楚州行省官。至太宗三年(1231年)，李全攻宋败死，其子李璮乃承袭官爵，继任益都行省长官。主持山东一带的对宋战争。
李璮虽与张柔、史天泽等同为降蒙地方割据武装，却时时怀有二心，妄图处在蒙、宋之间，利用两大国的争斗，来进一步发展自己的势力。故而当蒙哥汗大举兴师伐宋时，曾向他征兵，而他以地处要冲，宋军时时来侵为借口，拒绝出兵，蒙哥汗也无可奈何。忽必烈即位后，亦曾向他征兵，以攻阿里不哥，他仍以此为借口。忽必烈在北方大患未除之时，自然也对他无可奈何，还要时时赐与财宝、官爵等，加以笼络。
中统二年(1261年)秋，阿里不哥率大军南侵，忽必烈调动汉军7万户之军及大批蒙古军北上迎击，中原兵力空虚。李璮认为这是进行叛乱割据的最好时机，于是命其子李彦简偷偷从都城逃回，然后，在翌年二月初三日，公开背叛忽必烈，尽杀守城之蒙古军，并将所辖之涟、海等城献给宋朝，以求得其援助，共抗蒙古。初八日，李璮攻入战略要地益都，对其部众大加犒赏。十五日，又出兵进攻蒲台。二十六日，再攻占山东重镇济南城。一时之间，中原地区大为震动。
对于李璮的叛乱，忽必烈早有预感，但是事情突然发生，亦极为紧张。
经谋臣姚枢及王磐等分析局势，始定平叛之策。二月十七日，忽必烈下诏出兵。命汉军诸万户解成、张荣实、王文干、严忠范等合军于东平;万户张宏、邸浃等合军于滨棣。二十日，再命蒙古宗王台必赤为总督，指挥众军进讨叛乱。未几，又命真定、顺天、河间、平滦、大名、邢州、河南诸路之兵，皆会集到济南。同时，还在诸路再括新军，以防守各地城邑。复括少数民族之丁壮及北京(今内蒙古宁城)鹰坊等户为军，以备不时之需。并在燕京(今北京)至济南之间临时设立传达快讯的海青驿八所，以随时传送有关军情。
三月，汉军万户史枢与蒙古军大将阿术奉命率军进讨，与李璮军相遇，经过激战，斩杀叛军4000余人。李璮退保济南。不久，汉军万户韩世安与部将马兴、张济民等又大败叛军于高苑。李璮乃龟缩于济南城中，不复敢出。
他原打算依靠的宋朝军队，虽然这时在大将夏贵、华路分等人的指挥下，不断发动进攻，但却未能对元军构成威胁。也就无法减轻李璮所受到的军事压力。
四月初，元朝军队对李璮的叛军在军事已经完成了战略包围，忽必烈乃调来大将史天泽，主持攻打济南之战役。至五月，史天泽又在济南城外环筑壁垒。严加围困。李璮既无力反击，也无法出逃，只得坐以待毙。七月，城中食尽，李璮见大势已去，企图投湖自杀，未死而城破被擒。史天泽在没有请示忽必烈的情况下，立刻将李璮处死。大概是怕李璮临死反咬一口，而使诸汉军万户皆受其牵连。事实上，在李璮叛乱之前，也确实和中原诸汉军万户有过书信往来。史天泽此举，实属高明，却也因此而引起忽必烈之疑忌。
在李璮叛乱被平定后，四方之敌已经不多，汉军诸万户的利用价值亦随之降低。而其割据势力的潜在威胁，却有所增加，令忽必烈寤寐不安，他遂于不久下令，除去汉军诸万户的世袭之权。并将原属诸万户所统之地方的军、政二权加以分离，以消除他们仗势割据、发动军事叛乱的可能性。
