二、南明的再建与农民军抗清斗争
清朝占领南京和杭州后，浙东和福建的明朝官员又拥立明宗室鲁王和唐王，建立政权抗清。大顺诸军也相继南下，并与南明相结合。张献忠在四川率领的大西军，也树起了反清的旗帜。一六四五年十一月，清廷命洪承畴驻防江宁(南京)。代多铎领兵的勒克德浑与叶臣进军湖广，追击大顺军。又命何洛会为定西大将军，进兵四川，去攻打张献忠部。一六四五年秋至一六四六年秋季约一年多的时间，各地人民与清军展开了又一个回合的搏斗。
浙东鲁王 一六四五年五月，福王败亡。明兵部尚书张国维在东阳起兵，吏科给事中熊汝霖在余姚起兵，刑部员外郎钱肃乐与举人张煌言等在鄞县起兵，纷纷组织义军，据地抗清。六月，共同迎立在台州的鲁王以海至绍兴，建立临时政权，号为监国，不立年号。定海总兵王之仁率领的官军成为鲁王政权的主力军，与浙东义师多次抵抗清兵，获胜。南京陷后，总兵方国安逃跑，也自浙西来会。闰六月，福州唐王聿键建号称帝，向鲁王颁诏。张国维、熊汝霖主张两王军都是抗清义兵，倘若奉诏，即不能以鲁王名义号令军兵。钱肃乐以为大敌当前，不可互相对立，应称皇太侄报命。诸臣因而不和。方、王率领的官兵取得地丁正饷，各地义兵只能由富户捐输义饷。方国安甚至并取义饷。各军因争饷也彼此不和。马士英、阮大铖等逃依方国安，求附鲁王。鲁王拒不接见。一六四六年三月，清兵入钱塘，张国维与王之仁抗清获胜。进而领兵攻打杭州，不胜，回师。五月，清将博洛遣图赖等来攻方国安营，方国安与马、阮等劫持鲁王逃跑。鲁王中途脱身入海，由石浦守将张名振扈从去舟山。张国维退守东阳，败死。清兵占领绍兴。王之仁兵败，至南京，大骂洪承畴后就义。方国安与马、阮等降清，被清朝处死(一说阮大铖自杀后被戮尸)。鲁王至舟山，守将不纳，转到中左所(厦门)。由总兵官郑芝龙的从子郑彩送入长垣，仍保持监国的空衔。鲁王政权抗清复国的企图失败了。(范文澜《中国通史》(第九册)第三章 清朝的建国，农民战争与明朝的灭亡)
福州唐王 一六四五年闰六月，原镇江总兵郑鸿逵、泉州总兵官郑芝龙、礼部尚书黄道周、福建巡抚张肯堂等，拥立唐王聿键在福州即皇帝位，建元隆武，称福州为天兴府。唐王曾经赞赏江阴人民的抗清斗争说：“我家(明宗室)子孙，遇到江阴的三尺童子，也要尊敬”。慨然以“复仇雪耻”为务。但是，控制唐王政权的郑芝龙，原是泉州海盗，接受明朝招抚，有兵二十余万，垄断海上贸易。他总揽军政大权，搜括财物，田园遍布闽广两省，又增置庄仓五百余处。郑芝龙只求保存财产禄位，并不想奋力抗清。唐王和大臣的出师抗清之议，都被他阻挠。
九月间，大学士黄道周亲率门生亲故百余人出师北伐，郑芝龙不派兵、不供饷，只有唐王空札数百道，用以招兵筹饷。沿途农民携带锄头、扁担参军，被称为“扁担兵”。出杉关时，已有万余人。到广信以后，获悉徽州失守，分道出兵，伤亡很大。十二月，在婺源被清总兵张天禄俘虏，解送江宁(南京)。洪承畴亲自来见，黄道周大呼道：“洪承畴早在松山战死了，先帝(崇祯)曾哭祭过，哪还能活着!这是无耻小人冒名顶替吧!”他拒绝了清朝的诱降，于次年三月在江宁被杀。
唐王政权由于得到大顺农民军的支持，而展开了抗清的斗争。
一六四五年夏季，李自成牺牲前后，大顺军各部分别向湖北的大江南北集结。李锦屯兵西山(湖北巴东一带)，准备大举进攻清军。高一功率领部队由夔府来与李锦合营，攻克荆门、当阳等地。七月，农民军万人围攻荆州。大顺军田见秀、刘芳亮、吴汝义、袁宗第、刘体纯、郝摇旗、张鼐、党守素、蔺养成、王进才、牛万财等部，从四月间即陆续向大江以南转移。李自成牺牲后，他们“结盟同心”，准备与李锦合营。清朝官员报告说，他们在岳州湖上，“又以不薙头为名，号召叛党，聚集亡命”(《明清史料》丙编第六本)。清朝多次招降，都被农民军拒绝。
