二、准噶尔部兴起与喀尔喀蒙古降清
清朝建国前后，蒙古诸部的形势是：一六三五年林丹汗败死，内蒙古诸部均归于清朝统治。外蒙古喀尔喀诸部向清朝进九白之贡，与厄鲁特诸部同被称为“朝贡之国”。和硕特部在青海地区兴起，南下控制了西藏。准噶尔部随后又在伊犁地区兴起，据有天山南北，并北上向外蒙古诸部扩张。土尔扈特部向西发展，与俄国贸易，并在一六三九年进入里海东岸，统治了当地的土库曼人。杜尔伯特部依附于准噶尔部，也有部分部民随土尔扈特部西迁。
喀尔喀蒙古与厄鲁特蒙古诸部，面临着俄国侵略势力的威胁。蒙古各部之间也存在种种矛盾。一六三四年，准噶尔部的首领哈喇忽喇去世。第二子呼图霍庆接受达赖喇嘛加给的称号巴图尔浑台吉，成为准噶尔的执政者。准噶尔部与和硕特部曾发生冲突，但当和硕特部迁移青海后，两部即告和解。一六四○年九月，厄鲁特和喀尔喀部领主曾在塔尔巴哈台(今塔城)会盟，制定《卫拉特法典》，以协调各部之间的关系。次年，巴图尔浑台吉派兵参加顾实汗去西藏的军队。和硕特部的鄂齐尔图(顾实汗兄拜巴噶斯汗之子)娶巴图尔浑台吉之女为妻，两部结成姻亲。达赖喇嘛加给鄂齐尔图以车臣汗的称号。巴图尔浑台吉娶土尔扈特部女为妻，从而和土尔扈特部也建立起良好的关系。当俄国的使臣邀约准噶尔部共同攻打土尔扈特部时，遭到巴图尔浑台吉的严词拒绝。巴图尔浑台吉一再抵制了俄国的侵略企图，并在一六四七年与俄国中断了联系。
大约在顺治十年(一六五三年)左右，巴图尔浑台吉死。有子十二人，各有自己的臣民，相互间展开了争夺政权和领地的斗争。第五子僧格在和硕特部鄂齐尔图的支持下，在顺治末年，才正式成为准噶尔部的执政者(那颜)。一六六六年(康熙五年)，僧格曾遣使向清朝进贡。此后，康熙六年、八年，连续遣使纳贡，并接受清朝的赏赐(《圣祖实录》卷二十四、三十一)。在此期间，俄国不断遣使臣前来招诱，被僧格拒绝。一六六七年，僧格曾率领四千余人组成的军兵，抗击了入侵的俄国侵略军。但是，准噶尔贵族内部的争斗并未停息。一六七○年，僧格被异母兄策臣(巴图尔浑台吉长子)及卓特巴巴图尔(巴图尔浑台吉次子)杀害。巴图尔浑台吉第六子僧格的胞弟噶尔丹，自幼即去西藏，随达赖喇嘛修习佛法，曾被授予呼图克图(活佛)的尊号。僧格被杀时，他二十六岁，在达赖喇嘛和第巴桑结嘉错等支持下返回准噶尔部，击杀策臣，卓特巴逃往青海。噶尔丹扶立僧格的次子索诺木阿拉布坦执政。索诺木还是不满五岁的幼儿。政权全归噶尔丹掌握。噶尔丹娶和硕特部鄂齐尔图女为妻，以取得和硕特部的支持。
噶尔丹在巩固了他的统治后，兼并了他的叔父楚琥儿乌巴什的领地，并在一六七七年杀害了和硕特部的鄂齐尔图车臣汗。噶尔丹遣使到北京，向清朝奉表入贡，呈献缴获的弓矢等物，以求得到清朝对他袭杀车臣汗的认可，被康熙帝拒绝。次年，噶尔丹进占天山南路地区，统治了当地的维吾尔族(回部)，并侵扰青海。这时，噶尔丹已在天山南北地区，拥有二十万户，六十万人众，形成一大势力。噶尔丹自立为汗，并随即得到五世达赖的认可。一六七九年，第巴桑结嘉错以五世达赖名义，加号噶尔丹为“博硕克图汗”。噶尔丹由此更得以向信奉喇嘛教的蒙古诸部扩展其势力。一六八二年，五世达赖死后，第巴桑结秘不发丧。噶尔丹继续得到第巴桑结的支持。