2。平定王著的叛乱忽必烈在讨平李璮的叛乱后，不仅除去了一大隐患，而且还借此将其他汉军万户的权力削减到最小程度。但他还是心有余悸。因为当时在他身边的重要谋臣之一的王文统，掌有中书省的大权，却是李璮的姻亲，而且参与了叛乱的策划。这就使他对于身边的大批汉族幕僚都产生了怀疑，由此而导致了用人方针的极大改变。由亲信汉人，大行儒术，而改为疏远汉人，并开始亲信、重用那些来自西域的少数民族大臣。
李璮叛乱后，王文统随即被杀。而回回人阿合马，由此入主中央政府。
中统三年(1262年)，忽必烈命其领中书左右部，兼管诸路财政等事，于是大权在握。阿合马为了进一步获得忽必烈信任，充分发挥了他的敛财特长。
翌年，首先在钧州、徐州等处设置铁冶，括民3000户，命岁输铁100余万斤，易粟4万石，以增加政府收入，颇见成效。
其后，阿合马敛财愈多，权势日增。至元三年(1266年)，在他主张下，设立制国用使司，专理财务。至元七年，又改立为尚书省，由阿合马出任平章尚书省事，专掌财权。阿合马乃以所掌财权与中书省相对抗。甚至在任用部下官吏时，既不经过吏部批准，也不报告中书省，擅自任免。而奏事也不通过中书省，直接向，忽必烈请示、汇报。这些作法，必然遭致中书省蒙、汉官员的反对。
然是时元廷欲南下平宋，连年调动大军，国家财政支出极繁夥，自然需要有能够大量聚敛民财的权臣加以经划。阿合马横敛民财不择手段，所立诸路转运司，任用的亦必烈金、札马刺丁、阿老瓦丁、倒剌沙等，皆为聚敛能手，故而使政府收入日益增多。因此，得到了忽必烈的赏识。曾给予阿合马以极高的评价，说他是 明天道，察地理，尽人事 的称职的宰相之才。
然而，阿合马敛财、揽权的种种举措，受到来自两个方面的反抗。一方面，是中书省的蒙、汉官员，他们或是因为手中大权被夺，或是因为不能苟同其因敛财而害民的举措。另一方面，则是来自社会下层的、身受其害的广大民众，必欲除之而后快。
时有益都千户王著，对阿合马的敛财害民举措极为痛恨，乃私铸大铜锤一把，准备俟机刺杀阿合马。时又有高和尚，借时人崇尚佛教之俗，谎称身怀 异术 ，而混迹于都城，颇得官吏、百姓的信奉。于是两人经过周密策划，乘忽必烈出巡上京，百官皆随去，而阿合马留守大都之机，于至元十九年三月十七日，声称皇太子真金回京作佛事，要召见阿合马，乃在当天夜间，将阿合马等召至皇宫前。王著等率民众80余人，扮作皇太子及随从，又命留守大都的枢密副使张易派卫兵护送，到宫前将阿合马杀死。同时被杀者，还有阿合马的同党尚书左丞郝祯。
负责皇宫守备任务的官吏高觽、张九思等人感到情况异常，急忙命宫中卫军出击，民众溃散。王著为了不牵连更多百姓，乃挺身而受缚，毫无惧色。
正在察罕脑儿行宫的忽必烈，闻讯大怒。立即回到上都，并命亲信枢密副使孛罗、司徒和礼霍孙等人前往大都，处理王著的叛乱事件。
三月十九日，出逃的高和尚被抓获。二十日，孛罗等人赶到大都。二十一日，乃将组织叛乱的王著、高和尚，以及未能尽职的官吏张易等人斩杀。
王著在临死前大义凛然，高呼： 王著为天下除害，今死矣，异日必有为我书其事者。 京中士庶，皆为其惋惜不已。