唐王政权建立后，各部农民军分别与南明湖广总督何腾蛟和巡抚堵胤锡联络，共抗清军。刘体纯、郝摇旗率兵至湘阴，何腾蛟派部将万大鹏单骑前来洽谈。堵胤锡在常德也与李锦、高一功进行联络，愿与农民军“同心协力，以建立功业”。何腾蛟等向唐王报告，唐王大喜，命何腾蛟督师湖广，堵胤锡总制李锦、高一功军。李锦赐名赤心，高一功赐名必正，晋封侯爵，佩龙虎将军印。李自成妻高氏(在高一功军中)封为贞义夫人，李锦部赐名忠贞营。农民军投依南明抗清，不再用大顺国号，但李锦的书疏，犹称李自成为先帝，高氏为太后，以示尊崇。何腾蛟整编李锦、郝摇旗(永忠)、袁宗第、王进才(以上是农民起义军)、黄朝宣、张先璧、刘承胤、董英(何腾蛟旧部)、曹志建(故巡抚刘熙祚旧部)、马进忠、马士秀、王允成、卢鼎(左良玉旧部)等部为十三镇，组成十余万人的强大抗清队伍。
一六四五年冬，南明军向湖北清军发起攻势。明军各部仍驻守自己的防地，何腾蛟率领郝摇旗、王进才留在长沙;堵胤锡驻常德，分治湖南;李锦屯兵公安附近地区，加强对荆州进攻的力量;刘体纯、袁宗第向清军发动新的进攻。他们在江陵以西渡江，攻彝陵，过荆门，进军郧西。沿途人民纷纷响应，声势很大。驻防湖北的清军，惶恐不安，内部动摇。十一月十五日，刘体纯、袁宗第进攻襄阳、承天，攻破城池。次年正月，进攻邓州。二月，清将王斌在房县老寨起兵反清复明。刘体纯、袁宗第率领的农民军，影响遍及南阳、兴安、汉中等地。
清廷在一六四五年十一月，调遣贝勒勒克德浑、固山厄真叶臣，到湖北武昌进攻李锦农民军。李锦部围攻荆州清军达半年之久。一六四六年二月，兵败解围。田见秀、张鼐、李友、吴汝义等在彝陵降清。三月，平西将军何洛会在山阳、商州与农民军两次激战，不能阻止农民军的发展。何腾蛟率郝摇旗、张先璧等进攻岳州、藤溪、湘阴，准备分兵收复武昌和江西的吉安。并请唐王亲自赴赣州，力取江西。
一六四六年六月，鲁王政权败灭。七月，清军博洛部占领金华、衢州，分兵两路进攻福建。这时，郑芝龙已暗中投降清朝，写信密告洪承畴说：“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师，倾心贵朝非一日也。”(《小腆纪年》卷十二)清军经仙霞岭、分水关，郑芝龙撤去守兵，清军长驱直入。唐王自延平出发，去赣州督战。八月行至汀州，被清军追及杀死。赣州被攻破，泉州、福州也全被清博洛军占领，郑芝龙率官兵投降。清朝在福建建立军政机构，博洛迫令郑芝龙等携带家口进京，断绝他和福建的联系。
唐王聿键死后，弟聿■浮海逃往广州。十一月朔日，原大学士苏观生等拥立聿■称帝，年号绍武。十二月十五日，清兵由降将李成楝率领攻陷广州。苏观生自杀，聿■被俘，绝食死。称帝仅四十五日。
四川大西 张献忠率领大西军数十万人于一六四四年初进入四川夔州，沿江而上，占领万县。由于河水暴涨，在此停留约三个月之久。李自成攻下北京推翻明朝后，张献忠闻讯，即向重庆进军。在涪州击败明驻军曾英部，明四川巡抚陈士奇在重庆四十里外的铜锣峡抵抗。大西军击溃明军，占领重庆。八月，攻占成都，进驻明蜀王府。派遣大西军将领孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等分取四川州县。十一月十六日，张献忠在成都称皇帝，国号大西，年号大顺，以成都为西京。颁行《通天历》，铸“大顺通宝”钱行用。
大顺通宝
大西国设左、右丞相、六部，分理政务，开科取士，委派地方官员。又整顿军兵，编为一百二十营。孙可望为平东将军，领十九营;李定国为安西将军，领十六营;刘文秀为抚南将军，领十五营;艾能奇为定北将军，领二十营。四将军所属兵营是大西军对外作战的主力。四人拜张献忠为义父，均改姓张。张献忠亲自统领老营军兵，称为御营。另设宿卫兵驻防。军兵制定《禁约》，严明军纪，禁止扰害地方。大西国缉拿明宗室和逃匿官员，拘押乡绅大户，追罚饷银。四川各州县地主豪绅或杀害大西官员，或组织武装反扑。大西国严厉镇压了反抗的地主、官员，巩固了对四川的统治。
清朝攻占北京后，即出兵追击李自成军和攻打南京的福王。一六四五年夏，福王政权灭亡。十月，清朝向大西颁诏招抚，说：“张献忠如审识天时，率众来归，自当优加擢叙，世世子孙，永享富贵。”(《清世祖实录》卷二十一)张献忠置之不理。十一月，清廷派何洛会领兵进攻四川。顺治三年(一六四六年)正月，又命肃亲王豪格为靖远大将军，领兵向四川进军。何洛会部中途与归附唐王的农民军作战。豪格军三月到达西安，五月攻占汉中。
