皇太极认为此战目的基本达到，遂统军东返，于七月二十四日回到沈阳。此行往返万余里，历时三个月零二十六天，虽未生擒林丹汗，但已给其以致命打击，逼其丢弃本土远逃，察哈尔部分崩瓦解。林丹汗率残部星夜逃往西藏，“臣民素苦其暴虐，抗违不行”，原有三十余万部众，途中逃散者十之七八。到天聪八年，无处安身东逃西遁的林丹汗，病死于青海大草滩，余部纷纷回归，投顺于金汗。天聪九年二月，多尔衮等贝勒奉谕统兵一万，往寻林丹汗之子额哲，于四月降额哲及其母苏泰太后，并获元朝历代传国玉玺。林丹汗之妻囊囊太后，窦土门福晋，以及其他贝勒、寨桑，纷率所部来归。漠南蒙古各部悉隶金汗之下。
皇太极深知，只靠一二次征剿和随从效力，并不能使各部蒙古长期归顺于己，也不能仅仅依靠盟誓，而须以武力作后盾，用制度、法令来约束各部，使他们听从金汗统辖和指挥。天聪三年正月，他颁敕谕于科尔沁、敖汉、奈曼、喀尔喀，喀喇沁，“令悉遵我朝制度”。三月，他又遣使臣赍敕，“谕归顺各部蒙古诸贝勒，申定军令”，规定凡遇出师之时，宜踊跃争赴，协力同心，不得迟期。若征察哈尔，凡管旗之诸贝勒，年七十以下十三以上，俱须从征，违者，罚马一百匹驼十头。迟三日不至约会之地，罚马十匹。若征明国，每旗大贝勒一员、台吉二员，率精兵百人从征，违者，罚马一千匹、驼百头。于相约会集之地掳掠者，罚马百匹、驼十头。天聪八年正月，皇太极借外藩蒙古科尔沁、敖汉、阿禄、喀喇沁、奈曼、四子部落等部贝勒来朝的机会，具体定其法例。他谕告诸贝勒：“尔蒙古诸部落，向因法制未备，陋习不除”，今与诸贝勒约定：凡贝勒夺有夫之妇配与他人者，罚马五十匹、驼五只，其纳妇之人，罚七九之数，给与原夫。奸有夫之妇，拐投别贝勒者，男妇俱论死，取其妻子牲畜，尽给原夫，如贝勒不执送，罚贝勒马五十匹、驼五只。盔甲、绵甲、马鬃尾无牌印，以及盔缨、纛缨、纛幅不遵金国制度者，俱罪之。同年十月，遣使者阿什达尔汉前往蒙古，在硕翁科尔大会敖汉、奈曼、巴林、扎鲁特、翁牛特、四子、吴喇忒、喀喇沁、土默特、塔赖各部管事大小诸贝勒，分定各部地界，严禁各部互相侵越。第二年天聪九年二月，又编审内外喀喇沁蒙古壮丁，除盲人及手足残废者外，年六十岁以下、十八岁以上，俱照例编审，共编壮丁一万六千九百五十三名，其中喀喇沁左翼旗、喀喇沁右翼旗、土默特三旗壮丁共九千一百二十三名，仍隶于满洲八旗之内，另外七千八百三十丁，加上旧蒙古，正式编立蒙古八旗，分由阿代、达赖、恩格图、布彦代、伊拜、苏纳、吴赖、扈什布等八人为固山额真，各旗均设梅勒章京、甲喇章京各二员。漠南蒙古各部的统一及蒙古八旗的编立，为金国扩大了兵源，增加了兵马，加强了满蒙联盟，消除了来自北方的威胁，对金国的巩固和强大，以及对明国的征讨，均起了重大作用，从此以后，金国汗便可全力攻明了。
皇太极在实现削弱和兼併明国这一主要目标方面，也取得了重大进展。
天聪五年(1631)八月，他统率八旗劲旅及外藩蒙古兵数万，围攻大凌河城，大败来援明兵四万，重重围困，历时三月。“城中粮竭，商贾杂役多死，存者人相食，马毙殆尽”，守将总兵祖大寿被迫率部于十月二十八日出城投降，但随即用计逃走，坚守锦州。天聪七年，金兵万余取旅顺。
天聪八年六月至九月，皇太极统兵九万，绕道内蒙，从长城北部独石口、得胜堡、龙门口、尚方堡诸口入边，突袭宣府、大同地区，先后攻克代州、保安州、灵丘、崞县等州县，蹂躏宣、大地区五十余日，“禾稼尽蹂躏，庐舍尽焚毁，台堡之人俘斩甚众”，军威远扬，“明之边吏震恐”，京师戒严，“明国官军曾未有一人敢出战者”。明将孔有德、耿仲明、尚可喜分率兵马船炮来归。
与此同时，他积极招抚黑龙江中上游地区索伦、虎儿哈、萨哈尔察诸部，并于天聪八年用兵于黑龙江上游地区虎儿哈各部，“尽克其地”，七千余名虎儿哈人归顺。