阿合马虽然被杀，而民愤未尽除，其党羽又遍布于从中央到地方的各级重要机构中。忽必烈为平民愤，并调和蒙、汉官僚积怨已久的矛盾，遂着手清除阿合马的势力。四月，下令封存了阿合马所掌管的财赋。又任命和礼霍孙为中书右丞相，并除去阿合马之亲信忽都答儿等人的军权，不久公布了阿合马之子忽辛的恶行，将其治罪。五月，又对中央机构加以整顿，将阿合马之党羽数百人，尽行黜免。并籍没阿合马所占有的牲畜。随即正式公布阿合马的各种罪状，剖棺戮尸，以平民愤。
在此后的半年之间，全国政府机构中出现了大变更。阿合马执政时所设官府200余所，除留存必要的30余所外，其余尽行罢除。对阿合马的党羽，除罢官之外，又仿前朝之制，设置 黑簿 ，将他们的姓名登记入册，以彰其罪。又将阿合马的妻子、儿子、女婿、奴婢及财产等，全部没入官府，田地充作屯田。阿合马之势力，消除殆尽，蒙、汉官僚又夺回了自己的权力。
3。平定西北宗王的叛乱忽必烈在与阿里不哥争夺帝位的斗争中获胜后，取得了对漠北大草原的控制权。于是，开始和东、西道诸王相邻。西道诸王早在蒙哥汗即位时，就已和拖雷系结下仇。至忽必烈即位，又多扶助阿里不哥争位，与忽必烈的中原王朝相对抗。其中，又以窝阔台汗之孙海都的反抗最为活跃。是时，他占有窝阔台汗国的大片土地，军力强盛，雄霸一方。
忽必烈为了削弱他的势力，曾派察合台后裔宗王八刺回其汗国，以牵制海都之势力。而八剌回到汗国后，夺得大权，反而不再听从忽必烈的指挥。
忽必烈乃于至元五年(1268年)，首先出兵进击海都。术赤后裔宗王忙哥帖木儿与八刺也乘机进攻海都。此后数年，三汗国之间，时和时战，一度无暇顾及东侵。
至元十二年，忽必烈为了加强对西北地区的控制，再次派皇子那木罕，率诸侄昔里吉(蒙哥汗之子)、脱黑帖木儿等，辅之以宰臣安童，出镇阿力麻里(今新疆霍城西北)。翌年，脱黑帖木儿、昔里吉等相继叛乱，遂囚禁那木罕，安童等人，并进犯岭北。昔里吉攻占吉里吉思等地(今俄罗斯叶尼塞河上游一带)，并将忽必烈所派主持西北政务的五部断事官刘好礼擒获。
至元十四年，昔里吉分兵，一路直攻应昌(今内蒙古阿巴哈纳尔旗东南)，一路越杭海山(今杭爱山)，直侵土兀拉河(今土拉河)一带，其势十分猖獗。
忽必烈得报，急命大将伯颜、土土哈、孛罗欢等出征。双方展开激战，叛军被击溃。其后不久，叛军内部发生分裂，脱黑帖木儿战败被杀。昔里吉战败被擒，送至大都(今北京)，忽必烈将其流放到海南岛，后死在那里。
就在昔里吉、脱黑帖木儿等大举叛乱时，海都乘机进一步扩大自己的势力，向元廷发动进攻，侵占了阿力麻里，兵锋已达天山南北。忽必烈在平定昔里吉等人的叛乱后，命大将刘恩率军反击海都，但却被海都军击退。此时，海都已知昔里吉叛乱失败，于是与元廷讲和，并将囚禁的皇子那木罕等放回。
至元二十三年，海都又和东道诸王相勾结，继续对抗元朝。再次出军进攻驻守在别十八里的元军，并将元军打败，南侵至畏兀儿境，后见元军增援，乃退去。至元二十六年，海都又一次出兵，大败元军于杭海山，并攻战了漠北的政治、军事中心和林(今蒙古共和国哈尔和林)。忽必烈闻讯，决定调集大军，彻底击败叛乱。
