清代专制主义中央集权制度发展到康熙、雍正、乾隆时期，呈现日益强化的趋势。中央中枢机构的权力逐渐高度集中，君主皇权进一步加强。
康熙时期，议政王大臣会议和内阁既为皇上效劳，遵循帝旨，处理各事，又在一定程度上对皇权起了一些限制作用。国家重要的军政大事，仍经皇帝批令议政王大臣会议，“每朝期坐中左门外会议，如坐朝仪”。参加议政王大臣会议的满洲王公贵族，由于其地位较高，皇帝有时也不得不尊重他们的意见。皇帝为了集中权力，于康熙末年，派诸皇子管理八旗事物。这样就将旗主的权力接管了过来，直接控制了八旗。而随着八旗王公旗主势力的削弱，议政王大臣会议也日益趋于衰落。
清代内阁正式设置于顺治十五年(1658)，由原内三院改称。玄烨冲年践位，鳌拜等四大臣辅政时期，曾废内阁，恢复内三院。玄烨亲政除鳖拜之后，于康熙九年(1670 年)又恢复了内阁制度，自此，内阁制度一直延续到清末。内阁有大学士、协办大学士、学士、侍读学士、中书等官员。大学士加三殿(保和殿、文华殿、武英殿)、三阁(体仁阁、文渊阁、东阁)名称。大学士，协办大学士，满、汉皆用，无定员。内阁是清代辅佐皇帝处理国家政务的中枢机关之一，居六部之上，地位崇高。但是，即使在康熙时期，内阁作为一个中枢机构，虽地位崇高，其实际权力仍受到多方的限制。首先，奏折制度削夺了内阁的部分权力。清初，无论是官员报告公务的题本，还是报告个人私事的奏本都必须经过内阁票拟，才能送到皇帝手中，这样，内阁的意见就会对皇帝发生一定的影响。康熙中期较大范围内推行避开内阁的奏折制度。即凡有奏折权的官员，由皇帝发给折匣，匣上加锁，钥匙由皇帝和官员各执一把。官员具奏时，派人直接送达御前，皇帝览阅批示之后，又派专人将折匣送回。这样完全避开了内阁的牵制。其次是南书房的设置，又分割了内阁的一部分权力。所以内阁当时实际上只是一个承旨出政的中央最高办事机构。
康熙十六年(1677)十月，玄烨在皇宫内乾清门右阶下设置了南书房，在翰林等官员中“择词臣才品兼优者”入值。入值者称“南书房行走”，除陪伴皇帝赋诗填词、写字作画外，还秉承皇帝的意旨起草诏令，“撰述谕旨”，内阁只办理例行事务，实际上是将内阁的部分权力移植到南书房。由于南书房“非崇班贵胄、上所亲信者不得入”，所以南书房完全是皇帝严密控制的一个机要机构，随时承旨出诏行令。但国家大政仍属内阁，皇帝以南书房和内阁互相牵制，互为补充，使皇权得到充分的发挥。
从雍正时期开始，专制主义中央集权程度又进一步大大提高，就有清一代来说，雍正的君主权力可以说达到登峰造极的地步。
雍正年间，由于连年对西北准噶尔部用兵，往返军报频繁，而内阁办公地点在太和门外，距内廷较远，既不便于保守军事机密，又不便于皇帝亲授机宜，于是在雍正七年(1729)六月，于皇帝住处隆宗门附近，设立了军机房。雍正十年(1732)三月，军机房改称军机处(全称：处理军机事务处)。军机处初设时，就是为了“筹办军务”，即处理军务机要，所以既无正式衙署，只有“值庐”(临时性的简陋办公处所)，亦无专职官员，都是“内廷差使”。当时在军机处入值的军机大臣、军机章京，都是带原官衔兼在军机处处理事务。这个原属临时性的军事机构，在完成其历史使命之后，本应裁撤，但因为这个机构有利于专制皇权的发挥，不但未予裁撤，反而权力不断扩大，以致成为凌驾于内阁和议政王大臣会议之上的最高权力中枢。这样，内而六部卿寺，及九门提督，内务府太监之敬事房，外而十八省，无事不综汇，“军国大计，罔不总揽”。直至光绪二十七年(1901)，另设督办政务处，方略分其职。至宣统三年(1911)改设责任内阁时，军机处方废止，前后执政180 多年。
