蒙古民族入主中原之后，对于各种宗教采取兼容并蓄的政策。虽然蒙古萨满教在蒙古宫廷和民间仍占支配地位，但是佛教、道教、基督教、伊斯兰教等都可以自由传教，僧人、道士、伊斯兰教 答失蛮 、也里可温(基督教)大师同样享受免除赋役的特权。因此，有元一代，各种宗教相互交叉，各民族文化相互冲击、融合，构成了元代的多元文化奇观。所有这些特点，增加了研究元代宗教的难度，再加上元代各种宗教的资料大多散记于史册、蒙、藏文文献和外国人的游记之中，头绪纷繁，查阅费时，致使元代宗教的研究成果如凤毛麟角，更无人对元代的各种宗教作全面的梳理和综合研究。
研究元代宗教，首先要了解蒙古萨满教。因为蒙古人对其他宗教的理解是萨满教化的，而且他们对各种宗教采取兼容并包的态度，与他们信仰的蒙古萨满教的宽容性不无关系。据《一二三八年凤翔长春观公据碑》记载，蒙古皇帝的圣旨规定： 和尚根底寺，也立乔大师(也里可温教，即基督教)，根底胡木剌(指基督教寺院)，先生(专指道士)根底观院，达失蛮(指回教)根底密昔吉(清真寺)，那的每引头儿拜天底人，不得俗人骚扰，不拣甚么差发休交出者。破坏了的房舍、旧的寺观修补者。我每名字里，交祝寿念经者。我每的圣旨不依的，不拣甚么人，断按答奚死罪者。 从以上碑文可以看出，蒙古人将和尚、道士、也里可温大师、伊斯兰教 答失蛮 都看做同 萨满 一样的 引头儿拜天底人.蒙古萨满教产生于母系氏族社会，并且随着氏族公社的解体，由自发性的原始宗教转变为 人为的宗教 ，继而经过漫长的积累和发展，至元代已形成了一整套自成体系的宗教世界观。
有元一代，皇帝祭祖、祭太庙，皇帝驾幸上都等，都以萨满主祭祀。每遇战事，则由萨满进行占卜以断吉凶。人生大事皆询萨满，信之甚切。蒙古萨满教的观念内容已渗透到蒙古民族的价值观念、思维模式、行为方式的深层结构之中，成为蒙古民族传统意识的重要精神支柱。
蒙藏民族关系的开端始于蒙古王子阔端。早在1244年，驻守凉州的阔端就写信邀请西藏佛教萨迦派教主萨班?衮噶坚赞。1246年8月，萨班?衮噶坚赞携带着自己的两个侄子八思巴和恰那多吉抵达凉州。1247年初，阔端与萨班?衮噶坚赞举行了具有历史意义的会见，从此西藏归顺了蒙古，为实现祖国统一大业作出贡献。1260年，忽必烈即大汗位，立即封八思巴为国师，授以玉印，任中原法主，统天下教门。1270年，元世祖忽必烈又将八思巴从国师升为帝师。此后元朝诸帝皆以世祖范例，每帝必封藏僧为帝师。于是帝师之命，与诏敕并行于西土。元代百年之间，朝廷所以敬礼而尊信之者，无所不用其至。虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜。正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于坐隅。且每帝即位之始，降诏褒护，必敕章佩监络珠为字以赐，盖其重之如此。其未至而迎之，则中书大臣驰驿累百骑以往，所过供亿送迎。比至京师，则敕大府假法驾半仗，以为前导，诏省、台、院官以及百司庶府，并服银鼠质孙。用每岁2月8日迎佛，威仪往迓，且命礼部尚书、郎中专督迎接。及其卒而归葬舍利，又命百官出郭祭饯。泰定间，以帝师弟公哥亦思监将至，诏中书省持羊酒郊劳。而其兄琐南藏卜遂尚公主，封白兰王，赐金印，给圆符。其弟子之号司空、司徒、国公，佩金玉印章者，前后相望。有元一代，可谓藏传佛教的鼎盛时期。1360年，藏传佛教噶玛噶举派黑帽系第四世活佛乳必多吉至大都，为元顺帝父子传授 金刚亥母灌顶 ，讲 那绕六法 ，并传 方便道.所谓 方便道 即密宗中之 男女双修.元顺帝父子从此荒淫堕落， 广取妇女，惟淫戏是乐 ， 男女同宫，君臣为谑 ，乃至不理朝政，加速了元朝的灭亡。
