清入关以前，于崇德四年(1639)曾派专使入藏联系。崇德七年(1642)，西藏各教派首领派遣伊拉古克三等专使到盛京朝贡。同年，和硕特蒙古顾实汗杀藏巴汗，尊五世达赖喇嘛罗桑嘉错为宗教领袖，控制了西藏地方的权力，后又于顺治二年(1645)，赠四世班禅罗桑却吉坚赞以“班禅博克多”的尊号，以分割五世达赖喇嘛的权力，巩固其在西藏的统治地位。
清入关定都北京以后，清廷进一步加强与西藏的联系。顺治八年(1653)，顺治皇帝派恰噶喇嘛、嘉饶喇嘛入藏，问候达赖和班禅，并邀请五世达赖喇嘛到北京会晤。顺治九年(1654)，顺治帝在太和殿设宴为达赖洗尘。翌年，五世达赖喇嘛返藏，顺治帝又在南苑设宴为之饯行，册封五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普遍瓦赤喇恒喇达赖喇嘛”，册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”。明确了五世达赖喇嘛的宗教领袖地位和承认顾实汗对西藏地方的统治。
准噶尔部的侵扰，结束了长期以来清廷依靠和硕特蒙古统治西藏的局面，清廷开始着手重新组建西藏地方政权。采取噶伦共同掌政制度，即由清廷委任五人为噶伦(开始时四人)，其中一人为首席噶伦，一总西藏地方政务。乾隆十五年(1750)，清廷下令废藏王，建立噶厦(发令机关)，于驻藏大臣和达赖喇嘛之下，设四噶伦(三俗一僧)分理政务。四噶伦地位平等，互不统属。自此，达赖喇嘛由西藏地方的宗教领袖转而成为政治领袖。这样，西藏的噶厦即成“政教合一”的地方政权，隶属于清帝。与此同时，提高驻藏大臣的地位和扩大驻藏大臣的职权。
乾隆五十六年(1791)，又发生了廓尔喀人(尼泊尔的一个民族)入侵西藏事件。廓尔喀为了达到扩张其势力的目的，借口边境税收纠纷，大举入侵，掠夺后藏，残杀藏民。八世达赖喇嘛和七世班禅报请清廷发兵。乾隆帝即派大将军福康安率领由满、汉、蒙、藏等各民族人组成的军队一万七千人入藏，在藏族人民的支援下，乾隆五十七年(1792)五月，即将廓尔喀人全部逐出西藏，迫使廓尔喀“军前乞降”，永不再犯。
廓尔喀军能很快深入后藏地区，充分暴露西藏噶厦地方政权的弱点和弊端，官吏贪污舞弊，兵备废弛，若不改弦更张，西藏政局就不能安定。乾隆帝命福康安等会同西藏各方人士，筹议西藏善后章程。经过先后多次会奏，最后经清帝批准，于乾隆五十八年(1793) 正式颁布《钦定藏内善后章程》。《章程》第一条首先明确规定：“驻藏大臣督办藏内事务。”地位与达赖喇嘛、班禅平等，噶伦以下官员尽为驻藏大臣属员，事无大小，均应禀告驻藏大臣办理。特别是清廷接受了以往为达赖喇嘛呼毕勒罕(化身)纷争不已的教训，创设了“金瓶掣签”制度，即在达赖喇嘛的化身出世之后，将西藏各地报出的呼毕勒罕，由驻藏大臣将姓名、出生年月日，用满、汉、藏文缮写在牙签上，投入“金奔巴”(即金瓶)瓶中，然后由驻藏大臣亲自用象牙筷子从中取出一根，以此认定继承达赖喇嘛的灵童，然后在驻藏大臣主持下举行坐床典礼。由此，明确规定了达赖喇嘛和班禅转世，必须由驻藏大臣亲临并履行“金瓶掣签”手续。此外，又规定西藏地方上起噶伦下至营官的所有大小官员，一律由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选，分别奏补拣放。并对官位的品级、铨选亦作了详细规定。