大西骁骑营禁约碑拓本
大西国面临着清军的严重威胁。九月间，张献忠决策，命四将军各领兵十万人，自成都北上迎敌。十一月，大西叛将刘进忠，自汉中引清兵入四川，偷袭大西军。张献忠在西充凤凰山，突遇敌兵，中箭牺牲。
孙可望等四将军急领兵由顺庆南下，经重庆败明曾英军，斩曾英。渡江南下，至綦江。次年正月，进军遵义。三月，占领贵阳。四将军以孙可望为首，向云南发展。
三、广西、云贵和福建地区的反清斗争
一六四五年夏，李自成被害死，南明福王败亡，清朝赢得了第一个回合的胜利，攻占了陕西和江浙。一六四六年冬，张献忠战死，南明唐王败亡，清朝又赢得了第二个回合的胜利，攻占了四川和福建的部分地区。一六四七年在广西重建的南明桂王政权率领投依南明的原大顺军，向清朝展开了大规模的反攻。
南明的反清斗争 一六四六年八月唐王死后，十月，两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜以及王化澄、马吉祥、吕大器等人，在肇庆拥立桂王朱由榔监国，一个月后即位称帝，建元永历。清李成栋军在十二月攻入广州，次年正月，李成栋攻占肇庆，向桂林进军。桂王自肇庆逃出，经过桂林，逃到武冈，急调湖南的何腾蛟率兵援救桂林。何腾蛟奉桂王诏，由长沙撤退，领兵至衡州。三月，进攻桂林的李成栋军被瞿式耜打退。清平南大将军孔有德等领兵，由岳州攻克长沙、湘潭，进军衡州。(范文澜《中国通史》(第九册)第三章 清朝的建国，农民战争与明朝的灭亡)
六月，何腾蛟在衡州调遣诸将抵御，只有郝摇旗、王进才率兵赶到，被清兵战败。几个月中，清军攻占了衡州、宝庆、武冈、靖州等广大地区。桂王由武冈逃往柳州、象州，然后返回桂林。十一月，清军进攻全州。何腾蛟重新整顿队伍，统率郝摇旗、焦琏、赵印选、胡一青、卢鼎诸部，连营三百里，分道出击，大败清军。一六四八年二月，清兵攻破全州，三月，向桂林进兵，被何腾蛟、瞿式耜打退。这时，清朝将领李成栋因不满满洲贵族的凌辱，在广东叛清归降南明。清江西总兵官金声桓也在二月叛清附明。湖南清军兵力空虚。五月，何腾蛟督师收复全州。何腾蛟、堵胤锡随即在湖广境内，对清军发动了进攻。九月，何腾蛟亲自督率张先璧、胡一青、焦琏，收复永州、衡州。王进才收复宝庆。十月，马进忠收复常德。堵胤锡令李锦从夔州东下，在湘潭打败清将线国安，收复湘潭、益阳、湘乡、衡山等县，进围长沙。何腾蛟与堵胤锡等议定，何腾蛟等督率马进忠等攻长沙;堵胤锡带领李锦等攻袁州、吉安，进军江西，声援金声桓抗击清军。十一月，李成栋自广东南雄出兵，攻打赣州。十二月，清大同总兵官姜瓖在大同叛清，宣告归附南明，震动了北方。
永历帝“敕命之宝”
一六四七年至一六四八年间，清朝失去了长江以南湖广的广大地区。广东和江西的汉族降将相继反清附明，大同的附明更造成严重的威胁。清朝接连派出满汉将官分领大兵出击。
金声桓在江西反清后，一六四八年三月，清廷即派遣固山厄真谭泰与何洛会领兵向江西进军。五月，攻占九江、饶州。一六四九年初，清军至南昌，金声桓战败，投水自杀。李成栋领兵来援，三月，与清军在信丰相遇，孪成栋败死。江西州县，又都被清军占领。
一六四八年十二月，清廷命阿济格领兵围攻大同姜瓖，不下。一六四九年二月，多尔衮亲自领兵征大同。三月，攻下浑源州，回师。阿济格与尼堪、博洛等继续围攻大同。大同被围困至八月，姜瓖被部下杀害，清军征服山西。
南明进军湖广。一六四八年九月，清廷命济尔哈朗为征远大将军，领兵征湖广，进攻李锦部。次年正月，进攻湘潭。这时，何腾蛟前往李锦的忠贞营，途中被清军俘掳。何腾蛟严厉拒绝济尔哈朗的劝降，被清军处死。南明失何腾蛟，军中无帅了。李锦在茶陵，被清军战败，经衡州、永郴转移到广西。这年秋季，长沙、衡州、辰州、宝庆、靖州、全州等地都被清军占领。十二月，南明焦琏军反攻全州，被清军击败，清军进占道州。
