由于鳌拜等努力实行促进经济恢复的措施，农业生产有了起色，以官府册籍所载丁地赋税而言，顺治十七年十二月底，全国人丁为一千九百零八万余丁，田地山荡畦地五百二十一万余顷，征银二千五百六十余万两，米麦豆六百零一万余石，盐课银二百七十一万余两，过了八年，康熙七年十二月底，人丁增加了二十八万余丁，田地增二十万余顷，赋银多了二十余万两，赋粮增十四万余石，盐课银多五万余两。②在军事方面，顺治十八年消灭了南明永历帝政权，康熙三年又镇压了坚持在川陕楚交界处多年斗争的大顺农民军余部“夔东十三家军”，首领李来亨等阵亡或自尽，统一了全国。鳌拜等辅政大臣为了减少征战，与民休息，对台湾南明延平郡王郑经(郑成功之子)政权采取以防为主，以攻为辅，以抚为主，以剿为辅的方针，利用郑氏内部派系矛盾激化的机会，大力招劝其部降清，仅从顺治十八年九月起，到康熙三年十月，郑氏之将军、都督、总兵及副、参、游、守、千、把总等官共三千余员来降，其军士百姓十余万随同归顺，大大削弱了郑氏政权的力量，为日后统一台湾创造了有利条件。先前因对付郑氏政权而采取的迁海政策，逼迫福建、广东、浙江、江苏、山东等省沿海居民内迁三五十里，设界防守，严禁逾越，片板不许下海，给沿海人民带来极大的灾难。鳌拜等辅政大臣逐渐弛禁。康熙四年三月，谕允山东青州、登州、莱州等处沿海人民“捕鱼，以资民生”，八年正月，又下旨“尽弛海禁”。
鳌拜等辅政大臣痛恨部分南方士绅抗清反清，且其规避赋役之情又十分严重，“江南苏州府等处额定钱粮侵欺五十余万之多，积至数年之久”，故决定清查，于顺治十八年三月谕户部：“近观直隶各省钱粮逋欠甚多，征比难完，率由绅衿藐法，抗粮不纳，地方官瞻徇情面，不尽法征比。嗣后著该督抚责令道府州县各官，立行禁饬，严加稽查，如仍前抗粮，从重治罪。”两月以后，江宁巡抚朱国治奏：苏、松、常、镇四府及溧阳县，“未完钱粮文武绅衿共一万三千五百一十七名”，应照例议处。“得旨：绅衿抗粮，殊为可恶，该部照定例严加议处。”江南名士如吴梅村、徐元文(顺治十六年状元)、彭孙遹皆牵连入案，徐元文由日侍清帝赐乘御马的修撰，贬降为銮仪卫经历。同年，探花叶方霭，“适欠折银一厘”，亦被革职，时有“探花不值一文钱”之谣。“士绅同日除名者，万有余人”。这就是有名的江南“奏销案”。
随着辅政时间的推移，辅臣之间的矛盾逐渐激烈，鳌拜利用索尼老病和遏必隆胆小怕事，而攫取了大权，主宰朝政，排挤、压制与己不和的另一辅政大臣苏克萨哈。康熙五年，他借口多尔衮“欲住永平府”，将镶黄旗应得之地给与正白旗，以坏地换好地，使本旗镶黄旗领得田地十分“不堪”，现应改正，决定圈地调换。正白旗人大学士户部尚书苏纳海、汉军镶白旗人直隶山东河南三省总督朱昌祚、汉军镶红旗人保定巡抚王登联，因圈地扰民，“旗民失业者数十万人”，上疏力谏;苏克萨哈维护本旗正白旗利益，亦持异议。但鳌拜纠合索尼、遏必隆，坚持圈地，矫诏诛戮苏纳海、朱昌祚、王登联三人，在京畿十几个州县大规模地圈占民地，给广大旗民带来严重灾难。
智捕鳌拜四大臣辅政时期，工于权术的鳌拜逐渐把权力集中到自己手中，把持了朝政。康熙六年(1667)，玄烨已经14 岁。这一年三月，辅政大臣索尼等奏请玄烨亲政，六月，索尼病故。七月，得到了祖母孝庄太皇太后的允准，14 岁的玄烨宣诏亲政，这就是著名的清圣祖康熙皇帝。