驻藏大臣对于西藏的3000 名藏军，负有督察、校阅等责任，藏军的大小军官均由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣放，经过考验，有权升擢和斥革。另外派绿旗兵一千名驻藏。驻藏大臣每年春伙两季定期巡边，并派人沿边设鄂博(用石块堆砌以作定界)。
西藏的外交大权一律集中于驻藏大臣。达赖喇嘛和班禅与邻国的来往书信，必须交驻藏大臣阅视，回信必须由驻藏大臣代为酌定，邻国侨商入藏，必须持有驻藏大臣颁发的执照。
此外，驻藏大臣对西藏的宗教事务、司法案件，均有管理和核定之权。
对于西藏的财政亦有“稽查总核”之权。总之，驻藏大臣作为清朝中央政府的代表，在西藏地方行使全面的统治权力。《章程》还规定，西藏地方的赋税和财政收入，一律归西藏地方支用。驻藏军队的费用及西藏地方主要官吏的俸禄一律由中央政府支出。在西藏地方设铸钱局铸造银币，统一货币的成色和折算比价。对内对外贸易，统一税收标准，设卡查验。
《章程》进一步以文字的形式肯定了西藏地方与清朝中央政府早就开始的隶属关系，具有法律条文的性质。《章程》的制定，对于进一步加强清朝中央政府对西藏的统治，对于稳定西藏的政局，以及维护多民族国家的统一，都有很大的积极意义。
改土归流“改土归流”，就是废除西南各少数民族地区的土司制度，改由中央政府委派流官直接进行统治，实行和内地相同的地方行政制度。流官的任免、升迁、调遣均由中央政府决定，不能世袭。明代已经在西南地区部分地施行“改土归流”，但大规模地在西南地区推行“改土归流”，是在清代雍正年间。
我国西南地区历来为少数民族聚居地区，苗、彝、瑶、壮、白等兄弟民族分布在贵州、云南、广西、四川和湖南等地。由于地处边陲，交通不便，经济文化较为落后，所以元明时期中央王朝对这一地区推行一种特殊的地方行政制度，即土司制度，也就是由中央政府指定当地少数民族的部族首领充任少数民族聚居区的各级官吏，史称土司和土官。土司有宣慰司、宣抚司、安抚司等官爵名号，虽是皇帝封赐，但实际上具有浓厚的割据性，官位实行世袭制。土官是按照汉族的地方行政制度设立府、州、县，并委派少数民族的首领担任土知府、土知州、土知县。土官虽由朝廷委任，但和土司一样，亦割据一方，世代世袭。初设土司、土官，以统治少数民族，曾在一定程度上起到维护中央王朝在这些地区统治的作用。但随着土司制度的发展，土司的势力越来越大，终成尾大不掉之势，这些少数民族的上层首领或不听中央号令，或阳奉阴违，或发动叛乱对抗朝廷，他们极力维护落后的旧制度，名为朝廷命官，实际是割据一方的土皇帝。地处边隅的土司，更是“无事近患腹心，有事远通外国”。他们自恃拥有辖地广阔的世袭领地和大批骄兵悍将，根本不愿受朝廷的约束，代表了分裂割据势力，阻碍了少数民族地区社会政治、经济、文化的发展，日益成为多民族国家统一的障碍。清初土司叛乱屡有发生。
雍正四年(1726)，云贵总督鄂尔泰奏请改土归流，胤禛即委派鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督，办理西南地区的改土归流事宜。自此，清廷即在云南、贵州、广西、四川、湖南等地大力推行改土归流，废除土司，按照内地的府、州、县行政制度，委派非世袭的流官进行统治。军事上解除了土司的土兵，清廷另派军队到土司原来的管辖区进行驻扎。经济上由中央政府统一丈量土地，然后制定统一的税收标准。