李锦退回广西，屯驻宾州、横州。南明桂王朝廷依靠大顺军的来归，在反清斗争中一度取得胜利。但内部矛盾重重，文官武将互不合作。拥立桂王的明臣与反清归明的李成栋部下相互猜忌，明臣对原大顺军也存有戒心，多方牵制。高一功甚至被迫宣称，要把军兵交兵部。何腾蛟死后，被改编的诸军失去统帅，各自离散。刘体纯、袁宗第、郝摇旗等领兵自宝庆北走常德、澧州，返回荆西。刘芳亮、刘希尧等自宁远北走，军兵在宁远、宜章一带溃散。李锦不久病死。高一功因遭疑忌，在一六五○年从庆远往荆西。途经黔北，遭到保靖土司彭朝柱的袭击，战死。李锦义子李来亨率领军兵到巴东的西山，与郝摇旗、刘体纯等会师。在郧西坚持抗清斗争的王光兴、王光昌等与郝摇旗、李来亨等联合抗清，号称夔东十三家军。桂王政权失何腾蛟，又失大顺诸军，难以自保了。
一六五○年五月，清朝加封辽东降将孔有德为定南王，领兵进攻广西。耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，进攻广东。十一月，耿仲明行至吉安，自杀。同月，尚可喜等攻入广州，孔有德攻入严关。瞿式耜邀明将赵印选防守桂林，赵印选带兵逃走。清军攻入桂林，瞿式耜与总督张同敞被俘，囚禁四十日后被杀。桂王由肇庆逃往浔州，经南宁，辗转到达广西西部的濑湍，得到贵州大西军的接应。江西、湖南、广东、广西的重要城镇，均被清军占领。
大西在云贵的建设 大西四将军在一六四七年三月占领贵阳，随即移兵进驻云南。
当时，云南阿迷州土司沙定洲起兵反明，攻占省城昆明。明副将龙在田(原石屏土司)败走大理，听说四将军领兵至贵州，便派人请兵入滇。三月，四将军进兵破交水(霑益旧城)、曲靖，沙定洲放弃昆明逃走。四月，四将军占领昆明，分兵两路攻打云南各地。西路兵由孙可望率领，五月攻克大理，七月攻占永昌，护送自昆明逃来永昌的明黔国公沐天波返回省城，声称要“共扶明室，恢复江山”。(《西南纪事》卷十二)东路由李定国率领，攻克南宁(曲靖)、晋宁、通海、河西等地，进而占领阿迷、蒙自、临安(建水)。几个月之内，四将军已控制了云南除普洱、东川以外的十六个府，收纳彝族兵士，军队发展到二十万人。李定国捣毁了沙定洲据守的城寨，灭沙氏。
一六四八年至一六五二年春的四年时间里，清军集中兵力在湖广与南明桂王作战。大西四将军得以在云贵地区训练军兵，建立政权，进行建设。
(一)政权建设 四将军进入云贵时，孙可望称平东王、李定国称安西王、刘文秀称抚南王、艾能奇称定北王。他们推孙可望为主，彼此往来通称兄弟。每公事聚会，四将军并坐，赏罚各营将官，都由孙可望出面处理。一六四七年八月，建置四王府，又建立太庙，祭祀张献忠。凡有大事必先告庙，然后行动。明致仕御史任僎归附四将军，倡议称孙可望为国主，用于支纪年，设立六部，管理军政大事，并建立州县政权机构。
(二)澄清吏治 四将军在云南经常派人秘密查访，对清官立即提升，对贪官严加惩办。姚安知府谢仪贪赃枉法，马上砍头，传示各州县。设立登闻鼓，鼓励人民对地方行政提出意见。不利的措施，立即废除。
(三)减轻赋税 明朝后期，实行一条鞭法，丁役摊入地亩，一并征收。后来摊派愈来愈多，人民负担沉重。四将军在云南实行“条编半征”法以减轻农民负担。又把近省田地和井盐，由原来官民对半分收改为四六分收。凡金、银、铜、铁矿藏，鼓励商民开采，差官抽税。
(四)训练军队 四将军部下有在陕西参加农民起义的战士一万人作为骨干，又在云南招募汉、彝各族人民入伍，编练新军。兵马三日一小操，五日一大操，进行严格训练。招收各行工匠，设立什造局四所，制造兵器。兵马给养在各州县就地供应，兵丁每日给米一大升，家口酌量减少，马料每日一至三升不等。兵丁每人各给一袍，没有家口的还给鞋袜各一双，大帽一顶。军队纪律严明，规定：一不杀人，二不放火，三不奸淫，四不宰耕牛，五不抢财货。得到人民的拥护。
大西军人家口住在云南，都与当地农民一起参加生产，缝制军服。当时人称赞说：“其俗，兵不扰民，将不欺士。崇尚礼义，视民如子。往来有体，安置有方。”(《永历纪事》)大西行政，“事尚苟简，文案不繁，官绝贪污馈送之弊，民无盗贼掠夺之端”(《滇南纪略》)，人民称便。