噶尔丹自立为汗，占据天山南北后，进而向蒙古喀尔喀诸部扩展其势力。喀尔喀蒙古诸部早已向清朝称臣纳贡。但不象漠南蒙古四十九旗那样编入旗制，由清朝直接统治。喀尔喀三大汗各有自己的领地，相互争夺。一六六二年，扎萨克贵族罗布藏谋杀扎萨克图汗旺舒克，争夺汗位。旺舒克兄绰墨尔根自立为汗，部众多逃依左翼士谢图汗察珲多尔济。康熙帝下诏废绰墨尔根，另立旺舒克弟成衮为汗。康熙二十三年(一六八四年)正月，扎萨克图汗成衮两次上疏康熙帝报闻。康熙帝遣使敕谕达赖喇嘛：“喀尔喀扎萨克图汗屡次疏言右翼子弟人民离散，奔入左翼，索之未还”。“朕与尔俱当遣使往谕，将扎萨克图汗离散人民给还，俾两翼永归于好。”(《圣祖实录》卷一一四)西藏第巴以达赖名义派出的使者，在这年冬季行抵青城时病死。次年，再遣噶尔亶西勒图前往。康熙帝派遣理藩院尚书阿喇尼去喀尔喀调解。成衮病死，子沙喇承袭扎萨克图汗位。一六八六年八月，阿喇尼与噶尔亶西勒图召集喀尔喀两翼扎萨克图汗与土谢图汗在呼伦贝尔地区会盟，宣读康熙帝谕旨，令其和好。两汗遵旨盟誓，“两翼互相侵占之台吉人民，令各归本主”(《圣祖实录》卷一二七)。康熙二十六年(一六八七年)正月，土谢图汗与车臣汗等上疏康熙帝说，“圣主弘恩无计酬报”，“请上尊号”。康熙帝不允，说：“自兹以后，无相侵扰”，“更胜于上朕尊号”。车臣汗死，康熙帝敕谕土谢图汗和达赖喇嘛，立车臣汗长子为汗。康熙帝对喀尔喀蒙古力行安辑，曾取得一定的成效。(范文澜《中国通史》(第九册)第四章 清朝统治的巩固与疆域的奠立)
喀尔喀蒙古两翼的矛盾，使噶尔丹得以利用。喇嘛教传入喀尔喀蒙古诸部后，宗喀巴第三弟子转世的活佛哲布尊丹巴驻在外蒙古，统领教务，仍尊达赖为喇嘛教最高领袖。在两翼中，哲布尊丹巴支持土谢图汗。噶尔丹指责哲布尊丹巴不尊礼达赖喇嘛派往蒙古的使者西勒图，借以攻击土谢图汗。一六八七年八月，土谢图汗向康熙帝奏报，噶尔丹将兴兵来攻。康熙帝敕谕土谢图汗和噶尔丹“息争修好”，劝阻兴兵，并告达赖喇嘛调解(《圣祖实录》卷一三一)。噶尔丹不听，领兵三万余，招诱扎萨克图汗等携众叛去。土谢图汗领兵追击，扎萨克图汗沙喇被俘，死。噶尔丹又遣弟多尔济扎卜领兵至喀尔喀掳掠人畜，被土谢图汗子噶尔旦台吉追及，杀死。一六八八年秋，噶尔丹亲自领兵自杭爱山后攻掠喀尔喀左右翼，土谢图汗子噶尔旦台吉战败。哲布尊丹巴遣使向清朝告急。哲布尊丹巴等自克鲁伦河败逃至苏尼特地带，接近清朝边防。七月，康熙帝派遣侍读海三代等去哲布尊丹巴处侦探，途遇噶尔丹使者，带回噶尔丹的奏疏，请求清朝对败逃的哲布尊丹巴和土谢图汗“或拒而不纳，或擒以付之”(《圣祖实录》卷一三六)。康熙帝遣侍卫阿南达往谕噶尔丹罢兵议和。又命安亲王岳乐领兵去苏尼特汛界驻防。噶尔丹分兵三路，东进的一路至呼伦贝尔地带。康熙帝命科尔沁诸王及盛京都统出兵备御。康熙帝亲自出巡塞外，察看内蒙古地区形势。
八月间，阿南达回报，七月二十七日行至克鲁伦河以北喀喇乌苏地带，探知噶尔丹曾告知达赖喇嘛使臣说：“若与土谢图汗和，则吾弟多尔济扎卜之命，其谁偿之!”“我尽力征讨五、六年，必灭喀尔喀，必擒泽卜尊丹巴(即哲布尊丹巴)。”(《圣祖实录》卷一三六)八月初，土谢图汗与噶尔丹在鄂尔浑诺尔之地相遇，激战三日。土谢图汗战败，逃依哲布尊丹巴。康熙帝驻乌里雅苏台地带，诏谕领侍卫内大臣佟国维、内大臣明珠、理藩院尚书阿喇尼等调遣八旗兵丁驻扎张家口外，漠南蒙古各旗兵驻边防守，归化城两旗兵丁驻扎城内。九月初，再遣京师八旗及大同、宣府等地军兵前往边境。