军机处之所以能由“筹办军务”的临时机构，转而成为执掌军国大计的常设机构，完全是为适应专制主义中央集权统治的需要。军机处地处内廷，便于宣召，皇帝意旨能迅速贯彻执行，并具有严格的保密性，即使王公大臣，没有皇帝特旨，也不准到军机处值房。甚至其帘前窗外、阶下，均不许闲人窥视。皇帝召见军机大臣，连太监也不许在侧。军机处有官无吏，全部工作由军机大臣主持，军机章京办理，职官简练，“办事较为密速”，效率高。军机大臣由皇帝在满汉大学士、尚书、侍郎、京堂等官内特简，然后应召入值。军机章京由军机大臣在内阁中书及六部司员中挑选优长文笔者传取任用，人数无定额，且属兼差。尽管地位显赫，但若皇帝不满意，随意可以斥罢回原衙门，完全是听命于皇帝的附庸。军机处扩大以后，具体职掌主要有六：一是撰拟谕旨和处理奏折;二为议大政，议后提出应因、应革、应止、应行等处理意见，奏报皇帝裁夺;三系谳大狱，参与重大案件审拟;四乃参与重要官员的任免和考试;五是随侍皇帝出巡，奉旨出京查办事件;六系为皇帝准备处理政事的参考资料。权力所及，均系朝廷军政大计。
尽管军机处权力很大，但时刻处于皇帝的严密监视之下，为了不使“大权旁落”，削弱皇权，从雍正开始，又采取一系列限制办法，以掣其权，从而保证皇帝“乾纲独揽”，皇帝不交办的事务，军机处无权过问。即使交办的事务，也只是遵照皇帝意旨协助处理，“而不能稍有赞画于其间也”。
军机处设置以后，皇帝之下的中枢权力，随着军机处权力的扩大而逐渐发生转移。首先，议政王大臣会议的权力进一步削弱。雍正时期，为了使旗人“只知有君主，不知有管主”，继续推行康熙末年开始的削弱八旗王公旗主权力的政策，对旗主实行严格的监督。军国大计已不交议政王大臣会议讨论，议政王大臣也只是一个虚衔，既无应办之事，又无处置之权，殊属有名无实，乾隆帝弘历便于乾隆五十六年(1791)十月，下令取消议政大臣名称。其次，雍正、乾隆时期内阁的权力，亦受到极大的限制。尽管雍正时将大学士的品位提升为正一品，内阁大学士成为皇帝之下的最高官员，犹如列朝的丞相，“勋高位极”，“品列皆首文班”，但如不入军机处兼任军机大臣，就唯有空名，并无多大实权。因为军机处权力扩大以后，内阁被排斥于机密政务之外，军机处撰拟的谕旨诏令，不经过内阁，而直接由军机处密封，经驿马递送给各地方督抚，称为“廷寄”，直接交给中央各部院的称为“交片”，各地方的奏折也不经内阁而直接交军机处。特别是乾隆十三年(1748)以后，停止使用奏本，奏折与题本成为两种并行的上行文书。中央和地方官员往往先用奏折向皇帝密报机密事物，而题本只报告一般例行公事。这样，主管题本的内阁，所处理的只是通过题本上行下达的一般例行公事，其实际权力大大削弱。
这样一来，军机处就把议政王大臣会议和内阁的职权集于一身，直接听命于皇帝，皇权得到高度的发挥，也在一定程度上简化了办事手续，提高了行政效率。
此外，清朝为了加强对少数民族，特别是对蒙古族、藏族、回族地区的统治，在朝廷设置理藩院，专管“外藩”事务，其地位与六部相当。雍正元年(1723)以后，以满洲王公、大学士兼理院事。