早在一六四八年，李定国便对孙可望建策说：“闯(李自成)献(张献忠)二帝，辛苦二十年，蹂躏遍天下，至今身死业隳，究无寸土;而清人坐享渔人之利，甚可悲也。”“今挚滇、黔、蜀归就明室，诚心辅佐，恢复旧京，荡清海内，则半生流贼之耻辱可雪，将来竹帛之垂名可图也。”(《晋王李定国列传》)这个建议，得到刘文秀等的支持。孙可望于一六四九年四月即曾派人与桂王政权联系。一六五○年十一月，清兵攻陷桂林。一六五一年桂王逃至南宁，同年十二月，又逃至濑湍。次年正月，孙可望派兵接应，护送到贵州安隆。大西军接受南明永历年号，举起了复明抗清的旗帜。
四将军北伐 四将军在云贵经过几年的准备，于一六五二年三月，出师北伐，向清朝发动了大规模的进攻。大军分两路进兵，一路由刘文秀、王复臣率领马步兵六万，向四川出兵，直指关中。一路由李定国、冯双礼率领马步兵八万出师湖广，向全州、桂林进军。孙可望移驻贵州，指挥全军(艾能奇已病死)。(范文澜《中国通史》(第九册)第三章 清朝的建国，农民战争与明朝的灭亡)
刘文秀率领的一路，入川攻破重庆，占领成都。清朝急调吴三桂领兵入川。吴三桂自一六四八年即受命与清定西将军李国翰驻守汉中。七月，吴三桂与李国翰出兵夺取重庆，攻打成都。刘文秀领兵走，与王复臣领彝汉兵，攻打叙府(叙州)。吴三桂领兵来援。王复臣命步兵左右夹攻，驱大象直冲清军。象吼马惊，清军大败，退守保宁。刘文秀乘胜追击，至保宁城东北列阵。不听王复臣劝说，不等援兵到来，即匆忙攻城，被清兵战败。王复臣战死，刘文秀败退。吴三桂不敢追击，对人说：“生平未见如此劲敌。”孙可望罢免刘文秀，命驻云南。另派耿三品领兵镇守嘉定。四川一路未能取得进展。
李定国、冯双礼率领的北伐军，五月占领武冈。清宝庆守将逃走，李定国军进而攻克全州，大败清兵。驻守广西的清军孔有德部三次出兵迎战，都不能阻止李定国前进。六月二十九日，孔有德亲自领兵到严关，与李定国决战。李定国指挥部队进攻，驱大象突击，清兵溃败，孔有德逃回桂林。李定国领兵急速追击，七月初二日一举攻破桂林，孔有德兵败自杀。李定国分兵攻占平乐、梧州等地。南明将官赵印选、胡一青、马宝等和左右两江人民纷纷响应，十几天里，就收复了广西全省。八月，李定国北代湖南，取衡州，派马宝东攻阳山、连州，曹志建旧部收复临武。冯双礼、马进忠北攻长沙，别部出宁乡，收复常德。十月，马进忠趋岳州，分兵攻克江西永新、安福、永宁、龙泉，包围吉安。李定国出师七个月，攻克十六府、三十二州县，收复土地近三千里，取得重大的胜利。
清朝任命尼堪为定远大将军，领兵十万，进军湖广。李定国命令冯双礼退出长沙，伏兵白杲市，诱清军渡湘江、过衡山后，再绕出敌后，跟踪前进。预定李定国在蒸水拒敌，与冯双礼、马进忠前后夹击，歼灭清军。清军进攻衡州，李定国退走。尼堪亲自率兵追击，十一月二十四日李定国埋伏的部队，突然出击，尼堪败死。
桂林与衡州之战，李定国连获全胜。清朝连丧孔有德、尼堪两员大将，为入关以来所未有。这时，孙可望忌李定国功高难制，密令冯双礼退宝庆，马进忠不知底细，也跟着西去。李定国被迫退守武冈。
清军连遭挫败，一六五三年初，任命贝勒吞齐为定远大将军，统率尼堪遗留的军兵，据守湖南。又调安西将军阿尔津为定南将军，由汉中到湖南协同作战。任命固山厄真陈泰为宁南靖寇大将军，镇守荆州。任命驻防江宁的喀喀木为靖南将军，到广东协同尚可喜部驻防。吴三桂、李国翰还守汉中。五月，又任命大学士洪承畴(一六四八年自江南还京师，本年为内翰林弘文院大学士)经略湖广、两广、云贵地方，驻守长沙，居中调度。他在十一月报告说：“满洲援剿官兵，岂能久留?将来有恢复州县，何以分守?兵至则贼退，兵去则贼复合。彼逸我劳，甚犯兵家之忌。”(《清世祖实录》卷七十九)因此，他主张进兵要安全慎重，不急求事功，而用力于“招抚”。
清兵不敢轻易南下，孙可望、李定国等据有云贵、广西和湖广、四川的部分地区，与清朝对峙。