九月间，土谢图汗与弟西地西里巴图尔率领左右两翼台吉和部众至汛地卡伦乞降。哲布尊丹巴也率部众乞降。沿边一带蒙古诸台吉均随从内附。康熙帝命议政王大臣集议。议奏：“厄鲁特、喀尔喀向来归化，职贡有年。今交恶相攻，喀尔喀国破。土谢图汗泽卜尊丹巴胡土克图等诚心请降，应受而养之，俾其得所。”(《圣祖实录》卷一三七)康熙帝命阿喇尼面见哲布尊丹巴和土谢图汗，宣布谕旨。土谢图汗等将从降台吉名字及部落人口数目开送。计户二千，人口二万。续到者另行开送。清朝对来降者给以赈济，后来者又有二万人。
噶尔丹见清朝大兵出动，土谢图汗等降清，随即遣使向清廷进贡，并请照常贸易。康熙帝命岳乐等撤回军兵。十月，阿南达等往见噶尔丹。噶尔丹自称“我并无自外于中华皇帝、达赖喇嘛礼法之意”，但又指责土谢图汗与哲布尊丹巴，擒杀扎萨克图汗及弟多尔济扎卜，不可容。康熙帝诏谕土谢图汗及哲布尊丹巴与噶尔丹会盟，“自致其过”，“永议和好”。土谢图汗、哲布尊丹巴不听，上疏自陈。康熙二十八年(一六八九年)正月，康熙帝又遣使宣谕噶尔丹及达赖喇嘛，谴责土谢图汗“违旨兴兵”，要噶尔丹永息兵戎。三月，又命阿喇尼持敕书往见噶尔丹，劝其休战。十月，阿喇尼回奏，已于八月间面见噶尔丹密谈。噶尔丹称，“我身安乐之策，孰者为善，伏祈圣上指示，愿得遵行。但泽卜尊丹巴、土谢图汗等首乱，无故起兵，..前此再三陈奏，为此两人耳”(《圣祖实录》卷一四二)。噶尔丹西行游牧，阿喇尼返回陈奏，康熙帝不再遣使。降清的土谢图汗、哲布尊丹巴以下诸台吉部众，俱照漠南四十九旗制编为旗队。任授扎萨克(执政官)，“指示法禁，如四十九旗例施行”(《圣祖实录》卷一四二)。车臣汗伊尔登于一六八八年病死。康熙帝命其子吴默赫袭爵。车臣汗所属诸台吉也增授扎萨克汗，收集离散之众，编为旗队。
三、乌兰布通之战与噶尔丹汗的败死
乌兰布通之战 喀尔喀部落降附于清朝，是对噶尔丹的一大打击。但噶尔丹汗并不甘于失败，西行到科布多，建立营帐，企图依靠俄国沙皇的支持，再次向土谢图汗进攻。准噶尔部与俄国毗邻，早已有贸易往来，相互通使。一六八八年初，当噶尔丹侵入喀尔喀时，俄国派出与清朝谈判的代表戈洛文曾经派兵向喀尔喀蒙古发动进攻，遭到蒙古部众的抗击，被迫撤退。一六八九年俄国与清朝签订《尼布楚条约》后，已不再有能力发动侵略战争。但噶尔丹仍对俄国存在幻想。遣使向俄求援。一六九○年春，又派遣达尔罕宰桑到伊尔库茨克会见戈洛文，要求他出兵支援准噶尔进攻土谢图汗。戈洛文含糊其词地答应俄军将配合行动，并派遣基比列夫随同去噶尔丹处商谈。戈洛文的许诺其实是一个骗局，旨在推动蒙古各部自相残杀，借以从中渔利，攫取情报。