清代的改土归流，始于康熙朝，盛于雍正朝，收于乾隆朝。雍正四年到雍正十三年(1726—1735)，是清廷在西南地区实行大规模改土归流的集中时期。清廷实行改土归流的目的，是为了强化其在西南少数民族地区的统治。改土归流之后，清廷在西南地区实行保甲制度，凡遇有事，“逐村清理、逐户稽查”，加强了封建地主阶级专政。在实施改土归流的过程中，使用了武力进剿的手段，曾使少数民族地区的人民蒙受很大的战争灾难，许多无辜的人民遭到清军的杀戮，生产遭到严重的破坏。此外，由于清廷完全从有利于其统治目的出发，因此，改流并不彻底。清廷在云南、贵州、四川裁去土司的“土官”称号，取消其权力的同时，继续授予“土舍”、“土弁”等名目，以此作为封建基层统治的工具以及中央委派来的流官的助手。个别地区甚至又设新土司，四川就曾新设安抚司11 个、宣慰司1 个。这就使得土司制度的残余得以长期保存下来。加之，清代吏治败坏，许多流官贪婪成性，到任以后，大肆盘剥西南少数民族人民。所以，改流以后，许多地方残破落后的局面并没有很大变化。
但是，作为西南地区政权体制上的一次改革，改土归流的历史作用仍然是应当肯定的。首先，改土归流有利于多民族国家的统一，有利于多民族国家内部的经济、文化的交流，从而部分地消灭了长期以来存在土司政权的割据状态，稳定了西南地区的政局。其次，改土归流在某种程度上调整了生产关系，促进了西南少数民族地区社会经济的发展。过去那种刀耕火种、与世隔绝的状况，由于汉族地区先进的生产技术、耕作技术、优良的作物品种传到了西南地区，对闭塞落后的西南地区的农业发展起了促进作用。再次，改土归流后，由于政权体制的一致，有利于兄弟民族之间的渗透和交融，对于中华民族大家庭的巩固和发展起了积极的作用。
蒙区尽隶清帝对北方的蒙古族，清廷早在入关前后就与其建立了密切的关系。康、雍、乾时期，清廷与蒙古族的关系进一步发展。康熙年间，为了团结北方的蒙古族，清朝于康熙二十年(1681)，在喀喇沁、翁牛特、敖汉、克什克腾、巴林等部蒙古王公敬献牧场后，正式设置了清朝最大的围场——木兰围场。后来避暑山庄和外八庙相继建成后，每年夏秋之际，清朝皇帝即带领宗室亲王、文武百官以及蒙吉王公、漠南蒙古内札萨克49 旗，漠北喀尔喀和漠西四卫拉特，以及青海蒙古等部札萨克，不下百余旗，到木兰围场狩猎，史称“木兰秋狝”。蒙古各部汗贝勒台吉都要向清朝皇帝敬献“九白”“三贡”和进家宴。行围后，清朝皇帝要向扈从行围的蒙古王公贵族和官兵赉宴，并赏赐金银、绸缎以及弓矢、鞍马等物品。通过行围狩猎，进一步加强了清廷与蒙古各部上层人物之间的关系，密切了蒙古族之间的关系。自康熙二十年到乾隆六十年(1681—1795)，康熙帝玄烨、乾隆帝弘历共北巡101 次，其中木兰行围89 次。木兰秋狝既训练了八旗军队，又结好北方蒙古各部。
康熙三十年(1691)，康熙帝“以喀尔喀所附数十万众，必训以法度，俾知礼仪，特命行会阅礼于上都多伦诺尔之地”。四月三十日，玄烨亲率上三旗和古北口绿营官兵溯滦河而上，下五旗官兵出独石口，齐集于多伦诺尔。多伦诺尔在木兰围场西北，南距北京800 里，向来是内外蒙古朝觐必经之地。会盟前，喀尔喀三部蒙古和内蒙古49 旗王公、台吉齐聚多伦诺尔百里之外。五月二日，玄烨在多伦诺尔行营前临时设置的帐殿召见了各部蒙古贵族。首先调解喀尔喀蒙古土谢图汗和札萨克图汗两部的矛盾，使他们“尽释旧怨”。