蒙古统治者崇尚藏传佛教，汉地佛教亦大受其惠。早在蒙古征金时，成吉思汗就赐予临济宗名僧海云印简 告天人 称号。其后，海云印简受太宗、定宗、宪宗、世祖四代之重用，曾为忽必烈之子摩顶立名，取名 真金 ，开蒙古王子取汉名之先河。海云印简之弟子刘秉忠为元代著名政治家，拜光禄大夫，位太保，参领中书省事，卒后赠太傅，封赵国公，谥 文贞.元成宗时，赠太师，谥 文正.元仁宗时，又进封常山王。曹洞宗的万松行秀极有盛名，时人称他为曹洞宗中兴巨匠。他的弟子耶律楚材曾随成吉思汗西征。成吉思汗卒后，深受窝阔台器重，封为中书令。他极力提倡 以佛治心，以儒治国 ，对蒙古统治者不无影响。
元代汉地佛教以禅宗的临济宗和曹洞宗最为昌盛。临济宗流行于南方，曹洞宗流行于北方。此外，净土宗、天台宗、慈恩宗、华严宗仍继续传播。
由于朝廷的鼓励，潜心研究佛学和讲学著书之风大兴。治学有成而被召至京师或委以重任者不乏其人。
元朝历代皇帝，为自己和家人祈福祝寿，都要广建寺院。据宣政院至元二十八年(1291年)的统计：全国寺院凡24318所，僧尼213148人。寺院在拥有大量土地的同时，还从事商业和工业，经营邸店(商店)、解库(当铺)、商贾舍止(旅店)、酒店、碾硙和矿炭开采业，致使寺院经济空前发展。在商品经济的红尘冲击下，真心修行者少，追求财利者多，促成了元代僧侣的入世化，构成了元代佛教的又一大特征。
元代传统佛教各宗之外，江南还有白莲教、白云宗等教团。
白莲教产生于南宋初年，创始人为吴郡延祥院僧人茅子元。子元自称白莲教导师，坐受众拜，立足于信仰极乐净土，提倡念佛，励行素食。白莲教与民间信仰相融合，初为佛教世俗化教派，逐渐演变为秘密教团。元世祖以来一直把白莲教视作邪教，竭力加以镇压。仁宗时曾一度准许传教，但至英宗时又进行镇压。
白云宗产生于北宋末年，创始人孔清觉。清觉初投龙门山宝应寺出家，后移居灵隐寺白云庵，开创白云宗。他提倡儒佛道三教一致，被传统佛教诸宗视为异端。元朝统一中国后，白云宗受到朝廷的承认和奖掖，专设 白云宗总摄所.成宗即位后，罢白云宗总摄所，严禁此宗流行。武宗即位后，取消禁令。元仁宗延祐七年(1320年)，白云宗再次遭到禁绝。
宋、金、元对峙时期，道教内部发生了重大变革，新的道教宗派纷起。
金大定七年(1167年)，王喆创立全真道。金元之际，又有刘德仁创立的大道教，后称真大道;萧抱珍创立的太一道，均行之于北方。流传于江南的有正一、上清、灵宝三大传统符箓道派，分别以江西龙虎山、江西茅山、江西閤皂山为圣地，故称 三山符箓.入元之后，上清、灵宝皆归并于正一道。