噶尔丹汗听信戈洛文的许诺，六月间进军乌尔浑河，以追击土谢图汗为名，越过清朝呼伦贝尔边防地界。康熙帝命科尔沁、巴林、翁牛特及乌珠穆沁等旗蒙古兵赴阿喇尼处防备。噶尔丹向乌珠穆沁使者声称：“我攻我仇喀尔喀耳，不敢犯中华界”。噶尔丹军入乌珠穆沁剽掠。阿喇尼统率的蒙古军在乌尔浑河地方夜袭噶尔丹营，准噶尔军自山上绕出，阿喇尼军大败。基比利夫坐观战事，回俄国报告。康熙帝交部议阿喇尼等“违命速战，以致失利”，革去议政，降四级调用。遣使谕噶尔丹，“尚书阿喇尼等不请旨而击汝，非本朝意也”。噶尔丹深入乌珠穆沁地。七月，康熙帝亲征。命裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤禔为副，出古北口。恭亲王常宁为安北大将军，出喜峰口。八月初一日，清军在乌兰布通地方与噶尔丹军交战。噶尔丹将一万头骆驼捆扎卧地，背上搭箱垛，盖湿毡，列阵于山下依林阻军隔河列阵，火器在前，遥攻中坚，突破“驼城”，骑兵、步兵冲锋陷阵，大败噶尔丹军。噶尔丹经过四天的激战，损失了大量的人员和辎重，战败逃走。遣使持书至军前，声称：“今倘蒙皇上惠好，自此不敢犯喀尔喀”。康熙帝遣侍郎额尔贺图随同伊拉古克三喇嘛持敕书往谕，不得再侵掠喀尔喀人畜，清军不行追杀。十月，噶尔丹又具疏谢罪，声称“惟当领遵谕旨，奉行不违而已”。
当噶尔丹东侵时，其侄策旺阿拉布坦占据伊犁河流域，掳掠准噶尔部人畜西去。噶尔丹兵败后，逃至科布多一带。饥困乏食。十二月，上疏“请恩赐白金，以育众庶”。康熙帝特赐白金千两。
乌兰布通之战是一个转折。在此以前，噶尔丹虽然力图扩张，但对清朝亟表“恭顺”，以求得到清朝的支持。乌兰布通之战，噶尔丹误信俄国的愚弄，闯入清界，被清军战败。此后，清朝虽然仍图安辑，但视噶尔丹为狡黠不可信，在边地加强战备。噶尔丹拒不降清，败灭不可免了。
多伦盟会 乌兰布通之战前后，土谢图汗等属下部众，先后有十数万人降清。噶尔丹败北后，一六九一年四月，康熙帝亲自北上巡察，长子胤禔、三予胤祉随行。五月初，在多伦诺尔召集漠南四十九旗与喀尔喀七旗蒙古诸首领集会，以调协蒙古诸部之间的关系，确立清朝的统治制度。会前谕令土谢图汗、哲布尊丹巴等具疏请罪，在会上赦免。扎萨克图汗沙喇已死，令其子策妄扎卜承袭汗位。车臣汗也应召与会。会上定议，清朝对喀尔喀蒙古照漠南四十九旗例建立制度。喀尔喀七旗分编为三十四旗。三大汗仍保留汗的称号。属下各旗不再沿用蒙古的济农、诺颜诸名号，统依清制由清朝封授亲王、郡王、贝勒、贝子等爵位，旗下设参领、佐领等职。三十四旗均遵行清朝的法令。五月初四日，康熙帝在多伦检阅军兵，颁赏喀尔喀三十四旗。初六日启程返京。四十九旗王、贝勒等贵族在路左，喀尔喀诸王、贝勒等在路右跪送。喀尔喀蒙古从此完全处于清朝的统治之下。(范文澜《中国通史》(第九册)第四章 清朝统治的巩固与疆域的奠立)
康熙帝应蒙古贵族之请，在多伦敕建汇宗寺，成为喇嘛教的宗教中心和政治集会的场所。此后，康熙帝经常到此巡察，喀尔喀诸部也来此“述职”。多伦盟会之后，噶尔丹在蒙古人中更为孤立了。
昭莫多之战 多伦盟会后，六月间康熙帝遣使告谕达赖喇嘛，喀尔喀已内属编旗，扎萨克图汗属下人等在达赖喇嘛处者应归还原主。并在谕中指责达赖的使臣济隆在噶尔丹营中，对噶尔丹的攻掠不加劝阻。告谕达赖喇嘛，噶尔丹再稍犯喀尔喀降人，“朕必发大兵，分路前进，务期剿灭之”(《圣祖实录》卷一五二)。一六九三年，噶尔丹上疏自陈，又请驱逐哲布尊丹巴、土谢图汗两人。五月，康熙帝下谕斥责，并劝其来降。噶尔丹拒不降清，图谋再举。八月，康熙帝又北上巡视，至乌里雅苏台。从哈密俘虏中得知噶尔丹部众牛羊已尽，在乌郎坞耕种。一六九四年六月，噶尔丹与策旺阿拉布坦攻战，康熙帝敕令加强宁夏边防。