尽管玄烨已开始亲政，但鳌拜等仍行辅政。自从索尼去世后，“班行章奏，鳌拜皆首列”，手握权柄的鳌拜视年轻的皇帝为傀儡，不肯归政。当时鳌拜的政敌苏克萨哈已经锐气大减，认为帝既已亲政，为免鳌拜陷害，准备引退，于是上书奏请辞去辅政大臣，往守先帝寝陵，以使“如线余息，得以生存”。鳌拜先发制人，抓住机会，攻击苏克萨哈存蓄异心、欺藐幼主、不愿归政，列罪状二十四条，上奏皇帝，要求杀掉苏克萨哈。玄烨深知鳌拜与苏克萨哈有仇，“以核议未当，不允所请”。于是一贯专横跋扈的鳌拜为扫除政敌，竟“攘臂上前，强奏累日”，立足未稳的皇帝被迫下令处绞苏克萨哈，鳌拜除掉了自己多年来的政敌、心腹之患。
索尼病死，苏克萨哈处绞，辅政四大臣剩下鳌拜和遏必隆了。遏必隆与鳌拜同为镶黄旗人，且懦弱无能，一贯附和鳌拜，不敢立异。鳌拜既清除了政敌，综揽朝政，权倾一时，更加专横。他网罗党羽，打击异己，“相好者荐拔之，不相好者陷害之”，与从弟穆里玛、大学士班布尔善、工部尚书济世、户部尚书玛尔赛结成死党，竟然“凡事在家议，然后施行”，以至于“红本已发科抄，辅政大臣鳌拜取回改批”，将部院启奏官员带往私门商酌。甚至在皇上面前，“办事不求当理，稍有拂意之处，即将部臣叱喝”，朝见皇上时，“乃施威震众，高声喝问”，完全不把年轻的皇帝放在眼中。据说他还图谋暗杀皇帝，托病不上朝，要帝亲自去探视，帝亲临其宅，床前问疾，御前侍卫发现其床席之下置刀。玄烨当即意识鳌拜有不轨之心，但一笑了之，说：“刀不离身，满洲故俗，不足异也。”康熙帝对于鳌拜的行为早已痛恨，但自己刚亲政，还未有足够实力与之抗衡，于是积极积蓄力量，等待时机。首先，依靠长期侍卫他的亲信索额图和明珠，拉拢一部分朝臣。索额图为索尼之子，皇后的叔父，被提拔为吏部右侍郎;明珠是内务府总管，被提拔为刑部尚书、弘文院学士。此外，帝又从满族子弟中选拔一批侍卫，每日在殿前作布库游戏(摔跤)，实际上是在训练武功，亦借此麻痹鳌拜。鳌拜以为皇上“童心好弄”，更不介意。
当时的满汉大臣中，除鳌拜死党和一部分阿谀逢迎附和者外，许多人对鳌拜的专横跋扈十分不满，寄希望于年轻的皇帝。康熙六年(1667)，内弘文院侍读熊赐履上书，列举弊政，并明确提出“内臣者，外臣之表也;京师者，四方之倡也;本原之地，亦在乎朝廷而已”，指责“急公喜事之人”，“但知趋目前尺寸之利，以便其私图”。矛头直指鳌拜。鳌拜欲加之罪，玄烨不允。第二年熊赐履再次上书，指出“朝政积习未祛，国计隐忧可虑”，是由于“人事因循所致”，再次隐劾鳌拜。熊赐履的奏书，代表了当时相当一部分敢怒不敢言的明哲保身朝臣的意见，促成了皇帝更加坚定清除鳌拜势力的决心。
康熙八年(1669)五月，玄烨在有了一定准备之后，认准了时机，果断地采取了行动，在鳌拜单身入宫时，利用预先埋伏的布库侍卫，一举拿下鳌拜，并大索其党羽，从而结束了“鳌拜辅政”。
玄烨认为，“欺朕专权，恣意妄为”是鳌拜主要罪过。康亲王杰书等胪列鳌拜罪状三十条，其中与其结党擅权有关的二十三条，不敬太皇太后的二条，对册立皇后妒忌、私买奴仆的五条。朝臣均请置之重典。但皇帝顾及鳌拜系顾命大臣，效力年久，免于一死，“从宽革职，仍行拘禁”。其从弟穆里玛及党羽班布尔善等伏诛者九人。并给冤死的辅政大臣苏克萨哈昭雪，恢复其官爵，令其子承袭世职。被鳌拜无辜杀害的苏纳海、朱昌祚、王登联亦予昭雪，追赐谥号、祭葬。遏必隆免死，削去太师及后加公爵，令其宿卫内廷。
清除鳖拜集团，是玄烨亲政后的重大举措，对于后来康熙时期的社会发展，有一定的积极作用。
