虽然铁木真独自成功地处置了主儿勤氏，而且现在享有独立于王汗的稳固地位，但在处理较重大的事情方面，他仍需要他的保护者的支持。1199年，他们俩联合发动了对西部人数众多但处于分裂状态的乃蛮部的战争。札木合表面上与他的安答和解，跟随他们一道行动，他们对付的是两个乃蛮汗之一不亦鲁黑，他统治着阿尔泰山北坡乞湿泐巴失海子的山地乃蛮部落。乃蛮的抵抗不久即被摧毁，不亦鲁黑向北逃到叶尼塞河上游。
平地乃蛮部的统治者为太阳汗，他早先拒绝帮助他的兄弟与对手不亦鲁黑，现在却感到了威胁，并过迟地调集援军去抵挡蒙古与克烈军队的进一步入侵。胜利者们在凯旋的路上，于杭爱岭南山脚的一条河巴亦答剌黑，与新的乃蛮先遣部队遭遇。由于双方部队相遇时天色已是黄昏，战斗被迫推迟到第二天早晨进行。如果《秘史》记载可靠的话，札木合仍然暗地里对他的安答怀有忌心，他狡诈地劝说意志软弱的王汗抛弃铁木真，让后者单独面对乃蛮部队。夜幕降临时，克烈人悄悄离去，只是在天亮时，他们的背叛行为才被发现。然而，阴谋者们的计划并没有得逞，乃蛮援军并没有像他们所预料的那样去进攻铁木真，而是乘正在退却的克烈首领不注意，向他们发起了进攻。被札木合所抛弃并受到痛击的王汗不得不向他刚刚背叛过的同伴要求帮助。铁木真派兵援助，成功地把王汗从困境中解救出来。后者自然对他的援救者非常感激，并请求原谅。铁木真令人费解地接受了他的道歉，恢复了克烈的财产和部众，以后双方停止了纷争。
对乃蛮作战之后，铁木真与他的老对手，脱黑脱阿率领的蔑儿乞人进行了一次短暂的、非决定性的战斗，然后即将注意力转向泰赤乌人。1200年，蒙古领袖在王汗的帮助下，进攻了沿鄂嫩河畔的他的近亲，使他们遭受了巨大损失。他们落到蒙古人手中的首领们立即被处死，剩下来的主要是妇女和儿童，铁木真把他们分给了他的追随者们。
面对铁木真的不断胜利，又成为公开敌人的札木合，组织了一个以他为首的对立同盟。1201年，在鄂尔浑河，12个部落的联盟授予札木合古儿汗(众汗之汗)的称号。这些部落包括札答阑、蔑儿乞、乃蛮、斡亦剌和泰赤乌的残部。札木合计划立刻发动进攻。铁木真得知他的企图后，与他的不太可靠的老盟友王汗一同去迎战他的对手。随后的战斗在一次遮眼的暴风雨中沿克鲁伦河展开。在这次战役中，蒙古首领发动了一次决定性的和及时破坏性的进攻，瓦解了由乃蛮不亦鲁黑汗指挥的对方先头部队。等到札木合与他的部队赶到战场时，铁木真胜局已定。看到局势已无法挽回，札木合转而进攻他的被击败并陷入了混乱的同盟军，劫掠了他们，然后向鄂尔浑河逃窜。王汗追赶反复无常的札答阑部，铁木真则集中力量尾追和消灭泰赤乌残部。战斗最后沿土拉河展开。虽然铁木真在战役中身负重伤，但他仍指挥军队取得了辉煌胜利。泰赤乌人又一次被击败，他们的领导成员被有计划地根除，泰赤乌部最终被消灭。
1201年到1202年的冬天，铁木真安心于休整部队以预备与可恨的塔塔儿人作最后摊牌。在战斗的前夜，他向军队发出明确指令，严厉地提醒他们，他们的首要任务是杀死塔塔儿人，而不是取得战利品，任何人在战斗结束前被发现有抢劫行为的，将遭受严厉的惩罚。这次进攻发生在1202年的秋天，沿喀尔喀河的塔塔儿人遭到致命的失败。幸存者被赶到一起关起来，而后被毫不留情地杀死。只有妇女和儿童得到幸免。又一个旧恨得到雪耻：也速该的仇报了，他的儿子现在已成为东部蒙古的主人。