噶尔丹经过几年的恢复，又在策划侵掠喀尔喀。清朝探得消息。一六九四年六月，谕领侍卫内大臣等：“若果噶尔丹来近土喇，扰害喀尔喀，我军有可乘之机，将军等相度而行。倘我师未至之先，彼已过而前进，则从后袭之。”(《圣祖实录》卷一六四)康熙帝命费扬古统率军兵，作好战争准备，并令边地诸将密切注视噶尔丹的动向。
康熙三十四年(一六九五年)正月，噶尔丹遣使至北京朝贡，仍上疏清除土谢图汗和哲布尊丹巴。康熙帝遣回贡使，不令进边，下诏斥责。七月，费扬古奏报：“噶尔丹进兵至塔米儿地方。”康熙帝调集各地军兵，待噶尔丹前来，一举消灭。九月，清军得报，噶尔丹兵劫掠喀尔喀之后，退往土喇河西去。十月，康熙帝谕令西安、宁夏满汉兵从西路进军。十一月，费扬古报，噶尔丹驻军于土喇河西巴颜乌兰之地，宜分军进剿。康熙帝命大军进剿噶尔丹。部署大兵分为三路，东路由萨布素将军率领盛京、宁古塔和黑龙江兵，沿克鲁伦河进兵。西路兵统归费扬古指挥，自归化城进兵。中路由京城及宣化府绿旗兵组成，暂不发兵。一六九六年二月，康熙帝自科尔沁亲王处得到密报，噶尔丹仍在巴颜乌兰，以为机不可失。亲自率中路兵出征，经科图进军巴颜乌兰。命西路归化城和陕西、宁夏兵同时进发，于四月下旬在土喇河与中路军会集。
康熙帝进军途中，得费扬古报西路军迟延到边。康熙帝恐噶尔丹逃窜，不待西路军至，亲率中路军进兵。五月，抵克鲁伦河畔，噶尔丹已领兵逃匿。康熙帝追击三日，不及。命轻骑搜索巴颜乌兰附近地带。五月十二日，自拖诺山回师。
费扬古等统领的西路兵与孙思克等陕西、宁夏绿旗兵，于五月十三日到达土喇河畔昭莫多附近。清军沿途疲弊，在昭莫多扎营。以逸待劳，诱敌来战。噶尔丹军被诱出战，清军诱敌深入，在昭莫多展开激战。噶尔丹军大败，死两千余人，降清和被俘者三千余人。噶尔丹妻也在作战中战死。噶尔丹率数十骑败逃，一蹶不振了。
噶尔丹败后，部众或散或降。康熙帝实行招抚，以孤立噶尔丹。十月间，康熙帝亲至归化城，传谕噶尔丹部众来降。留大臣一人，在归化城受降安置。噶尔丹西逃至哈密一带。康熙三十六年(一六九七年)正月，哈密额贝杜拉伯克在巴尔库尔地方擒获噶尔丹之子，解送清副都统阿南达军前。二月，康熙帝启程去宁夏，再度亲征。谕议政大臣：“噶尔丹穷迫已极，宜乘此际速行剿灭，断不可缓。朕今亲临宁夏，相度机宜。..克成大事，正在此举。”(《圣祖实录》卷一八○)青海蒙古诸部遣使来降。三月初，康熙帝抵宁夏，察知噶尔丹在萨克萨特呼里克，遂遣使招降，并将进兵之事告谕策旺阿拉布坦。大将军费扬古奉诏发兵。噶尔丹逃至阿察阿穆塔台地方，于闰三月十三日病死(一说自尽)。属下三百户，送噶尔丹尸体降清。
四、对蒙古诸部的统治
康熙帝击败噶尔丹后，只有策旺阿拉布坦统领的准噶尔部众继续在伊犁河流域活动。其余蒙古各部大都归于清朝直接统治之下。清朝在漠南、漠北和漠西相继建立起对蒙古诸部的统治制度。
漠南蒙古 漠南蒙古早在清太宗皇太极时，即已降附。清朝随即分旗，分佐领，封扎萨克。漠南二十四部编为四十九旗，改变了蒙古贵族与各旗间原有的隶属关系。各旗设扎萨克一人执政，统由清朝皇帝封授蒙古王公贵族充任。世袭者也须经清帝敕准。各旗扎萨克管理旗地、编查户口、整饬军备、审理案件，并定期向清朝进贡，觐见皇帝。扎萨克有过，清朝可以撤免。各旗之下分设佐领，每佐领有壮丁一百五十名。统治制度基本上是推行满洲八旗制度(与金国时期降附的八旗蒙古不同)。