随后，列仪仗，置乐队，由理藩院官员导引喀尔喀蒙古贵族列于右，内蒙古49 旗王公列于左，谒见康熙帝，并“演舞奏乐”，康熙帝与内外蒙古王公贵族一起饮宴欢聚。之后，康熙帝再次召见喀尔喀蒙古土谢图汗等35 名贵族，以“赐宴”的形式举行会盟。根据喀尔喀蒙古贵族的请求，康熙帝宣布“将尔等与朕四十九旗一例编设，旗号亦与四十九旗同”，将喀尔喀蒙古分为34 旗，并废弃旧的汗号，而一一封以新汗和亲王、郡王、贝勒、贝子、公、台吉等爵位，于旗下设参领、佐领，建立了与49 旗相同的制度。五月四日，康熙帝在多伦草原上举行盛大的阅兵典礼，亲御甲胄，乘马检阅多民族国家军队的声威。多伦会盟结束了内外蒙古长期的纷争，加强了清朝对内外蒙古的统治。
其次，清朝统治者为了进一步联合和控制蒙古族中的上层人物，采取联姻的办法，藉以化干戈为玉帛。清代自努尔哈赤开始，就十分重视与蒙古各部联姻，迎蒙古王公之女进宫，结为秦晋之好。皇太极的孝端文皇后、孝庄文皇后以及顺治帝的孝惠章皇后都是科尔沁蒙古王公之女。清朝统治者还常以宗室之女和公主嫁与蒙古王公子弟，自努尔哈赤到乾隆末年，先后有11位公主下嫁给蒙古各部。互相联姻，形成“世世有甥舅之亲”，密切了清王朝与蒙古王公之间的戚谊关系。康熙三十六年(1697)十一月，康熙帝将第六个女儿嫁给喀尔喀蒙古土谢图汗部多罗郡王敦多布多尔济，封为和硕恪靖公主。他的第五个女儿下嫁给漠南蒙古喀喇沁部王公扎什的儿子噶尔藏，封为和硕端静公主。康熙四十五年(1706)，秋狝木兰，他亲自至翁牛特探望下嫁于翁牛特多罗郡王苍津的第八个公主和硕温恪公主，翁牛特蒙古“合词迎驾，欢声动地”。乾隆帝将女儿固伦和敬公主嫁与9 岁起就在宫中养育长大的科尔沁蒙古王公色布腾班珠尔时，曾赋诗云：“世笃姻盟拟晋秦，宫中教养喜成人。..此日真堪呼半子，当年欢笑拟和亲。”总之，通过联姻关系加强了政治上的联系。
为了加强与蒙古族、维吾尔族、藏族之间的联系，清廷自康熙四十二年到乾隆五十五年(1703—1790)前后用了87 年时间修建了承德避暑山庄作为清皇朝处理少数民族事务的政务中心，漠南、漠北、青海、新疆的蒙古族以及天山南北的维吾尔族、四川和西藏的藏族等少数民族的上层首领都先后来承德朝觐。清朝皇帝在这里召见和赏赐各少数民族上层人物，协商和调解民族纠纷。
经过清前期几代约一个世纪之久的对边疆地区的用兵，到了乾隆年间，基本形成了一个幅员辽阔的大国，中国作为统一的多民族世界大国的格局最终确定。极盛时期的清皇朝，西抵葱岭和巴尔喀什湖北岸，西北包括唐努乌梁海地区，北至漠北和西伯利亚，东到太平洋(包括库页岛)，南达南沙群岛。内地辖江苏、安徽、浙江、江西、福建(包括台湾)、山东、直隶、山西、河南、陕西、甘肃、湖北、湖南、广东、广西、贵州、云南、四川等18行省。边疆地区有盛京、吉林、黑龙江三将军所辖的东北地区，25 部59 旗的内蒙古地区，4 部82 旗的外蒙古地区，以及青海蒙古29 旗，唐努乌梁海地区、西藏、新疆。在这辽阔的版图之内，生活着汉、满、蒙古、回、藏、维吾尔、壮、苗、彝、布依、畲、纳西、侗、白、土家、黎、高山、哈尼、景颇、水、东乡、佤、拉祜、傈僳、土、柯尔克孜、仫佬、羌、布朗、瑶、傣、撒拉、仡佬、达斡尔、哈萨克、锡伯、毛难、阿昌、塔吉克、乌孜别克、怒、塔塔尔、鄂温克、保安、京、裕固、崩龙、独龙、鄂伦春、赫哲、朝鲜、基诺等50 多个民族。国家空前巩固统一。