李定国的抗清斗争 孙可望、李定国等所取得的胜利局面，随即由于自相残杀而逐渐瓦解。
大西军在取得胜利的时刻，重又走上了大顺军的老路，将领之间，日渐不和。孙可望被推为主，嫉李定国功高势大。孙、李之间，矛盾日深。南明桂王属下的明臣，乘机从中离间。桂王扈从总兵邓凯称赞他们是“离间逆党，奋发忠义于临时。”(《求野录》)南明官员对农民军的敌视和破坏，加深了内部的冲突。一六五三年二月，孙可望领兵至沅州，邀李定国前来议事。刘文秀派人密告李定国，孙可望有意加害，李定国拒不来会，写信给孙可望说：“今虽大局稍有转机，而敌势方张，成败尚未逆睹，正吾侪同心协力，共策复兴之秋，不宜妄听谗言，自相残害，以败坏国家。”(《晋王李定国列传》)领兵自湖南退入广西，向广东进取。清军乘机占领了湖南的一些州县。李定国攻打肇庆，进围桂林，不下。八月，驻军柳州。一六五四年，自柳州出兵，攻破广东高州、廉州、雷州，围攻新会。清广东守将尚可喜向清廷告急。清朝派遣靖南将军朱玛唎从江西来援，李定国大败。一六五五年春，退守南宁。
南明桂王空无实力，只是大西军复明抗清的一面旗帜。明臣马吉翔向孙可望建策，迫令桂王禅让，由孙可望称帝。桂王大学士吴贞毓得知后，请桂王自安隆急诏李定国领兵入卫。孙可望立斩吴贞毓等明臣十八人，一六五六年初，命刘文秀去安隆，迎桂王来贵州。三月，李定国领兵至安隆，刘文秀转而依附李定国，同送桂王去云南，驻在昆明的沐天波迎桂王入昆明。桂王加封李定国为晋王，刘文秀为蜀王。李定国派部将白文选去贵州，往见孙可望讲和，被孙可望扣留。孙、李的矛盾不可调和了。
一六五七年七月，孙可望起兵反桂王。领兵十四万进攻云南，李定国在曲靖迎击。白文选单骑来见，说已与孙部诸将密约，临阵倒戈。九月，李定国派骑兵五千攻打孙部马惟兴营。马惟兴部与李定国合兵攻孙可望，临阵大呼：“迎晋王!迎晋王!”孙可望军溃败。十月，孙可望去长沙见洪承畴，叛变降清，并向清朝献策进攻云贵。
一六五八年三月，清朝派贝子洛讬为宁远绥寇大将军，会同洪承畴从湖南进兵。吴三桂、李国翰进兵四川。卓布泰、线国安从广西进兵。
四月间，孙可望旧部王自奇、关有才、张明志等在永昌起兵反南明。李定国亲自率兵平定，因而不及增援贵州，给清军造成了进攻的机会。七月，三路清军都进入贵州。九月，清朝派信郡王铎尼到贵州统率清兵，议定：铎尼自贵阳取道关岭为中路;吴三桂自遵义取水西为北路;卓布泰自永顺取黄草坝为南路;洪承畴、洛讬驻守贵阳。十月，李定国派冯双礼守鸡公背，阻击中路清军;派张先璧守黄草坝，阻击南路清军;派白文选守七星关，牵制北路清军。十一月，李定国率兵三万到南路增援，与清军在罗炎、凉水井(今册亨西)大战，先胜后败。前线传闻孙可望扈卫康国臣充当清军前导，军内孙可望旧部猜疑不安，全线动摇，被清军打败，损失很大。冯双礼、白文选、张先璧诸军也先后战败。十二月十三日，李定国退回昆明。
李定国全线溃败，急商对策。这时，刘文秀已病死，遗书建策入蜀与夔东十三家联合。李定国主张走广南，沐天波等则主张逃奔滇西。十二月十五日，李定国拥桂王撤离昆明，向滇西逃走。
清军跟踪追击。吴三桂军攻陷永昌，编筏渡过潞江。李定国设伏于磨盘山，吴三桂渡江上山，将入伏中。明大理寺少卿卢桂生，从李定国军中逃出，向清军投降告密，清军前部已入二伏。吴三桂立即下令，骑兵下马，发炮攻击伏兵。李定国率伏兵力战，自卯至午，短刀相杀，清固山厄真沙里布阵亡，清军败退。李定国的大将窦明望、王国玺也英勇牺牲。李定国在打击了清军后，便到腾越整顿部队，转成滇缅边境，桂王逃往缅甸。
一六六○年四月，吴三桂上“三患二难”疏，请清朝出兵消灭桂王，以杜后患。一六六一年，清军进入缅甸，缅甸献出桂王。李定国出兵截击，失败，六月二十七日死于勐腊，时年四十二岁。次年，吴三桂在昆明杀桂王。
郑成功、张煌言的抗清斗争 桂王、李定国败后，据守福建地区的郑成功、张煌言等又在一六五九年，发动了进军长江的战斗，形成又一次的抗清斗争，也是最后一次高潮。