邻近的几个旗(原属一部或数部)每隔三年由扎萨克会盟一次，推一人为盟长，由清帝任命。盟长主持盟会，商议军政事务，平时指挥各旗扎萨克。各盟由理藩院管辖，并受所在地区的将军、都统节制。四十九旗组成六盟：哲里木盟、卓索图盟、昭乌达盟、锡林郭勒盟、乌兰察布盟、伊克昭盟。他们分别由盛京将军、黑龙江将军、吉林将军、热河都统、察哈尔都统和绥远城将军节制。六盟四十九旗统称为内扎萨克蒙古。察哈尔八旗和归化城土默特两旗，分别由察哈尔都统和绥远将军直接统辖。不参加四十九旗盟会的察哈尔八旗原为林丹汗的部属，一六三五年(天聪九年)林丹汗子额哲降清，受封为亲王，部众编旗，在义州地区住牧。一六七五年(康熙十四年)二月，布尔尼(额哲侄，袭王爵)起兵反清。清朝任命信郡王鄂扎为抚远大将军前往镇压，察哈尔八旗部众被迁移到宣化、大同边外，由察哈尔都统统辖，不设扎萨克，官员也不得世袭。归化城土默特两旗，原为俺答汗后裔的部属。附清后，又反。一六三六年被清朝分编为旗，后归绥远城将军统辖。察哈尔八旗和归化城土默特两旗也称为内属蒙古，清朝对它的统治比内扎萨克蒙古更为严密。
漠北蒙古 漠北喀尔喀蒙古在多伦会盟后，已确定统治制度。依漠南之制，将原属土谢图汗、扎萨克图汗和车臣汗的蒙古部众分编为三十四旗，分别统属于三汗，不另设盟。噶尔丹败亡后，三汗部众返回漠北故地。康熙帝加封在战乱中有功的蒙古台吉为扎萨克，编为五十五旗。漠北各旗与漠南各旗并立，被称为外扎萨克蒙古。
漠西诸部 和硕特部鄂尔齐图汗被噶尔丹袭杀后，部众溃散。顾实汗之孙和罗理率庐帐万余，避居大草滩，得清朝允准，在甘州东北阿拉克山游牧。噶尔丹败亡后，和罗理请求清朝依照扎萨克蒙古体制设旗，分编佐领，不设盟。
青海地区的和硕特部八台吉在噶尔丹败后，谒见康熙帝。康熙帝封达什巴图(顾实汗子)为和硕亲王。其余台吉也分别封授贝勒、贝子和公爵，但未设立旗制。
原来遭受噶尔丹侵扰的哈密维吾尔人，清朝称为“回部”。一六九七年，哈密额贝杜拉伯克，俘献噶尔丹之子降清。清朝封他为扎萨克，编旗统治，如内扎萨克蒙古制度。
(三)西藏地区统治的建立
一六八二年五世达赖死后，第巴桑结嘉错匿丧不报，并以达赖的名义支持噶尔丹。康熙帝与噶尔丹作战中，从俘虏处得知五世达赖已死，桑结专政。一六九六年八月，敕谕第巴桑结说：“尔第巴原系达赖喇嘛下司事之人，..今观尔阳则奉宗喀巴之教，阴则与噶尔丹朋比”，“先是尔以久故之达赖诈称尚存，遣济隆胡土克图至噶尔丹所，乌兰布通之役为噶尔丹诵经，且择战日。且噶尔丹败，又以讲和为词，贻误我军，使噶尔丹得以远遁”。敕令第巴桑结：(一)奏明达赖喇嘛已故始末，尊奉班禅主持喇嘛教，应召来京;(二)执济隆胡土克图;(三)押解青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女进京。康熙帝的敕谕最后说，“如有一项不遵，即发大兵问罪”(《圣祖实录》卷一七五)。次年三月，第巴上疏请罪，奏陈达赖死事，遵旨定议班禅来京。又陈请缓解济隆和噶尔丹之女。清廷议复，仍令押解来京，宥第巴罪。(范文澜《中国通史》(第九册)第四章 清朝统治的巩固与疆域的奠立)