海都听说忽必烈要率军亲征，自知不敌，于是急忙退走。不久，元军在玉昔帖木儿、土土哈等大将的指挥下，向海都发动强大的攻势，进占吉利吉思、谦河流域诸处，并打退了海都的反攻，使其受到沉重打击，势力由此日衰，已无力再向元朝发动进攻。西北宗王的叛乱，到至元末年基本上得以平定。
4。平定东北宗王的叛乱自从忽必烈战胜阿里不哥后，开始对西道诸王的叛乱活动予以坚决的镇压。连年交兵，互有胜负。这种做法，对位于元朝东北方的东道诸王来说，则起着一种间接的威胁作用。毫无疑问，东道诸王对西道诸王的处境抱有更多的同情。他们之所以没有很快发动叛乱，主要是忽必烈正着手南下攻灭宋朝的战争，而又要兼顾西北的平叛战争，根本没有时间对东北诸王施加压力。
故而，他们的权益没有受到侵害，当然也不会仅仅因为同情西北诸王，而同强大的元王朝形成军事对抗。
但是，忽必烈在攻灭宋朝后，一旦有了机会，就开始加强对东北地区的控制。对于那些目无元廷法规的东道诸王，也要严加管束。这就必然会触犯诸王的特权。而使其与元廷之间的矛盾迅速激化。至元二十三年(1286年)
二月，为控制东北政局，忽必烈下令设立东京行省，作为元廷在东北地区的最高行政机构，以代替原来设置的山北辽东道、开元路等宣慰司。这一作法，使东道诸王明显感到威胁日渐迫近，一方面，他们通过各种方式，迫使元廷于同年七月将辽阳行省(即东京行省所改名)撤去，复立宣慰司。另一方面，他们开始和西北诸宗王勾结起来，遥相呼应，共约出军对抗元廷，以进一步加强割据势力的实力，甚至不惜推翻忽必烈的统治。
而在东道诸王中，又以帖木格斡赤斤的后裔宗王乃颜的势力最大。他一方面与西北方的海都信使往还，约定联兵以攻元廷。另一方面，则与东道诸王合丹秃鲁干、势都儿等相勾结，于至元二十四年四月公开发动叛乱。忽必烈得报，立即采取了有效的措施。一方面，是派大将伯颜率军出镇和林，以割断乃颜与海都之间的联系，防止他们在漠北联合行动，以免造成更大威胁。
另一方面，是命令东北各宣慰司，严禁其属民与乃颜相来往，以削弱乃颜的势力。然后，组织大军，进讨叛乱。
同年五月，忽必烈由上都亲率大军，征讨叛乱。元军由大将孛罗欢为先锋，玉昔帖木儿为主帅，又以李庭、董士选等所率之精锐汉军作为贴身侍卫。
元军行至撒儿都鲁之地，与乃颜部将塔不带所率叛军相遇，经过激战，将叛军击溃，遂乘胜直捣乃颜的老巢。
乃颜没有料到忽必烈会如此迅速地调集大军，御驾亲征，并且进展神速。
故而，在毫无防备的情况下，就被元军主力所包围。再经激战，乃颜军败被俘，旋遭处死。忽必烈在讨平乃颜叛乱后，于同年十月，重行设立辽阳行省，以加强对东北地区的控制。
翌年春，乃颜余党合丹秃鲁干见忽必烈已经回驾，又勾结宗王火鲁火孙发动叛乱。四月，元廷再次调动大军，由皇孙铁穆耳(即后来的元成宗)率大将土土哈、王昔帖木儿分路进讨。经过激战，叛军败退。元军乘胜直捣合丹秃鲁干的大本营，将其赶到东面的高丽(今朝鲜)境内。东道诸王的叛乱，至此基本上得到平定，元朝政府对东北地区的统治得以巩固。
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参考消息：
史仲文胡晓琳《中国全史百卷本元代政治史》人民出版社1994年版