中央中枢机构的权力高度集中，皇帝在任用官员方面也别具一格。一方面在中央机构中实行“满汉复职制度”，如在内阁，规定大学士、协办大学士满汉皆用;在六部，规定尚书满汉各一员，左右侍郎满汉各一员。另一方面，让满族官员处于掌实权的核心地位，虽然满汉官员同任一职，决定权却往往掌握在满洲贵族手中，军机处的领班军机大臣，一般大多是满洲贵族。至于议政王大臣会议，清一色的全部是满洲贵族所组成。再从中央中枢机构高级官员的人数上看，也是旗人占优势。据统计，从顺治三年到光绪二十年(1646——1894)，内阁和六部的官员中，从大学士、尚书、侍郎、员外郎、主事，旗人任职的约占400 名，而汉人任职的只有160 余名。这些都表明，清朝统治者不仅高度集中权力，同时将核心权力交由满洲贵族执掌，并利用满洲贵族监视汉族官员，从而达到“乾纲独揽”。
常设督抚编制保甲清代地方机构设省、道、府(州、厅)、县(州、厅)四级。行省(简称省)是地方最高一级行政组织，每一省或二省、三省设总督一人，总督是地方最高长官，俗称制台。总督掌管所统辖地区的文武、军民，总理戎政，戍守疆土。道、府副将以下官员都由总督向朝廷奏请升迁和罢黜，并有对外交涉之权。每省另设巡抚一人，是一省地方政务的长官，主管考核地方官员、督理粮饷、关税、漕政、督察科举考试和兼理军事。总督和巡抚在明朝中后期初设时是属临时派遣性的，清朝固定为常设官员。督抚同属统辖一方的封疆大吏。总督例兼兵部尚书及都察院右都御史，为从一品官，巡抚亦例兼兵部侍郎和都察院右副都御史，衔为正二品官，均以军职而兼民政，监察地方。清代在鸦片战争前设总督8 个，即直隶总督(管辖今河北及内蒙一部分)、两江总督(江苏、安徽、江西)、闽浙总督(福建、浙江、台湾)、湖广(湖南湖北)总督、云贵总督、两广总督(广东、广西、海南岛)。分任各省的巡抚18 个，即江苏、江西、安徽、山东、山西、河南、福建、浙江、湖南、陕西、广东、广西、云南、贵州、湖北、四川、直隶、甘肃，其中直隶、甘肃、四川等省由总督兼巡抚。督抚是清朝在地方实行统治的支柱，所以清朝统治者历来选派亲信充任，以便加强对地方权力的控制，是皇权在地方上的代表。总督和巡抚一般多用满人和汉军旗人。康熙时，一般汉人任督抚的“十无二三”。乾隆时，巡抚满汉各半，而总督仍多用满人。后来，也有汉人充任总督，巡抚中汉人的比重也逐渐增加。为了对总督和巡抚的权力加以限制，并使其互相牵制，有时一省既设总督，又置巡抚，督抚同住一城，督抚事权交叉，而统一于中央。每省督抚之下设布政使和按察使，分别管理行政和司法。
此外，清代还有相当于省一级的特别行政区，一是新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地区，一是京畿地区和盛京地区。清代在新疆、西藏、青海、外蒙古、东北等地设有驻戍将军、办事大臣、参赞大臣、领队大臣、帮办大臣等官员，署理所辖地区军政事务。盛京地区是清皇朝祖宗发祥之地，京畿地环卫皇城，所以亦设置特殊地方政权。清入关以后，把盛京作为“留都”，并于盛京地方设辽阳府，顺治十四年(1657)改为奉天府，设府尹一人，掌管盛京地方政事。乾隆二十七年(1762)规定由盛京将军节制。乾隆三十年(1765)又实行军民分治，府尹亦由盛京六部特简大臣兼任。京畿地区设顺天府，管辖京师及附近州县，掌京畿地区政事。雍正元年(1723)以后，由六部尚书、侍郎内特简大臣一人兼管府尹事。奉天、顺天两府府尹可直接向皇帝奏事，其地位相当于各省的巡抚。