五世达赖去世已有十五年之久。在此期间，第巴桑结曾私自认定一六八三年出生的仁青仓央嘉错为达赖转世，立为六世达赖。清廷不予承认，称之为假达赖。蒙古和硕特部顾实汗之孙达赖汗，在噶尔丹败后，曾上疏清朝庆贺。不久死去。次子拉藏汗袭位。第巴桑结图谋毒害拉藏汗未逞。拉藏汗被逐出西藏。一七○六年，拉藏汗领兵数百名返回拉萨，杀第巴桑结，将假达赖事陈奏清廷。康熙帝命护军统领席柱、学士舒兰为使，往封拉藏汗为“诩法恭顺汗”，并命将假达赖押解来京。十二月，青海西宁喇嘛商南多尔济奏报：假达赖行至西宁口外病死。次年，拉藏汗另立阿旺伊喜嘉错为转世的达赖喇嘛，青海蒙古诸台吉不予承认，彼此争论。康熙帝遣内阁学士拉都浑赴西藏看验。拉都浑回奏青海众台吉等与拉藏汗不睦，西藏事务不便令拉藏汗独理，应遣官一员，前往西藏协同拉藏汗办理事务。一七○九年二月，康熙帝遣侍郎赫寿前往办理西藏事务，加强了对西藏的统治。次年，赫寿擢任漕运总督，离藏。
准噶尔部的策旺阿拉布坦，在噶尔丹败后，仍在伊犁河流域活动，拒不降清，势力达到乌鲁木齐和吐鲁番地区，不断向清朝统治的哈密地区窜扰。清兵在巴尔库尔和阿尔泰等处严密防守，也不时西进袭击。一七一五年，吏部尚书富宁安奉命至甘州，总领军事。次年十月，康熙遣护理西安将军额伦特领西安兵驻西宁，听富宁安调遣，以防策旺阿拉布坦侵扰青海。十二月，巴尔库尔将军祁里德上疏，请派巴尔库尔之兵明年攻取吐鲁番。一七一七年三月，富宁安授靖逆将军，祁里德为协理将军驻巴尔库尔。出兵八千五百名，分为三队，不断袭击吐鲁番。当准噶尔部在吐鲁番迎战清军时，策旺阿拉布坦已另派一支军兵由弟策零敦多布率领，经阿里克路侵入了西藏。清廷全力注视吐鲁番，八月才从俘虏处得知策零敦多布自去年十一月即向西藏进军的情报。康熙帝全出意外，仍以为“今此兵或征取拉藏收取西边地方，或帮助拉藏侵犯青海，俱未可定”。依然继续加强青海的兵备。富宁安统率的三路军袭击吐鲁番之后撤回。十月间，青海和硕特蒙古台吉罗布藏丹津奏报：策零敦多布领兵三千来西藏，欲灭拉藏汗，拉藏汗整兵迎敌，已交战数次。康熙帝仍不以为意，认为“策零敦多布等之兵，疲弊已极，除阵亡病死外，未必满二千，又安能取得拉藏城地”，只命防备策零敦多布败后恣掠。康熙帝对臣下说：“今策旺阿拉布坦本属小丑，不足为虑”。“今因其移兵到藏，道路甚远，又无接应，自去年十月起行，今年七月方到”，“兵亦不用多，二百余人便可破之矣”(《圣祖实录》卷二七五)。与康熙帝的估计相反，策零敦多布在八月间统兵六千，与拉藏汗接战。十月末攻下拉萨布达拉宫，拉藏汗于十一月初一日被杀，子苏尔扎被俘(《圣祖实录》卷二七八)。一七一八年二月，清廷才接到拉藏汗去年十月间请求救兵的奏疏。康熙帝不明形势，轻敌致误，准噶尔部轻取拉萨，清廷震动了。
拉藏汗原来扶立的阿旺伊喜嘉错，不被承认。康熙五十二年(一七一三年)正月，康熙帝谕理藩院“班禅胡土克图为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，甚属可嘉”(《圣祖实录》卷二百五十三)，依照封达赖喇嘛之例，封班禅为班禅额尔德尼(额尔德尼，满语珍宝，尊称)，给以印册，以稳定西藏局势。西藏护法喇嘛则认定康熙四十七年(一七○八年)出生在里塘的罗布藏格桑嘉错为达赖转世，被奉为呼必尔罕，一七一七年，被青海诸台吉迎至西宁宗喀巴庙。策零敦多布据拉萨后，囚禁阿旺伊喜嘉错，并招诱里塘营官喇嘛。清廷急速调兵里塘，声言保护呼必尔罕之本乡。