全真道是宋元之际兴起的一个最大的新道派，其创始人是王喆，字知明，号重阳。王喆卒后，其弟子丘处机开创的全真龙门派最为盛行。元光元年(1222年)，元太祖成吉思汗于大雪山接见处机，大悦，礼遇至隆，称他为 神仙 ，命掌管天下道门。入元之后，元廷效法成吉思汗，对全真道极为尊崇，予以自由建宫观、广收徒众的权利，全真道进入全盛时期。全真道曾因侵占佛寺，宣传老子化胡 之说，引起元宪宗八年(1258年)的僧道大辩论，结果全真道失败，宪宗令道士樊志广等削发为僧，诏令全真道归还侵占的寺产，又令焚毁道藏伪经。元世祖至元十八年(1281年)，僧道再次进行辩论，全真道又以失败告终，元世祖忽必烈诏令除《道德经》外，其他道经尽行焚毁，全真道的势力受到进一步的打击和削弱。
流行于北方的太一道和真大道亦得元廷礼遇，元世祖忽必烈赐太一道四祖萧辅道 太一中和仁靖真人 号，赐太一道五祖萧居寿 太一演化贞常真人 号，太一道六祖萧全箓和七祖萧天祐亦皆得元廷所赐真人号。真大道，原名大道教，宪宗皇帝即位后，特降玺书，赐名真大道。真大道嗣教宗主传至五代入元朝，皆得元廷所赐真人号，其前四代亦追赐称号。
流传于江南的正一、上清、灵宝三大传统符箓道派，与北方的全真、真大等清修教派不同，三山符箓道都持符箓念咒作法，更容易得到信仰萨满教的蒙古统治者的信服。忽必烈灭南宋后，遣使召正一道三十六代天师张宗演，特赐玉芙蓉冠、组金无缝服。命主领江南道教，赐银印。次年，封真人。此后，历代嗣位的正一天师，都得元廷认可，封真人号，袭掌江南道教事。元成宗大德八年(1304年)，第三十八代正一天师张与材受封正一教主，主领三山符箓。上清、灵宝派便正式归并于正一道门下。
元代伊斯兰教徒称作 木速蛮 ，亦作 没速鲁蛮 、 铺速满 ，为波斯语musulmān的音译，即阿拉伯语 muslim(穆斯林)。元代汉文文献中通常称为 回回.元朝境内的木速蛮，大部分是蒙古西征以来从中亚、波斯各地所俘的工匠和其他平民，先后签调来的军队，入仕于元朝的官员和学者，以及来中国经商而留居的商人。还有一部分唐宋时期寓居中国的大食、波斯人的后裔。木速蛮移民入居元朝后，仍世代保持伊斯兰教信仰及其制度和习俗。伊斯兰教士 答失蛮 ，与和尚、道士、也里可温大师同享受免除赋役的特权，但规定需是 在寺住坐 ，别无营运产业者。伊斯兰教的礼拜寺，同佛寺、道观一样得到元廷的保护。木速蛮的宗教活动和生活习俗都不受限制。元朝专设 回回哈的所 ，掌管木速蛮的宗教事务及刑名、词讼诸事，使其自治其徒。据至正八年(1348年)中山府《重修礼拜寺记》碑文载，当时 回回之人遍天下 ，近而京城，外而诸路，其寺万余。 在元代木速蛮属色目人，在政治、经济和文化各方面都占有重要的地位。
元朝人通称基督教为 也里可温. 也里可温 一词的语源迄无定论，比较流行的说法认为来自希腊语。ερχwv。元代的也里可温也享受优免差发徭役的特权，但规定 种田入租，贸易输税.当时的大商人中，不少是基督教徒。其他以从政而见于史传者亦不少，任平章政事、领崇福司的爱薛，镇江府路副达鲁花赤马薛里吉思，御史中丞马祖常等都是当时有名的基督教徒。随着元朝的灭亡，基督教一度在中国泯灭。直到明朝后期，才又见有天主教东来的记载。
除伊斯兰教、基督教外，犹太教在元代也得到了进一步传播和发展，使该教继宋代之后在中国再度兴盛。
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参考文献：
史仲文胡晓琳《中国全史百卷本元代宗教史》人民出版社1994年版