一六四六年清军进攻浙东，鲁王政权的方国安逃跑后，鲁王由张名振等扈从，被郑彩接到中左所(厦门)，转至长垣。次年，郑彩、郑联兄弟出兵反清，先后攻占福建的建宁、邵武、兴化三府，福宁一州，漳浦、海澄等二十七县，温、台一带沿海人民响应，声势很大。郑彩奉鲁王，仍用监国纪年。一六四八年，清朝调两广、江浙兵，三路进攻，福建州县多被占领。鲁王大学士钱肃乐死。九月，张名振等占领舟山，接鲁王来住。一六五一年七月，清将张天禄出崇安分水关，马进宝出台州海门，闽浙总督陈锦全军出定海，分路进攻舟山。张名振拥鲁王带领战船攻吴淞，留守大学士张肯堂领兵六千守舟山。八月，清军趁着雾天进螺头门(即蛟门，亦名定关)，安洋将军刘世勋、左都督张名扬率领精兵五百，义勇数千，在舟山背城奋战，互有伤亡。城中火药用完，中军金允彦、主事邱元吉跳城，投降清军。清军全力攻破城防，张肯堂全家二十余人，壮烈牺牲。事后，攻城的清兵说：“我军南下，江阴、泾县、舟山三城，最不易攻。”张名振闻讯，回师救援，舟山已经陷落，便与兵部侍郎张煌言扈从鲁王前往厦门。(范文澜《中国通史》(第九册)第三章 清朝的建国，农民战争与明朝的灭亡)
厦门这时由郑芝龙子郑成功(原名森)驻守。
一六四六年郑芝龙降清时，二十四岁的郑成功与郑芝龙断绝父子关系，宣言“背父救国”。与陈辉、张进等九十余人，乘船往南澳(广东南澳县)地方，得到沿海人民群众的支持，组成九千人的队伍，奉唐王隆武年号抗清。一六四七年到鼓浪屿，与郑鸿逵(芝龙弟)部联合进攻泉州、同安、漳浦等地，连续袭击闽粤沿海州县。一六五○年围攻潮州，不下，返回厦门，合并了从兄郑彩、郑联的队伍，自称招讨大将军。
张名振、张煌言拥鲁王到厦门。张煌言对郑成功说：“招讨(郑成功)始终为唐，真纯臣也!”郑成功回答说，“侍郎(张煌言)始终为鲁，岂与吾异趋哉?”(《鲒埼亭集》卷九)郑成功与二张消除唐、鲁二王之间的旧隙，相互推重，真诚合作，集中力量反攻长江两岸。
一六五二年二月，郑成功攻海澄，清浙闽总督陈锦率兵来援，被郑成功打败，逃回泉州。三月，郑成功攻诏安、南靖、平和，遂围困漳州。清金衢总兵马进宝带兵救授，郑成功纵之入城，增加围城兵力近二十万人，围困漳州达八个月之久。陈锦领兵增援，受到郑成功部队的阻击，顿兵漳州灌口不能前进。家丁库成栋刺杀陈锦，把他的首级送给郑成功，福建的清朝文武官员惊慌失措。十月，清朝驻防浙江的固山厄真金砺，率领援军来漳州解围，郑成功退守海澄。一六五二年冬，张煌言秘密回到吴淞、天台，联络各地抗清斗争力量。一六五三年春，张名振带兵进入长江，郑成功派陈辉等领兵二万，进屯崇明，攻破镇江，登金山，遥望石头城(南京)，拜祭明孝陵。原来长江上游约定响应的抗清义师，没有动静，遂退兵到崇明的平阳沙。十二月，崇明清兵万人，乘冻涉江来攻，张名振、张煌言亲自领兵左右冲击，全歼来犯的清军。
顺治十一年(一六五四年)正月，长江上游有人送来愿为内应的腊书，张名振、张煌言与陈辉等会合，率海船数百艘，再进长江，攻瓜州、仪真，一直到燕子矶(南京江边)，等待上游消息。四月，还没有动静，便率水师东下，进攻崇明。郑成功派陈六御、程应蕃增援，复进镇江，焚毁小闸，到仪真烧粮船六百只，获得船只达五百艘。张名振带砂船六十只，泛海到登莱，远及朝鲜沿海。这三次进军长江，在江浙地区影响很大，有不少人参加抗清斗争。原福王政权中的诚意伯刘孔昭，也跟随张名振、张煌言进长江作战。当时有人反对这件事，张煌言解释说：“孔昭之罪与马、阮等，然马、阮再卖浙东，而孔昭以操江亲兵，栖迟海上者盖累年矣。则其心尚有可原。”(《鲒埼亭集》卷九)一六五五年，郑成功推张名振为元帅，陈辉、洪旭、陈六御为副，率领二十四镇兵，再进长江。清朝宁波守将张洪德、舟山镇将巴臣功、台州副将马信等先后投降。不幸张名振中途病逝，第四次进军长江的计划，又未能实现。