在提高汗权抑制贝勒这一至关重要的内政问题上，皇太极同样取得了很大的成就。天聪二年三月，以镶白旗旗主阿济格贝勒为亲弟多铎说婚细故，将这位刚强、鲁莽、勇敢的贝勒废黜，改以其年仅十五岁的弟弟多尔衮继任，减少了两白旗对新汗的威胁。天聪四年，以二大贝勒阿敏在八九倍于己的二十万明军猛攻下，放弃关内遵化、永平、迁安、滦州四个孤城，而兴大狱，给其定上轻君、谋位、败退等十六大罪，将这位最危险的汗位威胁者幽禁终生，尽夺其所属人口、奴仆、财物和牲畜，给予一向忠顺于己的济尔哈朗，使其继为镶蓝旗旗主。
天聪五年八月，攻大凌河城时，三大贝勒莽古尔泰以本旗兵士死伤多、差役多，和皇太极论理争辩，盛怒之下，“揽所佩刀向前，以手频摩其柄”，被议定御前露刃罪，革去大贝勒，降居诸贝勒之列，夺五牛录，罚银万两。第二年正月，他正式废除汗与三位大贝勒并坐受朝的旧制，改为仅己一人南面独坐。
天聪六年十二月莽古尔泰病故，其弟德格类继为正蓝旗旗主。九年病逝后，其属人首告两位贝勒及其妹莽古济格格曾对神发誓，欲图谋害君汗。皇太极再兴大狱，诛莽古济格格和莽古尔泰之子额必伦及其同党屯布禄、爱巴礼与两人之亲友兄弟子侄，莽古尔泰另外六个儿子及德格类之子邓什库等，俱降为庶人，黜宗籍，属下人口财产入官，以其正蓝旗附入已之正黄、镶黄两旗。皇太极遂亲领三旗，处于绝对优势。
同年，他又召集诸贝勒、大臣，历数大贝勒代善对君不敬之过，宣称将杜门不出，让诸贝勒另举强者为汗，实际上是示意要八旗贝勒大臣议处代善。在皇太极势力已十分强大的情况下，诸贝勒大臣当然要唯其马首是瞻，故谴责代善欺君妄行，议革其大贝勒名号，夺十牛录，罚银万两，其子镶红旗旗主岳托贝勒罚银千两，萨哈廉贝勒罚银二千两，夺二牛录。皇太极为示宽厚，命免革名号，发还其十牛录及萨哈廉二牛录，余依议。在国势增强、君汗权大的形势下，皇太极不满足于称汗了，要和明帝分庭抗礼，尊称为帝。天聪九年十二月，外藩蒙古察哈尔、科尔沁、扎赖特、杜尔伯特、郭尔罗斯、敖汉、奈曼、巴林、土默特、扎鲁特、阿禄、翁牛特、喀喇车里克、喀喇沁、吴喇忒等十六国额哲等四十九位贝勒，齐至沈阳，与代善等诸贝勒议上尊号。代善等诸贝勒书写誓词，焚香誓告天地拥汗即帝位：“自今以后，若有二心于上，及己身虽不作乱，而兄弟辈有悖逆之事，明知隐匿，或以在上前所议国事，归告于妻妾及不与议之闲员仆从，并云我意原欲如此，因而谤讪者，天地谴责，夺其纪算。若能竭力尽忠，当荷皇上洪慈，天地庇佑，寿命延长。”皇太极接受了诸贝勒及外藩蒙古的劝进，允诺即帝位，但为了更添异彩，令向朝鲜国王示意，让其拥戴。于是八和硕贝勒、十七固山大臣致书朝鲜国王说：“我皇上宽仁厚德，博施济众，国中就治，藩服倾心”，“以故东渐于海，西抵汤古忒，北至北海，各国归附，内外诸藩承指响风，无有背恩义违法令者，大军所指，北讨西征，无不如志，是皆合天意顺人心之所欲也”，故我等谒诚拥戴，敬奉尊号。蒙古十六国额哲等四十九位贝勒亦致书朝王，望其遣使劝进。一切准备就绪，天聪十年四月十一日举行称帝登极大典。大贝勒代善等诸贝勒、满洲八旗蒙古八旗固山额真、六部大臣、孔有德、耿仲明、尚可喜、外藩四十九位蒙古贝勒，以及满蒙汉文武官员，齐集一堂，恭请天聪汗皇太极称尊号，遂“建国号曰大清，改元为崇德元年”，尊汗为“宽温仁圣皇帝”。随即分叙诸兄弟子侄军功，他封大贝勒代善为和硕兄礼亲王，济尔哈朗、多尔衮、多铎、豪格、岳托分别为和硕郑、睿、豫、肃、成亲王，阿济格为多罗武英郡王。分叙外藩蒙古诸贝勒军功，封巴达礼、吴克善、额哲为和硕亲王，布塔齐等为郡王、贝勒。封都元帅孔有德为恭顺王，总兵官耿仲明为怀顺王，总兵官尚可喜为智顺王，通称“三顺王”。
在此前后，定族名为满洲，废诸申(女真)旧称，改文馆为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院。又定宫殿名，中宫为清宁宫，东宫为关雎宫，西宫为麟趾宫，次东宫为衍庆宫，次西宫为永福宫。强大的大清国宽温仁圣皇帝正式与明朝大皇帝分庭抗礼了。