省之下设道、府(州、厅)、县(州、厅)，由道员、知府、知县执掌政事。知府以下官员多用汉人。地方基层政权实行保甲制度，是清代巩固统治的又一重要措施。
清初即实行保甲制度，乾隆二十二年(1757)正式颁布的保甲法规定：每十户为一牌，设牌头。十牌为一甲，设甲长。十甲为一保，设保长。牌头和保甲长均由地主衿绅及望族的族长担当，以监视管辖区内的人民的活动和人口流动情况。每户的户主姓名、职业以及丁男口数都一律写在“纸牌”上，“出外注明所往，入则注明其来”。其目的在于“弭盗”。保甲制不仅推行于内地农村，各城市镇草墟以及偏远山区、少数民族居住区都一律编制保甲。严密的保甲组织密布全国城乡，广泛地控制着社会生活的各个方面，起着巩固清王朝统治基础的作用。
广开科举屡兴文狱为了加强思想领域的控制，清朝统治者采取怀柔和镇压的两手政策。一方面采取笼络手段，用科举考试办法网罗地主阶级知识分子;另一方面大兴文字狱，残酷镇压具有反清思想的汉族地主阶级知识分子。
清初在未统一全国以前，即已采取科举办法，考选秀才、举人。顺治年间科举制度基本定型。全国统一以后，于康熙初年在全国范围内推行。清代科举制度基本上沿袭明代。清代科举，大致为四级，即童试、乡试、会试、殿试。尚未取得生员资格者都叫童生，童生经过县试、府试、院试，统称为童试，童试考中的叫秀才。举人可参加每三年在京城由礼部主持的会试，会试考中的叫进士。然后皇帝在殿廷对会试考中的进士进行考试，叫做殿试。殿试中式者分为三甲：一甲取三人，状元、榜眼、探花，赐进士及第，状元授翰林院修撰，榜眼、探花授翰林院编修;二甲取若干人，赐进士出身;三甲亦取若干人，赐同进士出身。殿试中试者，除一甲三人外，还须进行一次朝考，试毕分别授职。考中者授翰林院庶吉士，再入院读书，然后取得高官厚禄。未中者分别用为主事、中书、知县等。清代科举八股文仍占重要地位，八股格式更加机械化，形式死板，内容空泛。四六骈体的殿试策，颂联套语，千篇一律，竟成了登上仕途的主要手段，实际上是束缚知识分子思想的桎梏。清初，对于满洲、蒙古八旗子弟采取另外一种类似科举的特殊考试，即在试题内容上只有汉文译成满文和蒙古文，称为“翻译科”，录取分满、汉两榜。雍正开始，满汉一体考试，录取时同榜张贴。除正常进行的四级考试外，有时奉“特旨”，举行特殊考试，称为“特科”，如“博学鸿儒科”、“经济特科”、“孝廉方正科”、“恩科”等。康熙十七年(1678)，曾开“博学鸿儒科”，由在京三品以上大臣，在外各地督抚，保荐有一定才学和声望的知识分子，直接进行殿试，只考诗赋，不考八股，一经录取，即授翰林院官职。这一次“特科”，罗致了汉族知识分子中的“名儒”如朱彝尊、汤斌、毛奇龄等143 人。其中50 人分别授侍读、侍讲、编修、检讨等职。有清一代统治者对科举考试极为重视，曾经颁布严格的《科场条例》，但考场作弊、士子贿赂、主考舞弊的案件仍接连不断。清代的科学制度一直延续到光绪三十一年(1905)，才由清廷下令废止。至此，自隋唐以来一直作为封建统治选拔人才的主要办法的科举制度才结束其历史使命。