铁木真名望和权力的迅速崛起需要重新调整他和王汗之间的关系。克烈部一旦正确地了解到形势的变化，就最终意识到蒙古首领不再是自己的附庸，而是一个单靠自身意愿就能实现长远目标的平等地位的人。王汗不愿意与他以前保护的人决战，宁愿寻求妥协。应王汗的要求，铁木真与他在1203年初在土兀剌河(今土拉河)河畔举行庄严的仪式，重申父子之盟。为使铁木真作为义子的地位正式化，王汗提议让这位蒙古首领作为他的法定继承人。这样，老王汗可以在平静与荣耀中度过剩下的日子，而他的野心勃勃的“儿子”也可及时地继承中部蒙古部众的所有权。
铁木真当即答应下来，但毫不奇怪，这项提议引起了王汗的亲生儿子与原定继承人桑昆的妒忌。后者试图劝阻他父亲把协议最后定下来，而且吵闹着反对把他的妹妹察兀儿别乞嫁给铁木真的长子术赤这一早已定下来的协议。当桑昆的最初规劝遭到父亲的断然拒绝后，他即陷于无处不在的札木合的影响之下。札木合怂恿桑昆按照他自己的利益去保证他合法的继承权。桑昆认定铁木真必须要被除掉，但没有他父亲的同意，他对采取行动犹豫不决。因此，他在这一问题上力劝他那非常优柔寡断的父亲，直到为此厌倦了的父亲让步，至少暂且同意了儿子提出的杀死野心勃勃的蒙古首领的建议为止。随后，桑昆将其计划付诸实施。1203年春天，他宣布不再反对他妹妹嫁给术赤，以引诱铁木真参加庆祝筵席。在那儿，他图谋杀死他讨厌的新“兄弟”。然而，铁木真在去参加庆祝筵席的路上获知了这一阴谋，并在桑昆的阴谋得逞之前就逃脱了。
此处这些事件的前后顺序，就各种原始资料而言，有些混乱，但似乎有理由重新整理为以下的样子。得到谋害他性命的消息后，铁木真和一些追随者躲避到喀尔喀河南面的班朱尼(不同的记载为河或湖)。虽然追捕他们的克烈人力量占绝对优势，但铁木真的部下从来没有动摇过。被他们的忠诚所感动，铁木真喝了班朱尼的脏水，发誓永远记住他们的坚定与忠诚。他们从那儿移向邻近的合剌合勒只惕沙地，在那儿得到数支蒙古部队的支援后，铁木真向克烈军队开战。蒙古人虽然有望获胜，但死伤严重。也许是仍然占劣势的缘故，他们沿着喀尔喀河支流撤退。铁木真在蒙古东北地区度过了夏天，寻求新的兵员，重新集结力量并且与他指责为背信弃义的对手们进行了谈判。在秋天，他返回了西部地区，在鄂嫩河与克鲁伦河之间建立营盘，并准备与克烈部进行决战。他奇袭了看起来正驻营于南部巴颜乌拉地区某处的敌人，经过三天的会战，彻底击败了他们。王汗逃跑了，后来死于乃蛮人之手。他的整个部众被征服并被分配给胜利的军队。
掌握了中部蒙古，即以前克烈部的领地，铁木真即控制了战略要地鄂尔浑河河谷，这给他的军队提供了通往鄂尔多斯沙漠和中原以及经阿尔泰到准噶尔地区、并进而向通往西部欧亚草原移民与入侵路线的捷径。蒙古对王汗前领地的占领也意味着在乃蛮的东部边界形成了一个新的危险邻居。乃蛮太阳汗感到了威胁，提议与汪古部联盟，希望吸引后者夹击蒙古人。然而，汪古部首领阿剌兀思剔吉忽里识时务地拒绝了他并很快将乃蛮的意图通知了铁木真。
尽管铁木真的一些顾问产生过犹豫，但他仍坚持与乃蛮开战，并着手按照十进位制，即按照十、百、千人的单位来组织军队，以迎接即将来临的战斗。在1204年5月，经过适当的萨满仪式祭旗(tugb，秃黑)之后，蒙古军队开往西面与乃蛮开战。两军在阿尔泰山的南坡遭遇。乃蛮人和他们的同盟者——蔑儿乞人和斡亦剌人，以及札木合与他的札答阑人——遭到了决定性失败，蒙古人给其将士们增加了许多新的战利品。
太阳汗在战斗中阵亡，但似乎总是在决战前夜抛弃盟友的札木合，这一次又故伎重演并暂时逃脱了追捕。他依然逍遥自在，在草原上游荡了好几个月，才被他的几个追随者出卖并带给铁木真。经过亲自询问札木合行为与态度后，蒙古首领把他的安答又是背叛者札木合处死了。——费正清《剑桥中国辽宋夏金元史》