郑成功曾被唐王赐国姓朱，因而又被人称为“国姓爷”。他始终以忠于明室，复兴明室为职志。改厦门为思明州，依明制设立六部分管政务。一六五五年，鲁王去监国称号，次年移居南澳。桂王被李定国迎入云南，鲁王向桂王上表称臣。郑成功自一六五○年即与李定国互通声息，接受桂王的号令，配合作战。一六五八年，桂王加封郑成功为延平郡王，张煌言为兵部左侍郎。清军进攻云贵，郑成功与张煌言大举出兵，展开了向长江地区的第五次进攻。一六五八年秋季，郑成功、张煌言率领大兵十七万，其中五万人习水战，五万人习骑射，五万人习步击，以万人往来策应，万人为“铁人”。“铁人”披铁甲，耸立阵前，专砍马足，最为精锐。大军到浙江，攻克乐清、宁海等地，在羊山遇到台风，损失巨舰百余艘，漂没战士八千余人，郑成功、张煌言被迫撤回厦门。
桂王、李定国败后，一六五九年五月，郑成功、张煌言进军长江，再次发动对清军的进攻。当月，攻克瓜州、镇江。六月二十二日到达江宁，从仪凤门登陆，在岳庙山屯营。张煌言建议说：“师久易生他变，宜分兵袭取句容、丹阳等城。”郑成功未能采纳这个正确意见。七月初五日，芜湖降书至，郑成功命张煌言带兵控制上游，防备江楚援兵。张煌言审度形势，分兵出击。一军出溧阳，攻广德;一军镇守池州，截断上游援军;一军攻和州，保卫采石;一军入宁国，攻徽州。他传檄大江南北，各地人民响应，清官归降，一举收服了太平、宁国、池州、徽州等四府、三州、二十二县。张煌言考察官吏，安抚地方，一时各地人士都到军门接受指示，参加抗清斗争，江南震动。
郑成功在江宁城下看到的情况是：巡抚以下官员都要逃走，松江水师提督马逢知已经送到降书，总督郎廷佐也来信接洽投降，其实是缓兵之计。郑成功临阵轻敌，误认为大局已定，江宁旦夕可下，不攻城，不打援，八十三营大军牵连立屯，警戒不严。清廷此刻则如临大敌，顺治帝甚至准备领兵亲征。清廷命令自贵州回京路过江宁的军队进入江宁城内，增强作战力量。一六六○年六月二十三日，清军骑兵出击，攻破郑成功的前屯余新营。次日黎明，清军倾城出击，郑成功已命令部队离营，屯扎山上，摆设挨牌、火炮，列阵迎敌。清军来攻，郑成功退却，大将甘辉被俘牺牲。郑成功撤走镇江等地驻军，从长江出海。
张煌言得知郑成功出海，清总督郎廷佐已派水师截断长江，便决定进军鄱阳湖，号召江楚人民进行抗清斗争。八月初七日，船到铜陵，被清援军打败。抗清义士魏耕请赴英霍山寨，张煌言焚舟登陆，率军数百人前进。不久，被清军冲散，张煌言与一卒一童，从建德、祁门乱山间，经休宁、严陵、东阳、义乌，出天台，到达浙东海滨，招集散亡，在台州沿海的小岛上暂驻。次年春初，回到临门。
郑成功在十六年中六次进军失败，东南沿海州县，屡得屡失。江宁败归，更加自感难于发展。台湾通事何斌建议东取台湾，说：台湾沃野千里，可以立国。张煌言在临门写信劝阻，说“军有寸进而无尺退。今入台则两岛(金门、厦门)将来恐并不可守，是孤天下人之望也。”(《鲒埼亭集》卷九)郑成功不听。一六六一年三月，留子郑经守厦门，亲率大军三万乘海船百艘，进取台湾。
明朝在台湾设有巡检所统辖，驻兵澎湖。万历、天启以来，福建即有大批居民移住台湾。一六二四年，荷兰海盗殖民者窃据台湾西南的海港鹿耳门。次年，又侵入台南修建赤嵌城(今台南)。一六二九年(崇祯二年)，福建大旱。郑芝龙招集流民数万人去台湾垦荒，收取租赋(《鹿樵纪闻》、黄宗羲《行朝录》)。这时，台北的鸡笼(基隆)等地，被来自吕宋的西班牙海盗所占据。一六四二年(崇祯十五年)，荷兰殖民者又从西班牙殖民者手中，夺取了鸡笼和淡水，对居民进行残暴的掠夺。一六六一年四月，郑成功军经澎湖，到达鹿耳门，得到当地人民的支持，顺利击败荷兰殖民者，进而攻占赤嵌。荷兰殖民者以揆一为首，据守王城(台湾城，今安平)，郑成功军围攻九个月。十二月十一日，揆一投降。郑成功放揆一回国，逐走荷兰殖民者，收回台湾全部领土，改称台湾城为东都，设一府二县。次年五月，郑成功在台湾病死，年三十九岁。子郑经自厦门去台湾，继承郑氏的统治。张煌言继续在临门坚持抗清。鲁王寄居金门岛上。(范文澜《中国通史》(第九册)第三章 清朝的建国，农民战争与明朝的灭亡)
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