一七一八年六月，驻西宁的西安将军额伦特与侍卫色楞分道进兵。七月，至齐诺郭勒，与策零敦多布军交战。额伦特至喀喇乌苏力战，九月，失败阵亡。清朝失将军，损失是严重的。康熙帝从轻敌疏误中取得经验，在西宁和四川分别调集重兵，从容布署，又分路侦察准噶尔部情势。一七一九年六月，四川都统法喇令副将岳钟琪带领绿旗兵占领里塘，处斩抗拒的第巴，进而进兵巴塘。巴塘第巴受抚投降，法喇领兵在巴塘驻扎，作进军的准备。八月，清廷得知蒙藏僧众均奉格桑嘉错为达赖转世，正式封授格桑嘉错为达赖喇嘛，定于明年派遣大臣率领大兵护送达赖进藏登座。十二月，康熙帝亲自定议，两路大兵进藏。阿尔泰、巴尔库尔两路之兵会合，袭击吐鲁番、乌鲁木齐，以使策旺阿拉布坦首尾不能相顾。明年二月，大兵随达赖进藏。康熙帝告谕议政大臣和军前召至大臣等说：“朕意如此，事关重大，不可急迫，从容周详定议为是。”大臣等议奏：进藏之兵增至一万二千名护送达赖，派大臣一员为将军统理。六月下旬，分兵袭击吐鲁番和乌鲁木齐。康熙五十九年(一七二○年)正月，康熙帝再次下诏说：“策旺阿拉布坦之人霸占藏地，以我兵远隔，不能往救。”“今满汉大臣咸谓不必进兵。朕意此时不进兵安藏，贼寇无所忌惮。或煽惑诸番部，将作何处置耶?故特谕尔等，安藏大兵，决宜前进。”(《圣祖实录》卷二八七)皇子胤禔为抚远大将军驻在青海木鲁乌苏，督办军务。宗室延信(康熙帝侄)为平逆将军送达赖进藏，自青海出兵。四川总督年羹尧请任护军统领噶尔弼为定西将军，领云南、四川两处兵马进藏。康熙帝敕封达赖为“弘光觉众第六世达赖喇嘛”，派满汉官兵及青海诸台吉之兵护送。四十九旗扎萨克和喀尔喀蒙古也令遣使会送。清军协同蒙古诸部护送六世达赖进藏，在宗教上和政治上都取得主动地位，在军事上也作了周密的部署，虽然路途险阻，胜利在望了。
清军进兵，以青海为主力。策零敦多布自领准噶尔兵迎击青海延信军，分兵二千六百人阻击南路噶尔弼军。噶尔弼军八月初自拉里前进，沿途招降各地的喇嘛和第巴，聚集皮船渡河。八月二十三日起兵，攻取拉萨，封闭达赖仓库，扎营固守，处决策零敦多布授为总管之喇嘛五人。策零敦多布与延信军遇，三战皆败，逃往伊犁。九月初八日，延信自达木启程，送达赖进藏。九月十五日，十五岁的六世达赖至布达拉宫坐床登座。囚禁的阿旺伊喜嘉错被解回京师。清军顺利地获得全胜。
清兵留兵四千驻拉萨。延信在一七二一年四月回京，命噶尔弼驻藏。噶尔弼称病罢。九月，策旺诺尔布为定西将军驻藏，以额驸阿宝、都统武格参军事。清廷废除第巴执政的旧制，参用拉藏汗时设噶伦(政务官员)的制度，封赏西藏有功贵族四人以爵位，俱为噶伦执政。阿里第巴康济鼐封贝子，管理卫藏和阿里地方政务。空布第巴阿尔布巴亦封贝子，协助康济鼐总领西藏事务。第巴隆布奈封辅国公，管理前藏政务。颇罗鼐授扎萨克一等台吉，管理后藏政务。四噶伦中，康济鼐为第一噶伦。康熙帝建立起对西藏的统治，亲制平定西藏碑文，在拉萨立石。(范文澜《中国通史》(第九册)第四章 清朝统治的巩固与疆域的奠立)
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